1999年10月《草房子》（電影）第十九屆中國電影金雞獎最佳劇本獎
2000年5月《草房子》（長篇小說）第四屆全國優秀兒童文學獎、第五屆宋慶齡兒童文學獎小說類金獎
2000年《草房子》（電影）第十四屆德黑蘭國際電影節評審團特別大獎“金蝴蝶獎’
2000年《草房子》（電影）意大利第十三屆Giffoni電影節銅獅獎
2000年《紅瓦》（長篇小說）北京市文學藝術獎
2001年3月《紅瓦房》（長篇小說）中國台灣“好書大家讀”年度最佳少年兒童讀物獎
2002年9月《二十世紀末中國文學現象研究》（專著）北京大學第八屆人文社會科學優秀成果一等獎
2003年10月《根鳥》（長篇小說）第六屆宋慶齡兒童文學獎佳作獎
2004年2月中國安徒生獎
2004年5月國際安徒生獎提名獎
2004年10月《細米》（長篇小說）第六屆優秀兒童文學獎
2004年12月《細米》（長篇小說）北京市慶祝新中國成立55周年文藝作品征集評獎活動榮譽獎
2005年12月《青銅葵花》（長篇小說）《中國時報》年度十大好書
2006年3月《青銅葵花》（長篇小說）中國台灣“好書大家讀”年度長篇小說類創作最佳獎
2007年10月《青銅葵花》（長篇小說）中國出版政府獎
2007年12月《青銅葵花》（長篇小說）第七屆全國優秀兒童文學獎
2007年《青銅葵花》（長篇小說）江蘇省精品圖書獎、第十屆中宣部精神文明建設“五個一工程獎”優秀作品獎
2007年《稻香渡》（長篇小說）中國台灣“好書大家讀”2006年度長篇小說類創作最佳獎
2007年《草房子》（長篇小說）鳳凰傳媒集團2006年度暢銷書獎
2008年12月《大王書·黃琉璃》（長篇小說）中國圖書獎
2009年《我的兒子皮卡》（長篇小說）《出版人》雜誌少兒文學類年度圖書、《中華讀書報》“年度百本好書”、《中國圖書商報》“中國圖書榜中榜少兒類最佳讀物獎”，國版協少讀工委與《出版商務周報》共同頒發的“年度最佳少兒文學”獎
2010年10月《大王書·黃琉璃》（長篇小說）第八屆全國優秀兒童文學獎
2010年《我的兒子皮卡》（長篇小說）書業營銷創新論壇之“2009中國圖書榜中榜少兒類最佳讀物獎”、新聞出版總署向全國青少年推薦百種優秀圖書、中華優秀出版物圖書獎、中國書刊發行業協會年度全行業優秀暢銷品種、華東六省優秀少兒讀物編輯獎一等獎
2011年9月《癡雞》（圖畫書）新聞出版總署2010年輸出版優秀圖書獎
2011年“曹文軒純美繪本”（叢書）新聞出版總署第三屆“三個一百”原創出版工程
1999年10月《草房子》（電影）第十九屆中國電影金雞獎最佳劇本獎
2000年5月《草房子》（長篇小說）第四屆全國優秀兒童文學獎、第五屆宋慶齡兒童文學獎小說類金獎
2000年《草房子》（電影）第十四屆德黑蘭國際電影節評審團特別大獎“金蝴蝶獎’
2000年《草房子》（電影）意大利第十三屆Giffoni電影節銅獅獎
2000年《紅瓦》（長篇小說）北京市文學藝術獎
2001年3月《紅瓦房》（長篇小說）中國台灣“好書大家讀”年度最佳少年兒童讀物獎
2002年9月《二十世紀末中國文學現象研究》（專著）北京大學第八屆人文社會科學優秀成果一等獎
2003年10月《根鳥》（長篇小說）第六屆宋慶齡兒童文學獎佳作獎
2004年2月中國安徒生獎