第四部（細菌生產），由川島少將任部長。這個部下設兩個分部，每一分部按照分工獨立地進行各種細菌的生產。
第五部?總務部，起初由中留中佐為部長，後由太田大佐兼任。該部是七三一部隊本部的綜合部門，權力很大，它不僅負責整個部隊的財務管理、生產計劃、人事分配，而且更重要的是直接與憲兵隊聯絡和接收作細菌試驗的人。
第六部?訓練教育部，起初由園田大佐任部長，後來由西中佐接任部長。這個部專門負責培訓從事細菌研究、生產和使用細菌武器的專業人材。據資料記載，僅少年隊員的培訓就進行了四期。
第七部?資料供應部，由大穀少將任部長。這個部負責各種器材、設備的供應。
第八部?診療部，由永山大佐任部長。這個部負責對細菌傳染的預防和日本人的疾病醫療事宜。
與各部平行的還有一個石井特別班，由石井四郎的家族人員親自把持。石井四郎的二哥次男剛男負責“特別秘密監獄”的管理，石井四郎的三哥三男負責試驗動物飼養的領導工作。
侵華日軍第731部隊罪證遺址位於哈爾濱市平房區，占地麵積***萬平方米，二戰期間，日本法西斯在這裏建立了一支世界戰爭史上規模最大的細菌戰部隊，這裏同德國納粹的奧斯維辛集中營並稱為世界兩大滅絕人寰的殺人魔窟。
六十多年前，日本軍國主義在中國犯下的人類曆史上最野蠻、最殘酷的罪行是誰也抹殺不掉的。
記得是1933年，東北淪陷時，日本侵略者首先在五常縣背蔭河建立以軍醫石井四郎為首的“細菌研究所”，稱關東防疫給水部，?對外稱石井部隊或加茂部隊。在原本不大的研究所，逐漸擴大到3000人左右的秘密細菌部隊。1937年遷至哈爾濱平房區，改稱東鄉部隊。這以後又在海林、林口、孫吳、海拉爾等建立了分支隊。
1941年改稱為關東軍第七三一部隊，對外稱滿洲第七三一部隊，該部隊?的任務是進行細菌戰研究河實戰準備。共分八個部設右航空班、飛機場、安?達實驗場等。培養著數以萬計的老鼠和數千萬隻跳蚤，每月生產300?公斤鼠?疫、霍亂、傷寒等細菌，並慘絕人寰地以活人進行各種細菌實驗。
為此，“?七三一”部隊內特設一座可容三、四百人的監獄，被囚禁者大多是愛國的反?抗日本侵略的誌士，日本人把他們稱為“木頭”或“馬魯大”，遭受著細菌?的傳染，細菌戰轟擊、凍傷等。如：日本人非常殘忍地把鼠疫和其它細菌傳?染給人進行觀察、研究，看著人發生怎樣的變化。