花教即薩迦派，元朝時勢力最盛。花教首領八思巴得到忽必烈重用，被封為國師，負責管理全國佛教事宜和藏族地區行政事務。八思巴以吐蕃字母為基礎創製了八思巴文，為促進漢、蒙、藏文化交流作出過重要貢獻。西藏的薩迦寺是馳名中外的花教寺廟，屬於西藏少有的藏書和寫經中心。紅教崇信舊密咒，創建於十二三世紀；白教重視口授密法，元末發展到鼎盛時期。
塔爾寺的壁畫多用礦物質顏料繪成，經久不變色。有的直接繪在牆壁上，有的繪在棟梁上，而最多的則是繪在布幔上，懸掛或釘在牆上。每年六月觀經會上，將十幾丈長的大佛像在山坡上涼曬，圍觀瞻仰者常達數萬人。
寺院依山傍水，周圍築有城垣，方圓約2公裏，內設脫桑林、夏孜、吉康、阿巴四大紮倉(經學院)，有殿堂數十處，層樓重疊，金頂碧瓦，巍峨莊嚴。寺內收藏的佛像、唐卡、刺繡、珍玩、供器、瓷器等極為豐富。其豪華可與布達拉宮媲美。其中有明清兩代皇帝頒發的大量金玉印章、封誥敕書及鐫刻著八思巴文的元代“大司徒印”印章，有形象生動、風格迥異的壁畫，有銀皮包裹、鑲嵌各色寶石的輝煌燦爛的曆世班禪靈塔，這些都是研究西藏宗教和藏漢關係史的重要資料。
甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺合稱為拉薩三大寺。
色拉寺在今拉薩北五公裏處，建於明永樂十六年(公元1418年)，依山麵河，規模宏大。全寺由措欽大殿和結巴、滿巴、阿巴三個紮倉組成，1959年時寺僧達到9000人。措欽大殿的彌勒等銅鑄佛像，造型精美，風格近似尼泊爾和印度特色。
大經堂是塔爾寺宗教組織的最高權力機構所在地，為藏式平頂建築，麵積1981平方米。堂內設有上千個蒲團，這些蒲團當地叫做“佛團墊”，可供2000多名喇嘛集體誦經打坐。數以百計的經卷存放在四壁的經架上，好象一座小型的圖書館。大經堂下設居巴、參尼、丁科、曼巴四大紮倉。居巴紮倉是研究密宗教義和邏輯學的機構；參尼紮倉是成立最早、規模最大的研究佛教顯宗教義的機構；丁科紮倉是研究天文、曆算、占卜以及工藝的機構；曼巴紮倉是研究醫藥治病的機構。
塔爾寺的雕塑享有盛名。如九間殿的如來、文殊、觀音、金剛手、宗喀巴等塑像，造型敦厚謹嚴，神態肅穆莊嚴，觀音仙女常被列為塔爾寺雕塑的代表作。不過，塔爾寺還有更為出名的，那就是酥油花、壁畫和堆繡這三絕。
黃教即密教格魯派，15世紀初由宗喀巴創立。人們因該派僧人穿戴黃色僧衣僧帽，故稱之為黃教。黃教確立了佛教寺院森嚴的等級製，一切權力集中在後世習稱的班禪和達賴喇嘛兩個最高教主之手。就教階而論，班禪高於達賴，但因明清以來賦予達賴世俗政權權力，所以達賴的實際聲望和影響超過了班禪。達賴住在布達拉宮，班禪住在日喀則的紮什倫布寺。明清時期，黃教在西藏、青海和蒙古等地得到廣泛傳播，建立了許多寺院。
公元8至11世紀之間，印度密宗傳入西藏，與西藏當地的苯教在鬥爭中相結合，逐漸形成一種新的西藏宗教，稱“藏密”。因藏語尊稱僧侶為喇嘛，所以俗稱喇嘛教。喇嘛教派別眾多，有俗稱的花教、紅教、白教、黃教等。
黃教的寺廟稱為喇嘛廟，一般由經堂、佛殿、噶廈、紮倉與康村幾個部分組成。經堂用來誦經，佛殿用於供佛，噶廈用來辦公，紮倉為附設的佛教學院，康村則是喇嘛僧舍。小型喇嘛寺為方形四合式碉樓，平麵布局與藏族民居大體相似。大型喇嘛寺的布局則各具特色。有軸線的喇嘛寺，多建於河穀、山間的平緩地帶，主體建築居中，附屬建築或呈十字展開，或居四角，以方或圓的形狀均勻對稱分布，與佛教五方四天之說相對應。無明顯軸線貫穿的喇嘛寺，多依山勢走向高低建築，房屋建築多以白色為主調。布局錯落自然，雜而有序。主要建築跨度大，裝飾力求精美繁富。黃教寺院以西藏的紮什倫布寺、色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺和青海的塔爾寺、甘肅的拉卜楞寺最為著名，被稱為黃教六大寺。
酥油花是一種獨特的藏族雕塑藝術，為塔爾寺藝術三絕之首。它以酥油為原料，彩塑成各種形象，來表現生動的場景或故事。相傳，文成公主進藏時，藏族人民想給她獻上鮮花表示歡迎和敬意。可是當時正值隆冬，采不到鮮花，聰明的藏族人民於是用酥油塑了一束鮮花來替代。公主非常感動，把這束酥油花供在大昭寺的佛像前。從此，酥油花逐漸在西藏流傳開來。明朝宗喀巴進行宗教改革時，酥油花傳到甘、青、藏各地，從此在宗教文化藝術中心塔爾寺紮下了根。每年春節前幾個月，酥油花藝人便把純淨的白酥油和各種礦物質染料糅和在一起，塑造各種人物、花鳥草蟲以及各種宗教神話故事，趕在一年一度的元宵節燈會上展出。幾百年來，塔爾寺的酥油花製作技藝日益精進，使塔爾寺的酥油花獨放異彩。在每一組故事中，盡管人物有時多達一二百，小的人物造型隻有拇指那麼大，但不論人物花卉，還是草木鳥獸，塑造得都是那麼細膩勻稱，比例適當，形神兼備，惟妙惟肖。