美國調查小組也提出了自己的觀點，但是與埃及方麵的觀點相差甚大。美方認為，990航班的副駕駛有意自殺，並最終造成了這次不幸事件。美國專家分析飛行記錄儀之後，認為有人關掉了位於駕駛室內的開關掣，而這個開關掣負責控製飛機的兩個引擎，關閉它無疑等於讓飛機下墜。因而美方推測，關閉開關掣的那個人有自殺的企圖。
這並不是沒有先例，兩年前，新加坡航空的子公司勝安航空在印尼墜機，很多人就懷疑是飛機上有人想自殺造成的。當時勝安航空公司的一架波音737客機在由新加坡飛往印尼首都雅加達，不幸在途中墜毀，機上104人全部喪生。事後調查人員就發現該航班機師朱衛民“有個人問題”，是他在蓄意令飛機墜毀。
據美國國家運輸安全委員會說，在自動操作係統突然被關閉約20秒後，990客機的兩個引擎被關閉，飛機隨即俯衝入大西洋。美國國家運輸安全委員會懷疑的是備勤機師。當時，機長離開駕駛室，飛機就是由備勤機師控製著。是他有意把飛機墜落在大西洋上，於是他就關掉了飛機的自動導航係統。當時他還不停念著“TawakaltalaAllah”，這是阿拉伯語，意思是“我把信念都交托給神”，作出了和正機師挽救客機完全相反的操作。上述論證隻不過是美國調查人員的猜想，未經過任何證實，但在給上級的報告中，他們指出了可能有殺人傾向或自殺傾向這種說法。
美方的這個調查結果自然引來埃及政府的強烈不滿，他們堅決認為是飛機的機件問題導致了這場意外的發生。在一些西方國家中的埃及社群，也對美國的這份報告十分不滿，他們認為，埃及人是根本不喜歡自殺的。
美方針對埃及政府的機件問題說提出了相反意見。他們表示經過美國的論證，埃及調查人員給出的結果全部都和事實不符。比如說，埃及方麵認為升降舵失去控製，但美國方麵確認為當時飛機的升降舵是正處於“分裂的狀態”。然而在這種情況下，一邊是升而另一邊是降，這種操作，隻有在900號航班上的飛行人員才能夠做得到。
雙方都肯定，這宗空難和機長阿爾蓋達沒有關係。因為這次空難不同於9·11事件，機長是正常地離開駕駛艙，也沒有對乘客有額外的警惕。而這次空難事件也不是客機駕駛員以外的人走入駕駛室來令飛機引擎停轉。不過，備勤機師念讀的句子，仍被視為是自殺的證據。
時至今日，事故的原因仍是一個謎團，誰都沒有確切的證據證明空難的具體原因。但是，不管怎樣，這一教訓卻是慘痛的，不論是由於埃方所說的機械故障還是由美方所說的人為的原因，都值得我們去深思。
事後，埃及航空公司將飛往紐約的航班改為MS986，並改用新型的波音777客機來執行此航段。
美國調查小組也提出了自己的觀點，但是與埃及方麵的觀點相差甚大。美方認為，990航班的副駕駛有意自殺，並最終造成了這次不幸事件。美國專家分析飛行記錄儀之後，認為有人關掉了位於駕駛室內的開關掣，而這個開關掣負責控製飛機的兩個引擎，關閉它無疑等於讓飛機下墜。因而美方推測，關閉開關掣的那個人有自殺的企圖。