最後，鄭芝龍卻被洪承疇耍了。
鄭芝龍從一種亦商亦寇的海盜把實力坐大，後來又受撫於明朝，借著明朝的招牌，公然在海上大販私貨，其商業的網絡遠達東西洋的各地，可謂權傾閩省的一代奸雄。至此，鄭芝龍被清軍裹脅到京城監視居住，最終被清人殺死，其最後之結局黯淡無光。
不久，招撫南方總督軍務大學士洪承疇也樹大招風。有人秘告洪承疇跟“吳勝兆反正案”“和尚函可文字案”兩件秘密複明的通天大案相關。
為了避嫌，順治五年二月，多爾袞把洪承疇招回了北京休養。這對於洪承疇而言，也未嚐不是一種保全。
洪承疇調回北京後，幸存的魯監國朱以海已然變成一隻無助孤鴻。因此，對於南方戰局，多爾袞又重新盲目樂觀起來。軍事上，多爾袞不願意“撫”，覺得“撫和”既費時又費錢。還不如鐵血的軍事主義，一戰定乾坤，從肉體上徹底地消滅對方。
這就引起了南方軍事的再度惡化。
首次，南明的反抗勢力在廣東一省，相繼成立了肇慶的朱由榔永曆政權，廣州的朱聿紹武政權。朱聿雖旋起旋滅，朱由榔的生命力卻相當頑強，此後，與滿洲人周旋了十餘年。
其次是，鄭芝龍海上武裝集團雖然沒有了鄭芝龍，可是這個集團並沒有像滿洲人預期的那樣垮掉。他們選出了自己的新領導人鄭成功。這個年輕人在選拔與駕馭將領方麵的本事，並不比他的父親鄭芝龍差。鄭成功很快便成長為令滿洲人大為頭痛的人物。
另外，1648年，軍事上令多爾袞措手不及的其他數樁突發事變為：正月二十七金聲桓、王得仁的江西南昌反正歸明，三月十七李成棟的廣州起義複明，十二月初三薑瓖在山西大同的反清軍事行動。這三起事件對於大清各新占領區的政治暗示效應很大，各地民間的反清勢力如雨後春筍蓬勃興起，這在實際上已經預示了多爾袞強權軍事政策的不可行。隻不過，多爾袞不肯麵對事實而已。
金聲桓、王得仁、李成棟、何騰蛟等人物，在這一波的南方抗清熱潮中，原本可以發揮更大的作用。隻是，他們本是一班瞻前顧後、胸中毫無成算的二流角色。1649年，征南大將軍譚泰、何洛會兩路滿洲兵南下，金聲桓、王得仁、李成棟等各路兵變次第被平定。何騰蛟也被濟爾哈朗在湖南擒殺。至此，洪承疇調走後所湧現出來的南方第三波抗清高潮，終於過去，但卻遠遠談不上平息。
如此，為了從滿洲人一收兵回到北方休整，南明各路抗清勢力即卷土重來的軍事怪圈中解脫出來，多爾袞決定起用當時在關外休整的“三順王”以及吳三桂關寧軍鎮守南方。
順治六年（1649年）五月，清政府改封恭順王孔有德為定南王，懷順王耿仲明為靖南王，智順王尚可喜為平南王。多爾袞下達的一期作戰指令為：續順公沈永忠、定南王孔有德兩支遼軍“力辦湖南之賊，務令銷靖伏莽，地方底定”；任務完成後，孔有德部向廣西挺進。平南王尚可喜、靖南王耿仲明則取道江西平定廣東局麵。另派平西王吳三桂、墨爾根侍衛李國翰進駐漢中，控製西北局勢。這後麵看似閑逸的一著散棋，才是多爾袞本次用兵頗為高瞻遠矚的一步棋。因為，後來，這僵而不死南明永曆帝的終結者，便是從四川長驅直入的吳三桂。
順治六年十一月，靖南王耿仲明、平南王尚可喜大隊走到江西吉安境內。有滿洲貴族向清中央政府密告耿、尚二人收留過一千多名“逃人”。這觸犯了清朝廷的大忌。耿仲明一時害怕，就在吉安自殺了。實際上，這個時候，多爾袞正全力倚重遼將，他根本不可能對遼軍主帥痛下殺手。尚可喜的最終處理不過是交納了四千兩罰銀便了結此案。耿仲明軍則交由其子耿繼茂繼續指揮。這樣，廣東軍事的擔子便主要壓在了尚可喜的肩上。耿繼茂作為尚可喜的副手，需要一個慢慢熟悉軍事指揮的過程。
這個時期，多爾袞所執行的軍事原則仍然是：用純軍事的手段，解決南方戰事。