雍正元年（1723)，原有準噶爾部派往青海，又接受清朝冊封為親王的和碩特部首領羅卜藏丹津，受策妄阿拉布坦煽動而叛亂，並多次掠擾西寧等地。清政府出兵很快平定了叛亂，羅卜藏丹津逃人準噶爾部。清王朝改西寧衛為西寧府，設立青海辦事大臣，分蒙古族為29旗，青海完全歸入清政府管轄之下。
雍正五年（1727)，準噶爾部策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼立，不斷發動騷亂。乾隆十年（1745)，噶爾丹策零死，準噶爾部長期陷入內亂，乾隆二十年（1755)，在部分準噶爾部頭目支持下，清軍分兩路攻人伊犁，曆時兩年，徹底取得平定準部叛亂的勝利。接著，清政府設伊犁將軍、參讚大臣、烏魯木齊都統和巴裏坤領隊大臣等重要官職，派兵進駐伊犁、阿城等地，進一步加強了對天山北路廣大地區的有效管轄。
清政府還於乾隆二十三至二十四年（1758~1759)平定了南疆維吾爾族上層大、小和卓木的叛亂；道光七年(1827)，平定了大和卓木之孫張格爾在英國侵略者支持下的叛亂。大小和卓木叛亂被平定後，清嘯噶爾等地設參讚大臣、辦事大臣、領隊大臣，率兵駐守。瞎什噶爾參讚大臣歸伊犁將軍節製。
至此，天山南區盡歸清政府統轄，此後，天山南、北路統稱為新疆。
清政府完成了平定叛亂和鞏固西北邊疆之後，接著開始了對西北邊疆的大規模開發，主要體現在大興屯田。甘肅河西走廊和新疆地區成為屯田的主要區域。河西走廊地區在康、雍、乾時期屯田大開，不少綠洲得到開發，屯田數在全國名列前茅，所占比例甚高（見下表）。表中數據雖為甘肅全省屯田、屯糧數，但甘肅屯田主要在河西地區。
清代前期在新疆的屯田最初是以解決駐軍糧食而興起的，但它卻奠定了新疆地區農業經濟的基礎，對於促進新疆開發和經濟發展，產生了深遠影響。史稱“新疆屯田，始康熙之季”。並隨著天山南北地區的漸次歸附而由北向南擴展。首先是在北疆哈密、巴裏坤、吐魯番和額爾齊斯河一帶展開，以兵屯為主。乾隆年間，隨著平準戰爭的勝利，兵屯在天山南北地區全麵展開。其中，北疆著名的屯區有王堡、昌吉、羅克倫、樸成子、奎蘇、伊犁、晶河、庫爾哈拉、烏蘇、瑪納斯、葵巴什湖、塔爾巴哈台、木壘、奇台、濟木薩、牛毛湖、吉布庫、古城等18處。南疆著名的屯區有辟展、哈拉和卓、托克遜、哈喇沙爾、烏什、阿克蘇等6處。兵屯之外，還有犯屯、回屯、旗屯和民屯。犯屯即是遣送罪犯作為勞力進行的屯墾。據載：“乾隆四十年（1775)考核大數，兵一萬三千九百餘名，遣犯大約每年二千五百人之數，於南北疆共屯田二十八萬八千一百畝，而回屯、旗屯不在列，戶屯時墾地七十餘萬畝。”回屯就是組織新疆地區的維吾爾族百姓進行的屯墾；而旗屯則是八旗駐軍的屯墾。清前期曾不斷從新疆各地移民至伊犁，建寧遠城（伊寧），設立9屯，歲收額糧10萬石。至清末時，屯戶達11萬多人，屯戶人口占伊犁人口的大半，可見回屯規模不小。前文所引“戶屯時墾地七十餘萬畝”即是民間百姓的民屯，這應該是新疆屯墾中規模最大，範圍最廣的一種屯墾。此外，清政府還曾招募商人在新疆進行屯墾，這種形式的開墾在絲路北道沿線比較普遍。乾隆三十五年（1770)，陝甘總督文綬奏稱“現在商民承墾具報成熟已十萬餘畝”。則商屯規模亦複不小。多種類型的屯田開墾，大大促進了新疆農業和整體經濟的發展。
