朱棣攻下金陵的第二天，聚集在南京的諸王及群臣便上表，勸其登其就帝，朱棣略做推辭，便也依允。再一日，朱棣謁孝陵（朱元璋墓），眾臣備好法駕，奉了寶璽，呼迎萬歲。曆誌多年、奮戰四載的朱棣終於坐上龍輦，登殿即位，完成了他夢寐以求的帝王之誌。隨後朱棣下詔，將建文四年改為洪武三十五年，明年即為永樂元年。
做了皇帝的朱棣首先恢複周王橚、齊王榑等人的爵位，草草安葬朱允文（事實上皇宮中根本沒有找到朱允文的屍體，隻是找了具燒幹的黑屍，對外宣稱是建文帝而已。這事後麵還有交待。），便開始了瘋狂的報複。在隨後的日子裏，殺齊泰、黃子澄、方孝孺、鐵鉉等多名建文舊臣，滅其族，以妻女入教坊司充為妓女，株連家眷、好友其計一萬多人。
朱棣登基後，殺人之多，手段之狠，為曆朝曆代慘殺敵對方官吏臣下之最重，不但建文朝不降的一個不剩，便是歸降了的，他也不曾放過。第一個帶兵征燕的老將耿炳文，歸降之後僅僅在朱棣稱帝的第二年，刑部尚書鄭賜、都禦史陳瑛便劾其衣服器皿有龍鳳飾，玉帶用紅鞓，僭妄不道，耿炳文自殺。其長子璿，曾任前軍都督僉事，娶的便是懿文太子長女江都公主，更是在永東初年便坐罪論死，其他兩個兒子也不得善終；相對於耿炳文，第二次帶兵伐燕的李景隆處境要好一些。他在戰場上草包，又是最早打開南京城歸降的重臣，朱棣自然不能太的虧待於他，登基之後被授以奉天輔運推誠宣力武臣、特進光祿大夫、左柱國，增歲祿千石，朝廷有大事，李景隆猶以班首主議，可謂風光一時。永樂二年，周王首先出來告發他建文時至邸受賂，馬上刑部尚書鄭賜等人便劾他包藏禍心、蓄養亡命、謀為不軌。這時候的朱棣故意做了個樣子，下詔命下麵不要提這些舊事，但是事過不久，成國公硃能、吏部尚書蹇義與文武群臣，大殿上劾李景隆及弟增枝逆謀有狀，六科給事中張信等複劾，這次朱棣動了真的，下詔削其勳號，絕朝請，不過還是讓他以公歸第，奉長公主祀。又過了不久，禮部尚書李至剛等人又道：“李景隆在家，坐受閽人伏謁如行君臣大禮，是大不道；增枝多立莊田，蓄僮仆無慮千百，意叵測。”於是李景隆被奪爵，沒其財產。絕望中李景隆絕食幾日盡然不死，一直活到永樂末乃卒；李景隆之後對朱棣能夠形成威脅的建文將領當屬盛庸與平安。朱棣入京後，盛庸見大事已去，以剩餘力量歸降，被朱棣命以守護淮安。永樂元年，千戶王欽揭發盛庸的罪狀，被朝廷馬上進為欽指揮同知，於是看出苗頭的都禦史陳瑛上本劾盛庸有怨氣、有異圖，盛庸無奈自殺；平安被俘之後，朱棣愛其才勇，不忍馬上殺他，選了精銳卒衛將其押送北平，交朱高熾看管，並囑咐善待他。等到朱棣即位，詔平安為北平都指揮使，後又進行後府都督僉事。永樂七年三月，朱棣巡視北平，在奏章上見到平安的名字，對左右說：“平保兒尚在耶？”平安聞之，遂自殺。當然，這些都是後事了，由於是本書出現的重要人物，在這裏對其命運作個交待。
建文帝忠臣中惟一能夠善終的，隻有魏國公徐輝祖。朱棣即帝之後召見他，徐輝祖在大殿上一言不發，隻道自己是功臣之後。由於他是中山王徐達之子，又是徐皇後的親弟，家有免死的誓書鐵券，朱棣免其一死，革其祿米，把他一直軟禁在家。
登上了皇位、殺了個痛快的朱棣終於想到還有另外一件極為緊迫的事應該馬上去做，那便是分封有功之臣，但是具體要封誰、怎麼分，他遲遲沒有態度。這一天應招而來的姚廣孝進入大殿，卻發現那裏隻有朱棣一個人默默沉思，他不敢打擾，隻好躬身站在一旁。