順治帝隻不過在一個偶然的機會，知道了李應試這樣一個京城大盜。一開始，順治帝不假思索地把這案子交給步軍統領衙門的那一班捕快去辦理。可是，大學士洪承疇委婉向順治帝建議：此案背景複雜，最好還是請一位宗室王爺把關。順治帝心領神會。於是，順治帝便請判案高手鄭親王濟爾哈朗好好地修理李應試這類潑皮。
像李應試、潘文學那樣的牛人，在人家濟爾哈朗眼裏，真不過是一堆臭狗屎而已。濟爾哈朗專政的鐵拳一到，李應試、潘文學這幾個爛仔頭，立即像秋後的黃瓜似的萎靡了。
朝廷會審之時，順治帝讓大學士寧完我、陳之遴數名漢臣，協助鄭親王濟爾哈朗審案。可是，整個辦案過程中，大學士寧完我、陳之遴卻“默無一語”。濟爾哈朗大感詫異，他責備陳之遴：像李應試那種細民，在你我麵前不過相當於一根鳥毛而已，你為什麼要怕他。陳之遴若有苦衷地回答：“您鄭親王是皇室的大哥大，自然是百無禁忌了。可是我等漢官就不行了。這李三倘使王爺肯一棍子把他打死也罷，萬一這李三走了滿洲什麼的路子，僥幸活了下來，那我們這些開口揭發了李三的漢臣就後患無窮了。”
濟爾哈朗將陳之遴的回答如實彙報給了順治帝。順治帝聽了之後沉默了半晌。他當然知道陳之遴講的是實情。官兵到李應試家抄家時，曾經拿回來許多朝廷縉紳大官的名劄，其中也包括一些屢建奇勳的滿洲王爺貝勒們的名片。看來這李應試交通大清國官員的本事著實不小。倘若認真追究起來，這將是大清朝廣泛株連滿漢朝臣的滔天巨案。順治帝隻能大案化小。當時，除了把李應試、潘文學一家大小送上了刑場，開刀問斬的還有李運長、高思敬、高三、王國禎、顧麟、槐啟樟、李之棟、李東明和劉文登等8個漢官。沒有一個真正的大角色，都是一些蝦兵蟹將的小玩意兒。滿洲貴族隻要不危及順治帝的統治，在“首崇滿洲”基本國策的指導下，順治帝大抵都予以從輕發落了。
不過，對於陳之遴，順治帝卻不想原諒。於是，順治帝便把陳之遴剛做了數月的弘文院大學士徑直拿走了。將陳之遴調任為戶部尚書。
後來，順治帝在跟皇額娘孝莊太後解釋自己為什麼要冷淡陳之遴時，乃說：我知道陳之遴無力與這一幫無法無天的貝勒宗室們抗衡。但是，作為漢臣中的首席領班，他至少應該把他所遇到的困難跟我講，而不是一聲不吭。這樣會嚴重損傷我們君臣之間的信任度。因為我觸摸到的陳之遴不過是一個畏縮、自私、怕事的家夥，不堪重任！