雍正元年（1723)，原有準噶爾部派往青海，又接受清朝冊封為親王的和碩特部首領羅卜藏丹津，受策妄阿拉布坦煽動而叛亂，並多次掠擾西寧等地。清政府出兵很快平定了叛亂，羅卜藏丹津逃人準噶爾部。清王朝改西寧衛為西寧府，設立青海辦事大臣，分蒙古族為29旗，青海完全歸入清政府管轄之下。
雍正五年（1727)，準噶爾部策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼立，不斷發動騷亂。乾隆十年（1745)，噶爾丹策零死，準噶爾部長期陷入內亂，乾隆二十年（1755)，在部分準噶爾部頭目支持下，清軍分兩路攻人伊犁，曆時兩年，徹底取得平定準部叛亂的勝利。接著，清政府設伊犁將軍、參讚大臣、烏魯木齊都統和巴裏坤領隊大臣等重要官職，派兵進駐伊犁、阿城等地，進一步加強了對天山北路廣大地區的有效管轄。
清政府還於乾隆二十三至二十四年（1758~1759)平定了南疆維吾爾族上層大、小和卓木的叛亂；道光七年(1827)，平定了大和卓木之孫張格爾在英國侵略者支持下的叛亂。大小和卓木叛亂被平定後，清嘯噶爾等地設參讚大臣、辦事大臣、領隊大臣，率兵駐守。瞎什噶爾參讚大臣歸伊犁將軍節製。
至此，天山南區盡歸清政府統轄，此後，天山南、北路統稱為新疆。
清政府完成了平定叛亂和鞏固西北邊疆之後，接著開始了對西北邊疆的大規模開發，主要體現在大興屯田。甘肅河西走廊和新疆地區成為屯田的主要區域。河西走廊地區在康、雍、乾時期屯田大開，不少綠洲得到開發，屯田數在全國名列前茅，所占比例甚高（見下表）。表中數據雖為甘肅全省屯田、屯糧數，但甘肅屯田主要在河西地區。
清代前期在新疆的屯田最初是以解決駐軍糧食而興起的，但它卻奠定了新疆地區農業經濟的基礎，對於促進新疆開發和經濟發展，產生了深遠影響。史稱“新疆屯田，始康熙之季”。並隨著天山南北地區的漸次歸附而由北向南擴展。首先是在北疆哈密、巴裏坤、吐魯番和額爾齊斯河一帶展開，以兵屯為主。乾隆年間，隨著平準戰爭的勝利，兵屯在天山南北地區全麵展開。其中，北疆著名的屯區有王堡、昌吉、羅克倫、樸成子、奎蘇、伊犁、晶河、庫爾哈拉、烏蘇、瑪納斯、葵巴什湖、塔爾巴哈台、木壘、奇台、濟木薩、牛毛湖、吉布庫、古城等18處。南疆著名的屯區有辟展、哈拉和卓、托克遜、哈喇沙爾、烏什、阿克蘇等6處。兵屯之外，還有犯屯、回屯、旗屯和民屯。犯屯即是遣送罪犯作為勞力進行的屯墾。據載：“乾隆四十年（1775)考核大數，兵一萬三千九百餘名，遣犯大約每年二千五百人之數，於南北疆共屯田二十八萬八千一百畝，而回屯、旗屯不在列，戶屯時墾地七十餘萬畝。”回屯就是組織新疆地區的維吾爾族百姓進行的屯墾；而旗屯則是八旗駐軍的屯墾。清前期曾不斷從新疆各地移民至伊犁，建寧遠城（伊寧），設立9屯，歲收額糧10萬石。至清末時，屯戶達11萬多人，屯戶人口占伊犁人口的大半，可見回屯規模不小。前文所引“戶屯時墾地七十餘萬畝”即是民間百姓的民屯，這應該是新疆屯墾中規模最大，範圍最廣的一種屯墾。此外，清政府還曾招募商人在新疆進行屯墾，這種形式的開墾在絲路北道沿線比較普遍。乾隆三十五年（1770)，陝甘總督文綬奏稱“現在商民承墾具報成熟已十萬餘畝”。則商屯規模亦複不小。多種類型的屯田開墾，大大促進了新疆農業和整體經濟的發展。