於是，孝莊太後讓湯若望帶她參觀這一座上一年剛剛翻新的天主教大教堂。據史書上記載，位於宣武門的這座南堂，“牖器飾，如其國製，內建亭池台榭，式仿西洋，極其工巧，堂前有大理古牌樓一座，署有上賜‘欽宗天道’四個金字”。事實上，南堂內部除了一般的宗教設施，還設有天文台、藏書樓、儀器室等科學設備，功能十分完善。
當時，孝莊看過之後，十分滿意。她親切地問湯若望：“神甫願意你的主在天國，保佑我大清國的國運永久繁榮昌盛嗎？”
湯若望十分肯定地回答：我發誓，仁慈的主一定會的，因為上帝知道皇太後心底的正直，知道大清國少年帝王的剛強壯膽，上帝已經將這塊美麗而神奇的土地標記為大清的時代，所以，大清國的未來，必像是日出的晨光，如無雲的清晨，雨後的晴光，遍地生長嫩草！
孝莊聽過之後，當時就笑了。她隨即表示今後願意以父執禮敬湯若望，希望能經常聽到湯若望的教誨，也就是說，孝莊願意以一種幹女兒的身份崇尚湯若望。
順治八年八月十三，是順治帝迎娶舅舅卓禮克圖親王吳克善之女為皇後的大婚日子。湯若望以一個特別貴賓的身份，參加了這場盛大的婚典。
婚禮既成，順治帝恭奉冊寶，為生母布木布泰加上尊號為“昭聖慈壽恭簡皇太後”。湯若望再往內宮向新收的義女賀喜。並表示自己這一段日子均晨昏為皇太後的健康禱告，為順治帝這一對年輕夫妻的後來幸福禱告。孝莊太後當時心境大好。竟特意從自己手腕上脫下兩隻金鐲子，回贈湯若望以堅信念。
其實，作為奠定大清基礎的政治女強人孝莊太後，竟然願意認一位外國傳教士做義父，這件事，本來就非同小可。孝莊太後成為了湯若望的義女，那順治帝很自然地便成為了義孫。不過，作為一代定國帝王，一開始的順治帝，卻對於這個金發碧眼的德國人充滿了疑惑。因為，當時的湯若望，作為中國教區一位很有勢力的傳教士，卻一直保持著一種無家無室無後代的清真生活。
順治帝不相信湯若望能真正地耐住寂寞。因此，魏特在其所作的《湯若望傳》中寫道：“皇帝本來一位教外人，對於教士無家室的獨身生活，殊覺費解。因此他一開頭時，在白晝任何一個時刻，甚至在深夜，遣派三個或三個以上的體麵內臣，到若望住宅中，借詞或此或彼地谘詢，然而實際上卻是暗自查究他的私室行動。這些黑夜來客，在若望住宅中，不曾發現有絲毫可指摘處。皇帝對於若望的貞潔生涯，確切訪明後，他才選他為他的師友，為他的親信顧問。”
順治帝是一位少年天子。親政後的順治帝，正值一個少年求知欲特別高漲的時期。因此，順治帝對於溫和而又博學的湯若望表現得饒有興趣。湯若望在順治帝眼中簡直就是一本科技百事通，上知天文，下知地理，這可以滿足少年順治帝對於大自然奧秘的探索欲望。有一段時間，順治帝對於天上的星辰運行特別著迷，便關照左右：湯若望如果觀察到什麼特殊的天體變化，可以立即進宮啟奏，而不受宮中那些煩瑣禮節的製約。