武則天最後以劉禕之與裴居道有私交，並暗地裏準備替裴居道平反，又與許敬宗的妾室有私情等諸多罪名，下詔將他賜死。結果劉禕之被殺，家產抄沒，幾位兒子俱被流放，妻女沒入掖庭!
劉禕之在獄中時，曾經上疏自陳，為自己作無罪辯護，其所寫辯護書詞理懇至，見者無不傷痛。秘書郎郭翰、太子文學周思鈞共稱歎其文，並為之辯護，結果同樣惹惱了武則天，貶郭翰為巫州司法，周思鈞為播州司倉。
劉禕之是武則天親手提拔的官員，是最早一批北門學士，這些年一直為武則天搖旗呐威，武則天也對他給予了重用，並最終讓他位列政事堂，可以說是武則天的心腹大臣之一。誰也沒想到，這樣一位重臣，竟然會因為私下與人交談時候幾句不合時宜的話就被賜死，連賀蘭敏之都沒料到過。
劉禕之在朝中任職多年，與許多大臣交好，他犯事後，許多人跟著遭殃，流放的流放，貶官的貶官，更倒黴的跟著丟姓命，一些原本沒什麼罪名的人，隻要和劉禕之有交集的，也被羅列了罪名。武則天重用的周興、來俊臣、丘神勣等人開始真正顯示酷吏的本姓，大多的案件都交由他們審查，朝的一些大臣，逐漸被他們迫害。賀蘭敏之雖然不情願看到這樣的情況出現，但他也知道，這是武則天當上皇帝後必須要采取的手段，最好不要去阻止，而且他也需要武則天替他做這些。
那些與他政見不合，或者一直對他不滿的人，他也樂見借他人之人除去，但他倚為親信的人，他是決不允許周興等人給他們加以罪名的，一些耿直之人，品格高尚者，他也會施以援手，在不惹惱武則天的前提下，減輕他們的罪名。
其實朝堂上的情況與武則天當皇帝前並沒什麼太多的改變，以前也有清洗，現在的程度雖然比武則天當皇帝前有點重了，但還不至於亂了朝綱。武則天很勤政，每天都親自批閱奏折，當然賀蘭敏之也批閱很多，他把主要的精力都投入到處理朝事上。
安西和安北境內有亂，朝廷除了派使者招撫外，已經下令組建大軍，準備討伐。不知何因，武則天極力要求以程務挺和黑齒常之兩將各領兩部人馬，賀蘭敏之在考慮一番後也同意了。
最後的任命以程務挺為安北道行軍大總管兼安北安撫大使，黑齒常之任安西安撫大使兼安西道行軍大總管，各率軍五萬，與兩都護府駐軍一道，出征平叛。
程務挺原任左羽林軍大將軍職，他出征後，此職空了下來，武則天在問詢賀蘭敏之由何人暫時接替程務挺此職時，賀蘭敏之毫不猶豫地推薦了薛訥，最終武則天不情願地同意了，以薛訥為檢校左羽林軍大將軍，代程務挺統領最精銳的禁軍——
這個夏天武則天沒出去避暑，是在上陽宮度過的。
夏天很熱，不過因為大多的人都有很多事要忙，時間過的很快，轉眼盛夏就過去了，時節已經入秋，隻是今年天氣有點怪異，到了八月中後，天氣還挺熱，讓人感覺非常不舒服。
程務挺和黑齒常之率軍已經進入安北和安西，這些年大唐軍隊的戰鬥力提升的非常快，而且一些“現代化”的武器也陸續研究出來，更不要說領軍的程務挺和黑齒常之都是非常出色的名將，對付戰力並沒有提升的突厥叛軍，形勢是一邊倒的，可以說叛軍一觸即潰，捷報接二連三地傳來。
看到大軍剛與你交手，報捷就頻傳，武則天心神大悅，馬上下旨嘉獎。看到自己提拔的兩位效仿不辱使命，輕鬆獲勝，賀蘭敏之也鬆了口氣，他也向武則天建議，在兩部人馬幾戰獲勝後，再派人招撫，爭取盡快平息北方及西北的戰事，讓邊關不再生亂，武則天也同意了賀蘭敏之的請求。
最早派出的招撫使者沒有勸動那些叛亂的突厥頭領，武則天非常生氣，下令盡數殲滅叛軍，但賀蘭敏之還是建議招撫並舉，以減少因戰亂帶來的破壞，他不擔心戰事擴大化，因為他收到來自前方的秘報說明，叛亂的部落數量並不多，這些人並不是真的想匡扶大唐，隻是想趁機作亂而已，大多的部落還是采取觀望態度，我大唐在安西和安北駐軍數量又不少，突厥部落如何敢大規模作亂。
這次平叛，賀蘭敏之原本提議是作戰任務主要交由各都護府麾下的兵馬負責，但武則天還是傾向再組大軍討伐，一些其他大臣也是如此建議，最後賀蘭敏之也同意了，但在戰事開始後，他覺得派兩位大將率軍出征，還是小題大做了，沒這個必要，可能集兩都護府的兵力，也能平息戰事了。