辦完事，玄元正要返回洪荒，土圓拉住玄元，說什麼也不想呆在幽冥世界，非得跟玄元一起去洪荒。
“行啊，隻要平心娘娘同意，我沒意見！”玄元笑著說道。聽見這話，土圓腦袋瞬間耷拉下來。當初巫妖大戰，來幽冥的巫族紛紛要求回去，被平心娘娘一隻手就鎮壓下來，明說下個量劫之前都不準回去。她說的話就是聖旨，誰都沒辦法。
告別土圓，玄元返回不周山。不周山經過巫妖大戰，九天弱水衝刷，一片狼藉。整個戰場無數煞氣彌漫，不時有細微的空間裂縫閃現，靈氣暴亂，生靈全無，絲毫不複昔日洪荒洞天福地之首的模樣。也不知道是不是鴻鈞老祖忘了，天庭都給複原了，偏偏留下不周山這麼大的漏洞。
玄元九轉玄功不過第六轉，遠遠跟不上玄元本身的修為。巫妖戰場倒是個練九轉玄功的好地方。隻見玄元走入戰場靈氣最暴亂的地方，運轉九轉玄功。隻見玄元皮膚變為一片金色，防禦力大增。可惜碰見細微的空間裂縫，仍被割得鮮血淋漓。玄元也不吭聲，九轉玄功不斷運轉，傷口轉眼便愈合一空。在狂暴的靈氣衝擊及空間裂縫的捶打之下，九轉玄功不斷精進。
玄元返回不周山時，金衣玄元與紅衣玄元正好接到求助，去南方平定金剛族及天狗族了，不能壓服洪荒萬族，人族也談不上天地之主。
不到萬年，洪荒大陸所有的種族皆臣服人族，承認人族霸主地位。經此一戰，人族奪得了大量妖族及其他種族的氣運。大長老塵等人更是收複了十二個種族為人族附屬種族，分別是遁地鼠族、大力牛族、風翼虎族、白玉兔族、玄黃龍族、騰翼蛇族、閃電馬族、頂天羊族、三眼猴族、喚日雞族、吞日狗族、巨獠豬族。
這十二族首領皆有太乙金仙修為，拜人族為主，算是不錯的助力。玄元對自己人還是很大方的，特意出關，上天庭一次，拜見昊天與瑤池師叔，將十二位族長封為十二顆洪荒主星的星神，合稱十二元辰，同時也交好天庭。一時間十二大種族氣運大增，功德連綿不絕，對投靠人族那點不滿之心瞬間煙消雲散。
在大戰中，有十位人族修士功勞巨大，分別是甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸。這十人被玄元封為人族護法，玄元下令，整個人族以十大護法為天幹、十二種族為地支，分化時辰，計數年月。一時間人族氣運大漲，稱霸洪荒的人族隱隱有洪荒之主之像。
征戰的人族大軍在玄元的帶領下返回起源平原，隨後無數人族部落卻在各自部落首領的帶領下，遷徙洪荒各處。玄元返回起源平原後，遷移洪荒上品靈脈九百九十九條拱衛起源平原，布置南離丙火焚天大陣、以紅衣玄元為陣眼守護方圓數十萬裏的起源平原，供人族天仙以上修為族人修煉之用。一時間起源平原先天靈氣濃鬱，不下萬壽山這樣的洪荒頂級洞天福地。
起源平原對人族進出自由，但修為必須在天仙期才行。其他種族潛入，非準聖修為，必被南離丙火焚天大陣轟殺。天地變幻，靈氣及天才地寶的減少，想進入大羅金仙都比以前困難不少，準聖更是艱難無比，畢竟功德氣運難得。
人族繁衍生息，大能閉關修煉，洪荒一時風平浪靜。玄元本尊卻是在小金建議下、進入地元世界胎膜邊緣，借助絲絲縷縷溫和的混沌之氣修煉九轉玄功。這也是玄元無可奈何之舉，能斬卻二屍，就已經是靠人族龐大氣運相助的結果了，但如何斬自我屍，卻是一點頭緒都沒有。更何況玄元引發巫妖大戰，重重因果纏身，想要靠參悟天道斬屍成聖，那就是妄想。隻見一絲混沌之氣剛吸入體內，玄元肉身便被消融得隻剩一副骨架。唬得玄元連忙脫離混沌之氣，運轉九轉玄功修複肉身。待肉身恢複完全，消磨掉這一絲混沌之氣，九轉玄功便精進一分。
對於玄元想進入時間長河的想法，小金是知道的，等小金再恢複一些倒是可以帶玄元逆行時間長河。但玄元修為也太差了，這資質成聖都不夠，更別說成為媲美鴻鈞道祖這樣的天道級修士了。希望雖然渺茫，但九轉玄功也是一條路不是？這才指點玄元重點修煉九轉玄功。沒有媲美先天至寶的肉身，進入時間長河就是找死，更別說逆行收集遺落在時間長河中的烙印了。當初沒見東皇太一也隻敢仗著東皇鍾轟擊時間長河麼？聖人更是連涉足時間長河的資格都沒有，畢竟隻是在功德幫助下成聖，借助聖位成就混元大羅金仙，元神雖然不死不滅但肉身差了不少，況且也沒修煉過時間神通。