因此，五世達賴阿旺羅桑嘉措在接到順治帝的邀請入覲敕書之後，真的是雄心萬丈。順治九年(1652年)二月，安居於雪域西藏的神王——五世達賴阿旺羅桑嘉達，在3000名喇嘛與3萬名蒙古鐵騎的護衛之下，開始浩浩蕩蕩地向北京城走來。他此行的一個巨大野心便是將少年天子福臨收為自己的弟子，做上大清朝的國師，從而打通一條黃教在內地傳教的康莊大道。
順治帝在得到五世達賴喇嘛自西藏啟程的確實消息之後，為了滿足皇額娘孝莊太後對於黃教的一片崇敬之意，就開始著手準備一個極其隆重的接待儀式。北京的西黃寺便是為迎接五世達賴喇嘛而專門修建的。
但是，在順治帝是否親自到口外迎接這一重大儀式上，滿漢大臣在會議的時候卻發生了重大的意見分歧。滿族諸王大臣們從收服漠北喀爾喀蒙古的傳統政策出發，是主張皇帝出關迎接的。洪承疇、陳之遴等漢族大臣，頗憂慮元朝藏傳佛教在內地坐大的事實重演，就以“皇上為天下國家之主，不當往迎喇嘛”為詞，主張於親王中選一人代迎即可。順治帝一開始采用了滿族諸王大臣的建議，欲親迎至塞外的代噶。五世達賴喇嘛聞訊，覺得距離自己做清帝國師的目的前進了一大步，仍不勝歡忭，兼程而進。洪承疇見單憑自己的力量很難阻止順治帝的興致勃勃，他乃將其中的政治宗教後果密奏於孝莊太後，孝莊太後至此也憬然而悟。於是，再由湯若望、洪承疇聯名，以“上天垂象，誠宜警惕”之天象異常，疏請順治帝切勿出關。這樣，順治帝才最終拍板：接待五世達賴喇嘛的外交宜熱情不宜渲染過度，自己不再親迎至口外，這便在實際上降低了五世達賴喇嘛的歡迎規格。
最終，五世達賴喇嘛在和碩承澤親王碩塞的陪同下，自代噶經張家口、昌平、沙河、清河而抵近北京。五世達賴喇嘛走近清河地麵，為了安撫五世達賴喇嘛的惆悵之感，順治帝又特地加派大清朝的勳戚重臣、叔父和碩鄭親王濟爾哈朗親往迎接。
順治九年十二月十五，順治帝在北京城南的南苑苑囿會見了五世達賴喇嘛。後來，五世達賴喇嘛在他的《自傳》中回憶起這次曆史性的見麵，仍說：
我們啟程前往皇帝駕前。進入城牆後漸次行進，至隱約可見皇帝的臨幸地時，眾人下馬。但見七政寶作前導，皇帝威嚴勝過轉輪王，福德能比阿彌陀。從這裏又前往至相距四箭之地後，我下馬步行，皇帝由禦座起身相迎十步，握住我的手，通過通事問安之後，皇帝在齊腰高的禦座上落座，令我距他僅一庹遠，稍低於禦座的座位上落座。賜茶時諭令我先飲，我奏稱不敢造次，遂同飲。因此，禮遇甚厚。
五世達賴喇嘛的北京之行，收順治帝為弟子的重要心願雖然落空。但他此行的政治收獲仍然是豐厚的。順治帝加封五世達賴喇嘛為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，爾厄魯特部顧實汗則敕封為“遵行文義敏慧顧實汗”，均賜予以金冊金印。由此，達賴喇嘛在西藏的佛教領袖地位得到最終確認。
至於大清朝，也完成了“興黃安蒙”戰略的一個重要布局。此後，接替順治帝的康熙帝為迎合蒙古各部落的宗教願望，又在內蒙古的多倫諾爾興建起了氣勢宏偉的彙宗寺，並指派章嘉呼圖克圖為寺僧領袖。由此，形成了以西藏的達賴、班禪，外蒙古的哲布尊丹巴呼圖和圖，內蒙古地區的章嘉呼圖克圖為領袖的四大黃教中心。以後，雍正帝更通過設立駐藏大臣和金瓶掣簽製度，從而實現了清中央政府對西藏的直接控製。
如此，在清朝的社會結構中，雖然一直共存著七種宗教：宗法性的傳統宗教、佛教、道教、伊斯蘭教、薩滿教、基督教以及民間秘密宗教等。它們在不同的時期、不同的地方，以不同的程度進入到中國人的生活之中。隻是，除了宗法性的傳統宗教為清朝一枝獨大的主要宗教信仰。其他六種宗教均沒有壯大成為一種主流，從而改變了人們的生活。
為此，學者牟鍾鑒在《世界宗教研究》一文中說：“中國宗法性傳統宗教是以天神崇拜和祖先崇拜為核心，以社稷、日月、山川等自然崇拜為翼羽，以其他多種鬼神崇拜為補充，形成相對穩固的郊社製度、宗廟製度以及其他祭祀製度，成為中國宗法等級社會禮俗的重要組成部分，是維係社會秩序和家族體係的精神力量，是慰藉中國人心靈的精神源泉。不了解這種宗教和它的思想傳統，就難以正確把握中華民族的性格特征和文化特征，也難以認識各種外來宗教在順化以後所具有的中國精神。”
“敬天法祖”與“神道設教”，是宗法性傳統宗教的一個核心命題。有清一代繼承了這個宗教傳統，並且使得這種傳統性宗教祭祀活動顯得更加完備，也更趨於製度化了。