右副都禦使練子寧，逮後對朱棣語不遜，被朱棣斷其舌，磔死。宗族棄市者一百五十一人，九族之親被抄滅戍遠方者又數百人。
右副都禦使茅大方，曾寫詩給朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗爭到底的決心，朱棣即位後捕茅大方至南京，連同茅子順童、道秦、文生同時處死。
大理寺卿相胡閏，穿著孝衣哭著去見朱棣，以示對文帝的懷念。朱棣令換衣，死活不肯，朱棣令力士以鐵瓜打落其齒，又將他縊殺，還用灰蠡水浸泡其屍，剝下皮，掛在武動坊。
監察禦使高翔，著孝服見朱棣，朱棣怒殺之，籍滅其家產，同族處死，親戚戍邊，對租賃高翔家田產的人，還格外加稅，讓租佃戶世代痛罵高翔。
建文帝大理寺丞劉端棄官逃去，被抓入殿。朱棣問：“練子寧、方孝孺是什麼樣的人？”
劉端笑答：“忠臣也！”
朱棣問：“汝逃，忠乎？”
劉端回答：“存身以圖報耳！”
朱棣狼性大發，命人用刀割去劉端耳鼻，獰笑著問滿頭血汙的劉端：“作如此麵目，還成人否？”
劉端罵道：“我猶有忠臣孝子麵目，九泉之下也有麵目去見皇祖！”
朱棣狂怒，親手用棍棒把劉端捶擊而死。
他本以為這一切與他這樣一個九歲的孩童不相幹，可他家與戶部侍郎卓敬沾親，那卓敬與建文初年曾秘密上書，秘密上疏說：“燕王智謀絕倫，並有雄才大略，酷似高皇帝。北平地勢優越，兵精馬壯，金、元即由此興起。現在應當將他改封南昌，萬一有變，也容易控製。事情即將萌發而未行動，那是由於時機未到，而考慮可以行動的時間則要依據形勢。形勢還未成熟時便不能做出決斷，而時機還未明朗便不能給予明察。”上奏到達朝廷，第二天皇上召問卓敬。卓敬叩首道：”微臣所言乃天下至計，願陛下明察。”但是此事竟被擱置。燕王登基後，卓敬亦被逮捕。朱棣指責他曾建議改封一事，離間骨肉之情。卓敬厲聲說道：“可惜先帝沒有采納我的建議。”皇上十分生氣，但仍憐惜卓敬的才能，下令將他下獄，派人以管仲、魏征之事相勸。卓敬流著淚說：“身為人臣，隻有以死相報。先皇帝曾無過失，忽然被橫行篡奪，我恨不得立即死去，到地下去見先皇，你還想讓我為你效力嗎？”朱棣還是不忍殺他。姚廣孝以前與卓敬有隔閡，便進勸皇上：“卓敬之言如果真的被采用，皇上難道還會有今日嗎？”皇上這才處死卓敬，並滅其三族，他家也因此收到了牽連，被抄家問斬，而他隻因當時年紀還小，此僥幸躲過了這才大屠殺。
可他還是個九歲的孩子，父母親人被殺，好端端的一個家，隻因為與戶部尚書沾親帶故，就弄得家破人亡，這對隻有九歲他的來說，是一個噩夢，無著落的他每天混跡街頭，渾渾噩噩不知年月，直到有一天，有一個鮮衣怒馬的人在街頭不小心撞了他一下，然後他便暈了過去。
等他醒來的時候，才發現自己在一個王府裏，而且此人是當今陛下的第二子——漢王朱高熙。那是他頭一次見漢王，不免有些緊張，漢王隻是跟他了說了幾句話，後來他知道了，漢王想要找一個合適的人去宮做眼線？“
他不知漢王要人入宮做眼線是幹什麼的，但不知為何卻沒人肯去，他起初不明白，幾日後變明白了，漢王讓人要的是一個太監，唯有太監才能接近皇帝，才能打探到消息，可漢王固然有權有勢，但入宮做太監這樣斷子絕孫的事情，肯做的人不是年紀大了，便是不堪重用，結果選來選去，一直找不到一個合適的人選，直到在街頭撞倒了自己。
他不過十幾歲的年紀，正是好入宮的年紀，而且還是官宦人家，讀過書，寫過字比給宮中的那些大字不識一個的太監要強多了，漢王的屬意便是讓他入宮，他渾渾噩噩直覺的皇帝殺了自己父親，殺了自己母親，殺了自己叔叔伯伯，他該入宮找那個人報仇，於是他很痛快的答應了。
由於漢王從中打點，入宮很順利，且進了尚衣監，負責給皇帝的冠冕﹑袍服﹑靴襪等，由於聰明伶俐，被皇帝所歡喜，前幾日個月才被皇帝叫道跟前侍奉，開始趁機打探消息，秘密交給了漢王。
他最近才調入皇上跟前侍奉，並沒有見過朱瞻基，並不知道他便是大明的太子，先前見楊榮等人以他馬首是瞻心頭暗暗留了心眼，後來又見楊榮等人出來，唯獨不見朱瞻基出來，便暗暗感到驚訝，皇帝的身子擺明了是不行了，這年輕人若不是皇帝親近之人，絕不會留下的時間比楊榮這等老臣還要長，動了這個心思，他並沒有著急走，而是繼續等待，他想看一看這個年輕人到底什麼時候出來。