唯一的安慰則是主教練托普穆勒被評為了當賽季德甲最佳教練。
季後主力球員巴拉克及澤·羅伯托轉投死敵拜仁慕尼黑，球隊成績也一路下滑，整季在降級邊緣作戰，2003年2月球隊辭退托普穆勒，接手的托馬斯·郝斯特欠缺經驗，執教7場比賽僅僅獲得10分，上任短短八周後便主動辭職。
球隊委任克勞斯·奧根塔勒領導救亡，在最後一輪比賽戰勝了其之前任教的紐倫堡而幸保甲級席位。翌季球隊納回正軌，力壓青年軍斯圖加特，獲得聯賽第三把交椅，進入了下賽季的歐洲冠軍聯賽。
04br05賽季，歐洲冠軍聯賽小組賽階段中，勒沃庫森分別以3比0，3比1的比分擊敗西甲巨人皇家馬德裏和意甲狼羅馬。可惜16分之一決賽輸給了最後驚天逆轉AC米蘭而奪冠的利物浦。
2005br06賽季開始階段成績差強人意，四輪比賽隻得一勝，歐洲聯盟杯主場0-1負於索菲亞中央陸軍（最終兩回合累計0-2出局），為二十年來最差的開季成績。
奧根塔勒被撤職而由前德國國家隊教練魯迪·沃勒爾出任臨時教練，稍後由其國家隊助教米歇爾·斯基貝出任正式教練。然而斯基貝上任伊始也並未能夠走出低穀，成績沒有特別的起色，前半程的表現極其低迷。
但是冬歇期後勒沃庫森如夢初醒，重新找回了贏球的感覺。
聯賽的下半場，他們一共收獲了33分，比起聯賽亞軍不萊梅的同期積分也不過隻少了1分，最終順利地拿到了歐洲聯盟杯入場券。
當時的巴內塔還憑借6個進球和7次助攻的精彩表現榮膺賽季最佳新秀。唯一令人遺憾的是隊內頭號射手保加利亞人貝爾巴托夫以1650萬歐元的轉會費遠走熱刺。
不過相比巴拉克和盧西奧等人，或許能令球迷些許欣慰。2006br07賽季球隊迎來了紐倫堡的前鋒，當時德國U21隊長基斯林，不過球隊整個賽季的表現隻能用差強人意來形容。
歐洲聯盟杯在四分之一決賽中首回合0：3慘敗於西甲奧薩蘇納，讓第二輪的客場之旅失去了任何意義，最終也已總比分0：4黯然出局。
可是就在勒沃庫森的暗日裏，卻迎來了一顆新星的曙光，那就是當時年僅22歲的門將阿德勒。雖然是聯賽處子秀，不過他用驚豔的表現征服了所有人。
最終憑借一己之力，讓勒沃庫森在維爾廷斯球場拿走三分，同時成為了當輪最佳球員，而俱樂部的高層也因此痛下決心，把為球隊效力多年的門將布特放在了替補席上。
而後來的事實證明阿德勒完全有能力站在勒沃庫森的大門前，球隊最後還是拿到了一張歐洲聯盟杯資格。注1：如同英國足球是從板球俱樂部衍生而成，早期德國足球是依附在體操協會發展出來的。
2009-2010賽季，海因克斯開始執教勒沃庫森隊，2010-2011賽季，他們成功將拜仁擠到歐冠資格賽，自己以聯賽第二進軍歐冠正賽，北京時間2011年3月21日晚，德甲俱樂部勒沃庫森通過其官網宣布，球隊現任主帥海因克斯，將在2011賽季結束後離開。
而弗賴堡現職主教練杜特將於2012年夏天正式執掌教鞭，雙方將簽訂一份為期兩年的合約，2011-2012賽季，勒沃庫森德國杯首輪即遭淘汰。
全隊上下全力以赴迎戰新賽季、歐冠。他們憑借主場全勝，提前晉級歐冠16強，包括主場2:1擊敗切爾西。在經曆了4連敗之後，勒沃庫森解雇了杜特。
由二隊教練萊萬多夫斯基接任，海皮亞任助教，最後六輪局勢得到扭轉，2平4勝最終排名聯賽第五。