淳於越重提分封的事情，秦始皇聽了心裏有些厭煩。而丞相李斯等認為“三代之事，何足法也”，他還是主張實行郡縣製，並指責淳於越等人“不師今而學古”，“道古以害今”，這一點對秦始皇觸動很大。最後，秦始皇讚同李斯的觀點，並采納了李斯“焚書”的建議，下令：除秦紀（秦國史書）、醫藥、卜筮、農書外，凡列國史籍、私人所藏的儒家經典、諸子著作和其他典籍，一律限期繳官銷毀。同時，禁止談論《詩》、《書》和“以古非今”，違者處以黥刑乃至死罪。焚書之後，百姓如果想學法令，可拜官吏為師。
當時焚書的具體辦法是：除了那些講醫藥、占卜、種植一類的書以外，凡不是秦國史官所記的曆史書，不是官家收藏而是民間所藏的《詩經》、《尚書》和諸子百家的書籍，在命令下達的30天之內，都要繳到地方官那裏去焚毀。以後還有偷偷談論古書內容的，處死刑；借古時候的道理攻擊當前政治的，全家都要處死；官吏知情不告發的，判處同樣的罪；命令到達後30天不燒毀書籍的，在臉上刺字後罰去做4年修築長城的苦工；凡有願意學習法令的人，隻許跟官吏去學，不許偷偷地照著以前的古書去學。
這樣，從都城鹹陽到邊遠的鄉村，四處都是焚書的烈焰，大批文化古籍在無情的烈火中全都化為灰燼，中國文化史上第一次滅絕性的大浩劫就這樣開始了。焚書的惡果不僅使許多先秦重要典籍遭到破壞，同時也給春秋戰國以來活躍的思想領域及理論探索者們以致命的打擊，堵塞了秦代學術自由探討之路，阻礙了先秦諸子百家思想文化融合的進程。
焚書之事剛過，又開始了“坑儒”的風波。“坑儒”的直接起因是方士侯生、盧生等人諷議秦始皇，繼而逃走。
戰國以來，陰陽五行（陰陽五行學說是中國古代樸素的唯物論和自發的辯證法思想，它認為世界是物質的，物質世界是在陰陽二氣作用的推動下滋生、發展和變化；並認為木、火、土、金、水五種最基本的物質是構成世界不可缺少的元素）之說盛行，一切方術都用陰陽五行來推演。在燕、齊沿海地區出現了一批講神仙方術的方士（尊崇神仙思想而推奉方術之士），他們宣稱渤海中有蓬萊、方丈、瀛洲三座仙山，山上的宮闕用金銀築成，住著很多長壽的神仙，山上生長著長生不老的妙藥。秦始皇稱帝後，為求長生不老，迷戀仙道，不惜重金，先後派徐福、韓終、侯公、石生等人前去尋求仙藥。由於多方未果，引起秦始皇的不滿，他的脾氣也變得越來越乖戾、暴躁，喜怒無常。
侯生與盧生當時都是秦始皇身邊的方士，由於他們長期求仙人和仙藥終不可得，他們內心也惴惴不安。按照秦國的法律，求藥不應驗就會被處死。他們從博士們的前車之鑒，感受到自身命運將會不濟。他們從秦始皇的暴戾無常，感受到自己的末日也將到來。他們譏議秦始皇“天性剛愎自用”，“專任獄吏，獄吏得親幸”。他們互相商量：像這樣以靠刑罰和殺戮而建立威勢並且貪婪權勢的人，不能為他求仙藥。於是，侯生、盧生悄悄地帶著從秦始皇那裏領來的錢財，相約逃走了。秦始皇知道這件事情後大為震怒，他認為自己對盧生等人的賞賜豐厚，而侯生、盧生竟然用這樣惡毒的話來誹謗自己，還居然逃走了，於是他決定要狠狠地懲治他們。於是秦始皇下了一道命令，叫禦史大夫去查辦那些在背後誹謗他的讀書人。被抓去審問的人，因為受不了殘酷的刑罰，為了給自己開脫，就一個一個的牽出其他人，攀來攀去，一下子查出來有460多個方士和儒生犯有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不詳細審問核實，就叫人在鹹陽城外挖個大坑，把他們全都給活埋了。其實460多人當中，真正反對秦始皇的隻有少數人，大多數人都是含冤死去的。秦始皇的長子扶蘇覺得這樣做太殘暴了，就對秦始皇說：“天下初定，遠方黔首尚未安定，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。”秦始皇對自己的殘暴不僅沒有一點點醒悟，相反還將扶蘇貶到上郡。
淳於越重提分封的事情，秦始皇聽了心裏有些厭煩。而丞相李斯等認為“三代之事，何足法也”，他還是主張實行郡縣製，並指責淳於越等人“不師今而學古”，“道古以害今”，這一點對秦始皇觸動很大。最後，秦始皇讚同李斯的觀點，並采納了李斯“焚書”的建議，下令：除秦紀（秦國史書）、醫藥、卜筮、農書外，凡列國史籍、私人所藏的儒家經典、諸子著作和其他典籍，一律限期繳官銷毀。同時，禁止談論《詩》、《書》和“以古非今”，違者處以黥刑乃至死罪。焚書之後，百姓如果想學法令，可拜官吏為師。
當時焚書的具體辦法是：除了那些講醫藥、占卜、種植一類的書以外，凡不是秦國史官所記的曆史書，不是官家收藏而是民間所藏的《詩經》、《尚書》和諸子百家的書籍，在命令下達的30天之內，都要繳到地方官那裏去焚毀。以後還有偷偷談論古書內容的，處死刑；借古時候的道理攻擊當前政治的，全家都要處死；官吏知情不告發的，判處同樣的罪；命令到達後30天不燒毀書籍的，在臉上刺字後罰去做4年修築長城的苦工；凡有願意學習法令的人，隻許跟官吏去學，不許偷偷地照著以前的古書去學。