不過，駐日本橫田空軍基地的美軍卻顯得稍微敬職，由於他們也掌握到了123號班機的危險狀況，因此墜機後20分鍾內派遣了具有夜視設備的直升機向現場飛去。可惜直升機尚未到現場時就被美軍總部召回，原因是日本自衛隊表示自己有能力搜救，婉拒美軍支援。日方這一決定曝光以後，再次招致很多批評。
123航班上509名乘客及15名機組人員中，有520人不幸罹難，包括日本當時著名歌星阪本九。遇難者有的是爆炸時當場死亡，有的是因為等不來救援隊而死亡，隻有一名未執勤的空服員、一對母女以及一個12歲女孩這四名女性在飛機失事17小時後生還。
另外一架全日航空的班機，與123號班機同時間飛往大阪，最終平安抵達，乘客們在聽說了123航班的空難後，無不感到幸運，可謂生死之隔。
遇難者屍體辨認工作也遇到了困難。飛機墜毀時猛烈撞擊地麵，發生了大火，導致大部分罹難者的遺體殘缺不全。而且正值炎炎夏季，屍體迅速腐爛，當時又沒有DNA辨認身份技術，因此日本不得不動員了東京許多醫師以及全國的法醫和牙醫，協助工作者在酷熱及屍臭之中辨認死難者的身份。直到1985年冬天，屍體辨認工作才得以完成。
日本航空與鐵道事故調查委員會成立了專門的調查小組，調查此次空難的原因。在剛開始調查時，日本官方是將此次事故作為一次犯罪事件來處理的。新聞報道稱墜機現場作為犯罪現場，警方已進行了封鎖。美國國家運輸安全委員會（NTSB）以及波音公司要求派遣人員介入對此次空難的調查，但遭到了日本政府的拒絕。後來在美國國家運輸安全委員會調查組的說服下，日本最終同意美國人員進入調查現場。然而波音公司的調查人員就沒有這種待遇了，他們被認為是嫌疑犯而受到監視，不能自由行動。日本政府的這種做法影響了調查活動的正常展開。
日本航空與鐵道事故調查委員會經過調查後，對空難原因做出了結論。他們認為早在1978年6月2日，123航班客機就已經在大阪的伊丹機場損傷到機尾。但是機尾受到損傷後，飛機生產商波音公司並沒有作出足夠的修補。正常情況下，需要釘補兩排鉚釘，維修人員隻是將損傷的部分簡單地補了一排鉚釘，這種偷工減料的做法增加了飛機尾部接合點附近金屬蒙皮所承受的剪力，致使該處累積了金屬疲勞的現象。該處的壓力壁遭到破壞，然後又造成了飛機四組液壓係統故障，液壓油泄漏，最終導致飛行員根本無法正常操作和控製飛機。
但是，“壓力壁損壞說”遭到許多人的質疑。質疑者認為18時24分飛機發生的驚天巨響很有可能是與其他航空器發生了撞擊。有人懷疑另一架飛機就是日本自衛隊或美軍的無人飛機。甚至還有人認為，飛機是被從天而降的隕石打到的，因此質疑者主張應該綜合其他證據重新調查。
不過，駐日本橫田空軍基地的美軍卻顯得稍微敬職，由於他們也掌握到了123號班機的危險狀況，因此墜機後20分鍾內派遣了具有夜視設備的直升機向現場飛去。可惜直升機尚未到現場時就被美軍總部召回，原因是日本自衛隊表示自己有能力搜救，婉拒美軍支援。日方這一決定曝光以後，再次招致很多批評。
123航班上509名乘客及15名機組人員中，有520人不幸罹難，包括日本當時著名歌星阪本九。遇難者有的是爆炸時當場死亡，有的是因為等不來救援隊而死亡，隻有一名未執勤的空服員、一對母女以及一個12歲女孩這四名女性在飛機失事17小時後生還。
另外一架全日航空的班機，與123號班機同時間飛往大阪，最終平安抵達，乘客們在聽說了123航班的空難後，無不感到幸運，可謂生死之隔。
遇難者屍體辨認工作也遇到了困難。飛機墜毀時猛烈撞擊地麵，發生了大火，導致大部分罹難者的遺體殘缺不全。而且正值炎炎夏季，屍體迅速腐爛，當時又沒有DNA辨認身份技術，因此日本不得不動員了東京許多醫師以及全國的法醫和牙醫，協助工作者在酷熱及屍臭之中辨認死難者的身份。直到1985年冬天，屍體辨認工作才得以完成。