劉峰在元和十一年調整了各大軍區，北方的三個軍區，新州、幽州和並州軍區合並為兩個。一個為東北軍區，轄地為原新州和新占領的地方，該軍區主要任務就是占據朝鮮半島，然後滅掉夫餘。東北軍區司令為公孫姬蘇，副司令為張水，文化教員為汪齊。
原幽州軍區和並州軍區合並為北方軍區，轄地為幽州和並州，其主要任務是防範北方鮮卑族，西麵的羌族，其進攻目標是河套地區。在劉峰的計劃中，河套地區，務必盡快全部拿下。這是進軍大漠的橋頭堡，也是遊牧民族進軍中原的必由之路。河套隻有掌握在大漢民族的手中，才能杜絕五胡亂華這樣差點把漢族滅絕的淒慘事情發生。
北方軍區司令為馬騰，副司令為馬超，文化教員為原政務院辦公廳廳長袁鬆。
原冀州軍區、青州軍區、兗州軍區合並為中央軍區，轄地為冀州、青州和兗州，以及青州的海麵，擁有關東係統唯一一支水軍。這個軍區的任務是保衛關東政府，保衛劉峰，建設青州港口和訓練水師。
軍區司令為王狗子，副司令為典韋，文化教員為劉偕。
劉偕將軍自從從軍事學院畢業之後，被劉峰安排到總文化部工作，政治思想工作做得不錯，所以劉峰這次一下子把他提拔到中央軍區文化教員的高位上。
在劉峰組建第一支水師的時候，曾經傷透了腦筋，因為找不出合適的人擔任水師司令。劉峰手下的大將大部分都是北方人，都是旱鴨子。隻有一個很早就跟隨劉峰的原刀盾兵都尉，後來的兗州軍區副司令楊鐵出身江南魚米之鄉，水性非常好，也善舟楫。所以劉峰讓他出任水師司令，負責青島港口的保衛和水師訓練。
豫州和徐州合並為一個軍區，叫做南方軍區。轄地為豫州和徐州，以及揚州的壽春和廬江兩郡。主要任務就是防範西麵的袁術和南麵的孫策，還要沿著長江建設港口，以便於將來水師停駐。
南方軍區司令為呂布，副司令為趙雲，文化教育為呂四農。本來呂四農為徐州軍區司令，但是既然要組建南方軍區，那麼徐州軍區自然就不存在了。而且劉峰對呂布此人不太放心，安排了趙雲做他的副手，又把絕對的自己人呂四農安排成文化教員，監視呂布。
呂四農一開始還不願意，本來他是一個武夫，也是靠著軍功，跟隨者劉峰一步步打上來的，自然不願意成為文職。不過劉峰做了他的思想工作，要求他幫自己看著呂布。說呂布此人乃猛虎，必須要有人時時監視提防他。呂四農這才勉強接受這個職位。