於孝天當然不光是在科舉考試方麵進行改革，他在進行科考製度改革的同時，也令人選擇了相當多的實用的書籍，令工部大力刊發，印製出大量的書籍，然後發放到各地供學子們購買閱讀學習。
這些年來於孝天在福建和台灣隱伏期間，就通過各種手段，從西方弄來了不少各學科的書籍，翻譯過來進行了印刷，供給當初他在台灣等地設立的學校以及學生們學習之用。
現在孫元化被他從淡水弄回到了京師，在六部之外，又成立了一個教育部，直接把孫元化委任為了第一任教育部部長，獨立於六部之外，專司負責教育方麵的事情。
原來的京師國子監和南京國子監則都歸入教育部之下，專司培養有用的學生，原來國子監之中的學生，擇優留用，其餘的遣散回鄉，從福建和台灣等原來他成立的各種學校之中，錄取了一大批年輕學生入國子監進行深造。
而國子監之中教學科目，也進行了大幅度的改製，取消了大量以前所學的東西，重新開設了很多課程，其中既有幾何代數又有一些機械、化學、物理方麵的學科，還有行政管理等學科，所學的東西比之以前國子監設立的科目要豐富很多倍。
至於師資方麵，由孫元化負責尋找，他的三個兒子在很多學科方麵，都有很深的造詣，全部進入國子監任職，稱之為教授。
另外一部分以前在台灣各地傳教的有紮實學問根底的傳教士，也被特準移至國子監之中任教，特準他們在監管之下，教學之餘，在京師和南京兩地建立教堂進行傳教，同樣要求不得他們在國子監對任何學生宣傳他們的教義，否則的話便將其逐出中國。
教會方麵得知消息，高興的屁顛屁顛的，因為他們長期和於孝天合作，發現於孝天並不十分抵觸他們傳教的事情，算是一個親教分子，雖然他拒絕入教，也決不許任何家人軍人入教，但是卻一定程度上允許他們在地方傳教，雖然要對他們監管，設定了很多規矩，使得他們無法敞開了傳教，但是這已經讓他們相當滿意了。
現如今於孝天登基稱帝，成了大中國的皇帝陛下，有這麼一個親教的皇帝支持，他們認為以後在中國傳教，將會是一帆風順的事情，所以對於於孝天的要求，他們絕對不敢不答應，傾其所有想盡辦法從歐洲搜羅具有相當高學識的教士，前來中國傳教，並且在國子監之中兼職任教，傳授各種他們所學的知識。
甚至於於孝天對教會提出，連帶一些被教會認為是異端學說而準備加以迫害，甚至已經準備處死的一些學者，他也要，將他們盡數送來中國，於孝天可以開放更多的地方，供他們建立教堂傳教，換取這些異端學說的學者，至於這些人來到中國之後，將會給予豐厚的待遇，提供足夠的資金供他們研究。
特別是有關航海學、機械學、天文地理以及化學、醫學方麵有建樹的學者，更是歡迎他們前來中國進行繼續研究，於孝天特意在他私人的小金庫之中，撥出大筆資金，交給教育部方麵，專司提供給這些願意到中國來繼續進行研究的學者使用。
當然隻設立兩座國子監是根本不夠的，於孝天所推行的治國理念和前朝曆代都不相同，現如今他隨著社會的發展，會強力推動各種社會分工的細化，隨著社會分工的細化，對於行政管理者的需求數量也會顯著提高，今後各行各業都需要大量的專業人才。
這就需要教育先行，培養出更多的讀書人，而不是像以前那樣，隻有社會上少數人才能讀書，而是逐步要普及教育，提高全民素質，讓越來越多的人能學到新的東西，直至最終做到全民教育普及。
而且以後像工商業方麵的發展，對於技術工人的數量會需求越來越多，全都是文盲肯定會製約發展，他想要工業發展進程加速，就要讓更多的工人在生產之中，對於生產技術知其然而且還要知其所以然，不能全都依靠他一個人開金手指，把後世技術移植過來，一旦有朝一日他駕鶴西去，那麼很可能會造成工業機械技術的停滯。
所以他需要更多的人進入到研究領域之中，去琢磨去探索，去研究各種學科的知識，掌握其中的精髓，然後學會創造，這樣才能使得中華民族始終站在世界科技領域的最前沿，才能始終控製著世界的脈搏，成為世界霸主。