徐恩曾碰到顧順章這個“貴人”之後，不僅殺害了共產黨人惲代英，而且還抓住了向忠發，在廣東殺害了蔡和森，一下子成了蔣介石眼裏的紅人。蔣介石親自接見、表揚了徐恩曾。
“果夫和立夫經常向我提起你，說你是個工作狂，好同誌，屢屢為黨國立下奇功！惲代英、蔡和森等人的案子，你處理得非常好！隻要你好好幹，黨國不會虧待你的！”蔣介石一改往日嚴肅作風，說起話竟然也和善起來。
“謝謝委員長，謝謝委員長！”
受到表揚的徐恩曾興奮得兩天兩夜沒睡覺。他在想，既然委員長誇獎我，到底獎勵我什麼呢？提幹還是加薪？後來他從陳立夫的口中得知，蔣介石非常看重“特務調查”，有意繼續擴大黨務調查科的規模。此時的徐恩曾既激動，又幸福。沒過幾天，蔣介石的撥款到位了，二陳找到徐恩曾，研究一下如何打造、擴編新的特務部門。
“蔣公非常重視這件事！現在是敏感時期，共黨陣營轉至地下，所以地下戰線很長，壓力巨大，你如何看待擴編的事？”陳立夫征求徐恩曾的意見。
徐恩曾說：“我想應該單獨成立一個特工部門！這個部門第一要享有特權，第二要有獨立的門戶，不得受其他部門的幹擾。”
“你的意思是另外成立一個部門？”陳果夫也問。
“對！”
陳果夫和陳立夫陷入沉默。
徐恩曾解釋道：“首先黨務調查科僅僅是一個科室，一個科室能有多大的權限？區區一個排的人馬，連‘挖坑兒’的人都不夠。其次這個科室，頭銜也不夠響亮，幹著牛的活兒，卻喂驢的草料，肯定不行！再者說，既然蔣公重視，不可能僅僅撥點款，打發兄弟們吧？”
陳立夫說：“你說得有理，但是怎麼做？”
“我覺得這個部門一定要符合蔣公的思路！正元實業社太小了，成不了氣候！現在要建，就重新建個規模大的！”
此時陳果夫插了一句話：“我覺得一個特務機構，也不能像那些常規機構那樣有公開的編製、任務、人員……畢竟特務工作是隱秘的嘛，不能太‘光明正大’！你的想法倒是不錯，但是想要堂而皇之掛著明晃晃的牌子，恐怕很難！就特務本質而言，就需要掩護！所以老弟，你還要再斟酌斟酌。”
陳果夫說的有一定道理，這一點徐恩曾早就想到了。於是他進一步解釋：“其實這個部門完全可以是一個‘FREE’機構！”
“FREE？”陳立夫瞪著眼睛看著徐恩曾。
“我覺得自由一點好，這樣既能夠從需求的角度出發，人員、部門、組織也可以任意加！隻不過還需要聲明一下：要有自己的獨立製度和體製！”言外之意，徐恩曾對這個“部門”早就有了新的認識和看法。
“特工總部”的“新”在於三不沾、三無。所謂“三不沾”指的是：體製上不沾國民黨黨部的邊兒，行動上不沾黨務調查科的邊兒，編製上不沾國民黨組織部的邊兒。所謂“三無”指的是：無掛靠單位，無公開門牌，無固定編製。這樣一來，特工總部的名頭不但響亮，而且又不拘泥於形式（一部分是為了向戴笠炫耀），非常適合“特務”工作。當徐恩曾把這個“想法”擺到桌麵上，二陳聽得有點蒙。
徐恩曾進一步解釋道：“本著蔣公的精神和旨意，我們就是要把它做大，而且還要做出聲勢。況且現在剛剛起了一個好頭兒！再者說，手裏沒有一定的特權就無法處理事情，而且這個特權一定要秘密使用。其次，這個部門還是調查科的下屬部門，一切旨意還要聽上麵傳達！隻有你們授權，我們才去做！沒有授權，我們絕不動手！”
“這樣可以，但絕不能越權行事！”陳立夫補充道。
徐恩曾點點頭。
幾天後，徐恩曾出具的方案得到了蔣介石的批準，當然這個特工總部的主任官銜還是由徐恩曾擔任，對外仍稱“黨務調查科”。特工總部是對內稱號，對外稱號則用“華統”、“魯犁”等化名代替。此時的徐恩曾不再是“徐科長”了，而搖身一變，成了“徐老板”！
徐恩曾真是一個會享受的人，他竟然把特工總部設在了南京道署街132號的瞻園裏。瞻園是著名的古典園林群宅，名字是乾隆皇帝根據歐陽修這句“瞻望玉堂，如在天上”的詩而題的，此園與蘇州的拙政園、留園以及無錫的寄暢園俗稱江南四大名園。這樣一個風景幽雅、鬱鬱蔥蔥的風水寶地，即便是停留片刻，也是一種享受，更何況是在這樣的地方辦公了。但具諷刺意味的是，入駐瞻園的部門並不是一個園林綠化的公益部門，而是一個冷血、見不得人的特務組織。
特工總部成立以後，許多特工組織的“點”如雨後春筍般陸陸續續在全國各地發展起來，後來還在南京、上海等“紅區”專門設立了行動區。其中上海行動區的負責人是濮孟九（此人是特工總部的二號人物），南京行動區的負責人是徐恩曾。特工總部雖然沒有固定編製，但是卻有自己的一套管理製度（畢竟沒有規矩不成方圓）。況且一個特務機構，如果沒有明文規定，不安分的特務們便更加難以管理了。
特工總部按照職能劃分：首先設立書記室，書記室又下分組織、指導、審理、行動四個科。此外還單獨設立了訓練、情報、總務三個科室。後來特工總部部門越分越細，慢慢又有了設計委員會、電訊總台、總督察、行動隊以及密電研究室等。在紅區，特工總部還設有特務室和策反專科，主要目的是策反那些意誌薄弱的共產黨員，從而破壞共產黨的地下網絡。