第一梯隊登陸後，憑借猛打猛衝的傳統作風，分兩路向縱深猛插，李良榮兵團招架不住，解放軍向料羅灣方向追去。
葉飛沒有想到，一支國民黨軍隊會與解放軍幾乎同時登陸金門，胡璉兵團來了。
兵團情報處截獲到的，其實是胡璉在前一天發出的電報。蔣介石隨後就複電胡璉，嚴令胡璉仍照原命令登島，而這份複電卻並未能被解放軍所截到。
在登島解放軍發出追擊時，胡璉兵團已有兩個團登上料羅灣，其餘部隊也正下船向料羅灣集結。胡璉一見情況不對，急忙將兵團主力第十八軍（也是重建部隊）投入作戰，對解放軍來了個反包圍。
此時解放軍第一梯隊距離古寧頭灘頭陣地已達10多裏，胡璉派出的迂回部隊得以輕而易舉地占領灘頭，從而切斷了解放軍的後路。
發起登陸之前，肖鋒曾再三要求，船隊抵灘登陸後要迅速返航，以便載運第二梯隊，但船工們未經過訓練，激戰中難以指揮調度，加上恰逢退潮，導致船隊在海灘上擱淺，最後被胡璉兵團用炮火全部擊毀。
肖鋒手裏還有4個團，地方也靠得很近，但沒有船，一切都白搭。他向兵團求援，兵團同樣是隻有兵，沒有船，葉飛下令緊急動員，所征集到的船隻也僅能載運4個連。
派4個連前去增援，根本無濟於事。到這時，葉飛、肖鋒一條船也弄不到了，他們隔海相望，束手無策，“當時沉痛的心情真是難以描述”。
1949年10月28日，下午3點，金門島上的槍聲逐漸沉寂，解放軍3團一營覆滅於金門。這是一場極為慘烈的血戰，戰後蔣經國上島“勞軍”，俯瞰全島，觸目都是淒涼景象，沿途“屍橫遍野，血肉模糊”。
金門之戰結束後，三野的王建安第七兵團向舟山登步島發起進攻。無獨有偶，王建安也遭遇到了與葉飛相同的問題，兵團第一梯隊登陸後，很快控製了全島的3/4地區，但是由於風向、潮汐發生變化，後續梯隊不能及時增援，國民黨軍的增援卻源源不斷，在部隊已傷亡1400多人的情況下，王建安不得不下令撤出登步島。
金門、登步兩次失利，對三野震動很大，尤其是金門之戰，三個團成建製全部損失，解放戰爭以來還是第一次。盡管這兩仗均為兵團或軍直接指揮，粟裕還是主動承擔了責任，表示自己沒能盡到“檢查與督導之責”。
兩次登島作戰失利，讓粟裕意識到，三野還不能適應兩棲作戰的作戰方式，各級指揮員對如何計算海上潮汐、掌握風向、了解氣候，都不太懂，也不知道如何在戰鬥過程中利用暗礁、沙灘、峭壁等自然條件。陸戰的一套成熟戰術在兩棲作戰中不能全然奏效，老革命碰上了新問題。
除此之外，解放軍在陸戰中能確保長勝不敗，很重要的一個條件是知己知彼，如今隨著國民黨退入台灣，情報獲取困難，加上沒有海、空軍予以配合，粟裕感到，如果再立即發起登陸作戰，困難將會相當的大。
1949年11月22日，粟裕向毛澤東提出建議，要求推遲解放舟山的時間。
毛澤東複電同意，並從新建的海空軍中抽調部隊，使三野具備了海陸空協同登陸作戰的能力。
在粟裕製訂的作戰計劃中，陸軍方麵配備兩個兵團約20萬人，海軍配備登陸艦19艘，空軍配備戰鬥機、轟炸機50多架。吸取兩次失利的教訓，此次他共征集運兵船2000餘艘，可一次性運載10萬人渡海作戰。
原先蔣介石曾有將舟山作為反攻大陸基地的打算，他在舟山集結了12萬人馬，但在看到粟裕步步到位的戰前準備後，他開始猶豫了。
這時的蔣介石已逐漸擺脫自身陣營內部的掣肘，周邊也沒有強大的中共諜報網，他的用兵決策都不再像過去那樣被動和呆滯。