獨眼龍也不跟這裏的西班牙總督談判什麼的，直接就開打，帶著船隊分配目標，然後開始炮擊。
岸上西班牙人的炮台火力也很凶，炮戰之初大中艦隊並沒有占到多少便宜，艦船多次被各個炮台的西班牙人的大炮擊中，給船上的水手造成了相當的殺傷。
但是獨眼龍絲毫不為所動，按照他的說法打仗不死人，那就不是打仗，死幾個人算什麼，死了的人回去都是烈士，可以得到厚撫，怕他個鳥，繼續抵近射擊。
各船的水手咬牙堅持，不斷把船隻抵近岸邊的炮台，直接用船上的重炮對炮台和城堡進行猛烈炮擊。
畢竟炮台火炮數量有限，相對位置固定，雖然射擊比較精確，但是卻也架不住群毆呀！而且大中艦隊很多船的船首，都裝載了現在他們最強的四十八磅重心卡隆炮，這家夥可是大殺器，一顆實心彈就足足有四十斤重，就算是砸，也夠西班牙人喝一壺的。
在大中艦隊集火射擊之下，西班牙人在岸邊建立的炮台開始一座接著一座的被摧毀，有些炮台被轟塌的時候，甚至把炮台內的西班牙守軍幹脆全部活埋一個也沒逃出來。
這樣的炮擊整整持續了一整天，雖然大中艦隊彈藥消耗很嚴重，但是卻也去的了相當好的戰果，幾乎把馬尼拉港的西班牙炮台全部摧毀，就算是沒有被徹底摧毀的炮台，也基本上已經失去了多大的戰鬥力。
第二天一早，獨眼龍命令各船從補給船上補充了彈藥，再一次駛入馬尼拉港，開始集中火力炮擊馬尼拉城。
西班牙守軍拚死抵抗，但是在如此密集的炮火之下，他們的損失慘重，城堡上麵的炮位紛紛被摧毀，守軍也被打死打傷不少。
連續兩天的艦隊岸轟，把整個西拔牙人在馬尼拉的防禦體係給轟的一塌糊塗，基本上已經喪失了完善的守禦能力。
第三天在甲米地登陸休整的陸軍已經恢複了過來，將士們解除了暈船的感覺之後，也隨即開始投入了作戰，他們從陸地和水上分頭在馬尼拉城周圍包圍了馬尼拉城。
直到這個時候，西班牙人才知道大中軍陸軍的厲害，獨眼龍還從艦隊之中，抽調出了五千水兵，手持短版狼牙二式步-槍，協助陸軍一起攻打馬尼拉城。
馬尼拉城中西班牙守軍原本打算傾盡全力，據城死守，但是卻沒料到大中軍的步-槍居然能打的這麼遠，這麼準，大中軍也不在太遠的地方列隊，幹脆直接抵近到馬尼拉城的百米左右的距離，構築簡單胸牆，然後在胸牆後麵，開始對馬尼拉城西班牙守軍發動了集火射擊。
軍中的一等射手以上的神槍手和狙擊手全部列隊於胸牆後麵，其餘的步兵則專司負責給他們裝填彈藥，隻是短暫的一通猛烈開火，守城的西班牙步兵們便被打了個人仰馬翻。
而且悲催的是他們手中的那些火繩槍，卻完全夠不著城下的大中軍，隻有被動挨揍的份，他們好不容易複活一些火力點，把大炮重新架上，但是馬上便會遭到大中艦隊的猛烈火力覆蓋。
激戰兩日之後，城中西班牙守軍幾乎徹底喪失了抵抗能力，菲律賓總督眼瞅著堅持不下去，於是隻得派人找獨眼龍談判。
獨眼龍下令他們立即無條件投降，否則的話攻入城中，將屠殺掉所有城內的西班牙人以及抵抗過大中軍的所有人。
西班牙殖民者實在是沒有辦法，隻得宣布投降，打開了馬尼拉城的城門宣布投降，然後被大中軍全部抓起來，其中軍官和總督被送回到大中朝，入京獻捷，隨後獨眼龍指揮兵馬，在菲律賓各地開始清除西班牙人殘存的據點和勢力，並且率領船隊四處出擊，把西班牙人在周邊島嶼上的一些城堡據點也紛紛摧毀或者攻克。
對菲律賓的整個戰事，整整持續了三個多月的時間，一直持續到了大中朝承天四年初的時候，才算是徹底結束，西班牙人在菲律賓建立起來的所有殖民點全部都被大中軍攻占，俘獲純種西班牙人兩千餘人，另外還有西班牙人雇傭的歐洲和亞洲甚至還有印度的雇傭兵水手七百多人、
至於那些本地土著黑皮猴子們，就更是被俘了五千多人，當然被大中軍幹掉的那幾千人不能算在其中。
隨後大中皇帝於孝天，宣布徹底收複呂宋，並且把菲律賓全境宣布改稱為呂宋省，並入大中朝疆域之中，派駐官員前往馬尼拉城，將馬尼拉城也改名為南呂城，今後負責對整個呂宋省進行管理，派駐六千大中軍和一支擁有二十艘戰船的呂宋分艦隊駐守馬尼拉以及呂宋島各地。
至此西班牙人在菲律賓的殖民曆史也徹底告終，被趕出了呂宋島。