達爾文承認在當時的化石研究中並未有證據顯示有物種間過渡類型的存在，並指出這可能是最易於檢驗而又具有殺傷力的反進化論的理由。他看到了進化論的理論缺陷，並希望後人能予以驗證、完善。時至今日，進化論已經成為一個比較完善的理論，其理論下也誕生了四個子係統：
（1）進化論：物種是可變的，現有的物種是從別的物種變來的，一個物種可以變成新的物種。這一點，如今早已被生物地理學、比較解剖學、比較胚胎學、古生物學和分子生物學等學科的觀察、實驗所證實，甚至在實驗室、野外都可以直接觀察到新物種的產生。所以，這是一個科學事實，其可靠程度跟“地球是圓的”、“物質由原子組成”一樣。在今天，除了少數由於宗教信仰狂熱而無視事實的人，實際上已無生物學家否認生物進化的事實。
（2）共同祖先學說：所有的生物都來自共同的祖先。分子生物學發現了所有的生物都使用同一套遺傳密碼，生物化學揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最終證實了達爾文這一遠見卓識。所以，這也是一個被普遍接受的科學事實。
（3）自然選擇學說：自然選擇是進化的主要機製。自然選擇的存在，是已被無數觀察和實驗所證實的，這也是一個科學事實。現在學術界一般認為，自然選擇的使用範圍並不像達爾文設想的那麼廣泛。自然選擇是適應性進化（即生物體對環境的適應）的機製，對於非適應性的進化，有基因漂移等其他機製。也就是說，不能用自然選擇來解釋所有的進化現象。考慮到適應性進化是生物進化的核心現象，說自然選擇是進化的主要機製，也是成立的。
（4）漸變論：生物進化的步調是漸變式的，它是一個在自然選擇作用下累積微小的優勢變異的逐漸改進的過程，而不是躍變式的。這是達爾文進化論中較有爭議的部分。在達爾文在世時以及死後相當長一段時間，大部分生物學家，特別是古生物學家，都相信生物進化是能夠出現躍變的，認為新的形態和器官是源自大的躍變，而不是微小的變異在自然選擇的作用下緩慢而逐漸地累積下來的。
其實，早在赫胥黎在內的一些古生物學家由於強調生物化石的不連續性，而持這種觀點。在遺傳學誕生之後的一段時間內，早期遺傳學家們由於強調遺傳性狀的不連續性，也普遍接受躍變論。在20世紀40年代，“現代綜合”學說將遺傳學和自然選擇學說成功地結合起來，漸變論逐漸占了優勢。但是近二三十年來，古生物學和進化發育生物學的研究表明，生物進化過程很可能是漸變和躍變兩種模式都存在的，躍變論又有抬頭的趨勢。不過，進化論所說的躍變，除了某些非常特殊的情形（例如植物經雜交出現新種），並非是指在一代或數代之間發生的進化，而可能經曆了數千年、數萬年乃至數百萬年，隻不過以地質年代來衡量顯得很短暫而已。
達爾文承認在當時的化石研究中並未有證據顯示有物種間過渡類型的存在，並指出這可能是最易於檢驗而又具有殺傷力的反進化論的理由。他看到了進化論的理論缺陷，並希望後人能予以驗證、完善。時至今日，進化論已經成為一個比較完善的理論，其理論下也誕生了四個子係統：
（1）進化論：物種是可變的，現有的物種是從別的物種變來的，一個物種可以變成新的物種。這一點，如今早已被生物地理學、比較解剖學、比較胚胎學、古生物學和分子生物學等學科的觀察、實驗所證實，甚至在實驗室、野外都可以直接觀察到新物種的產生。所以，這是一個科學事實，其可靠程度跟“地球是圓的”、“物質由原子組成”一樣。在今天，除了少數由於宗教信仰狂熱而無視事實的人，實際上已無生物學家否認生物進化的事實。
（2）共同祖先學說：所有的生物都來自共同的祖先。分子生物學發現了所有的生物都使用同一套遺傳密碼，生物化學揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最終證實了達爾文這一遠見卓識。所以，這也是一個被普遍接受的科學事實。
（3）自然選擇學說：自然選擇是進化的主要機製。自然選擇的存在，是已被無數觀察和實驗所證實的，這也是一個科學事實。現在學術界一般認為，自然選擇的使用範圍並不像達爾文設想的那麼廣泛。自然選擇是適應性進化（即生物體對環境的適應）的機製，對於非適應性的進化，有基因漂移等其他機製。也就是說，不能用自然選擇來解釋所有的進化現象。考慮到適應性進化是生物進化的核心現象，說自然選擇是進化的主要機製，也是成立的。
（4）漸變論：生物進化的步調是漸變式的，它是一個在自然選擇作用下累積微小的優勢變異的逐漸改進的過程，而不是躍變式的。這是達爾文進化論中較有爭議的部分。在達爾文在世時以及死後相當長一段時間，大部分生物學家，特別是古生物學家，都相信生物進化是能夠出現躍變的，認為新的形態和器官是源自大的躍變，而不是微小的變異在自然選擇的作用下緩慢而逐漸地累積下來的。