拉吉夫·甘地被害以後，為了緝拿元凶，印度中央調查局成立了“特別調查小組”，負責偵破此案，並同時懸賞100萬盧比，獎勵幫助辨認刺客的人。特別調查小組直接歸中央調查局局長維傑·卡蘭領導，由200名來自調查局的精英分子組成，是印度政府所能組織起來的最好的破案班子。
案件的偵破工作進展得並不順利，從作案動機上看，有好幾股勢力都有可能是殺害拉吉夫·甘地的凶手。
首先有人想到的是拉吉夫·甘地在大選中的主要對手。因為拉吉夫·甘地在大選中鋒芒畢露，成為各黨派的最主要競爭對手，如果要消除這個威脅，最好的辦法就是讓他“消失”。而有人則認為，人體炸彈事件應該是錫克教極端分子所為，因為他們曾發誓要將英迪拉·甘地全家趕盡殺絕。也有人認為是泰米爾人策劃並實施的，這背後還有外國勢力的介入。
根據種種推斷，調查組覺得後兩者的嫌疑最大。
錫克教恐怖主義分子對拉吉夫·甘地可以說是恨之入骨，曾多次對其實施過暗殺行動。早在1985年6月，一夥錫克教極端分子就試圖在拉吉夫·甘地訪問美國的時候暗殺他，幸好事先被美國有關當局察覺，計謀才沒有得逞。
諸如此類的驚險事件，在拉吉夫·甘地擔任總理期間時有發生。情況最緊急的一次發生在1986年10月2日，這一天是國父聖雄甘地117周年誕辰紀念日。
那天上午8點，拉吉夫·甘地和其他政府要員按規矩到甘地的墓前掃墓。當拉吉夫·甘地走下汽車，剛步行走到陵園的入口處，突然傳來一聲槍響。保安人員隨即展開搜索，但沒有發現任何可疑人物。
在緊張的氣氛中，掃墓儀式完成。在拉吉夫·甘地一行人往回走到陵園門口的時候，又傳來一聲槍響。保安人員急忙護送拉吉夫·甘地等上車。此時，又傳來了第三聲槍響，有6名保安人員和隨從被霰彈擊中，場麵一片混亂。保安人員一麵催促汽車立即離開，一麵朝槍響的地方追去。
在距離拉吉夫·甘地上車地點30米的地方，一個濃密的藤蘿架上，保安人員發現了一個身穿橄欖綠軍用勞動服的男青年。當保安人員看見他的時候，他還在舉槍瞄準。警方立即逮捕了他。
經審查，這名青年名叫卡拉姆特·辛格，錫克族人。據他供稱，他行刺拉吉夫·甘地的原因是要為兩年前在金廟事件中被打死的朋友複仇。為了等待機會，他已經在陵園埋伏了兩個星期。卡拉姆特使用的是土製手槍，他一共開了三槍，第一槍因為槍出了毛病，槍響後子彈掉在了地上。第二槍用的是一顆英國子彈，槍響後，子彈卡在了槍裏。第三槍他用了霰彈，結果造成了6名保安和隨從的受傷，卻沒有傷害到拉吉夫·甘地。
一場虛驚過去了，錫克族針對拉吉夫·甘地進行的種種暗殺活動卻沒有過去。此番拉吉夫·甘地的遇害，不能排除凶手就是錫克族人複仇的可能。
除了錫克族恐怖分子針對拉吉夫·甘地進行的多次暗殺之外，拉吉夫·甘地還在國外經曆過一次近在咫尺的謀殺。
1987年6月，斯裏蘭卡發生了泰米爾分裂主義騷亂，斯裏蘭卡政府請求印度政府給予調解。拉吉夫·甘地答應了，並派出了一支維持和平的部隊進駐斯裏蘭卡北部泰米爾族居住的兩個省。同時，拉吉夫·甘地還親自出麵參與調停，並訪問了斯裏蘭卡，與斯裏蘭卡總統賈亞瓦納德以及泰米爾猛虎組織的頭目進行了會談。
在拉吉夫·甘地的斡旋下，斯裏蘭卡政府同意泰米爾人在兩省的半自治地位，泰米爾猛虎組織答應停火，並簽訂了《印斯和平協議》。7月27日，拉吉夫·甘地結束了訪問，斯裏蘭卡政府為他舉行了隆重的歡送儀式。
就在這場歡送儀式上，拉吉夫·甘地險些喪命。
歡送儀式是在上午10點舉行的。按規定，拉吉夫·甘地在檢閱時距儀仗隊應有15英尺的距離，但由於保安人員沒有及時提醒拉吉夫·甘地，以至於他所走的路線離儀仗隊隻有5英尺，因此當拉吉夫·甘地興致勃勃地向儀仗隊走去的時候，一個儀仗隊員突然舉起槍托向他的頭部猛擊過去。拉吉夫·甘地急忙用手肘擋了一下槍托，才得以脫險。
錫克族分離主義分子和泰米爾猛虎武裝究竟誰是謀害拉吉夫·甘地的凶手?特別調查小組毫無頭緒。在爆炸事件以後，僑居英國的錫克教分離主義組織立即發表聲明，稱拉吉夫·甘地的死是“曆史的必然”，高興之情溢於言表，但否認此事和他們有關。而泰米爾猛虎組織駐倫敦發言人也表示該組織沒有刺殺拉吉夫·甘地。