小說在日本出版一個月後，村上接受媒體采訪，記者問他為什麼“刺殺騎士團長”這幅畫的背景投有納粹大屠殺和南京大屠殺的曆史陰影，村上明確回答：“曆史乃是之於一個國家的集體記憶。所以，把它作為過去的東西忘記或偷梁換柱是非常錯誤的。必須同曆史修正主義動向抗爭下去。小說家所能做的固然有限，但以故事這一形式抗爭下去是可能的。”從這段話不難看出村上創作這部小說的主要動機。也就是說，“刺殺騎士團長”所刺殺的，是由納粹德國和戰前日本軍國主義所集中體現的體製之惡，以免它以偷梁換柱、以曆史修正主義的形式死灰複燃。
但是，村上手中的這把長劍或筆鋒的進攻並沒有到此為止，沒有在刺殺完曆史上東西方兩大體製之惡就擦幹血跡放下。這是因為，村上意識到除了外在的體製之惡，還有內在的人性之惡或人的本源惡。在這部小說中，村上試圖通過“理念”來追溯潛在於人性深處的本源惡。“理念”是整部小說的關鍵詞。第一部（上冊）的名稱就是“顯形理念篇”。理念來自希臘語idea，是柏拉圖哲學的原本概念。柏拉圖認為理念是永恒不變的存在。“它是世界萬物的基礎和本源；理念不存在於時空之中，它既不產生也不消失，有生有滅的隻是‘分有’或‘模仿’理念的可感事物。”“理念沒有倫理道德那樣的東西。理念永遠是中立性觀念，使之變好變壞完全取決於人。”理念本身無所謂善惡，善惡屬於理念的一種，在個體身上勢必有所體現。在小說中，騎士團長是理念的顯形或外化。
不過這並不局限於騎士團長，例如：給人以寬容和善印象的主人公“我”也有潛在的邪惡念頭。他曾在宮城縣海邊小鎮勒過一個女子的脖子——盡管是被動的，事後恨不得把那時的記憶“永遠打入冷宮，然而女子睡袍帶的感觸仍真切留在“我”的雙手——包括她脖頸的手感——怎麼也忘不掉。”此外他曾夢見自己跟蹤妻子和她的性夥伴走進情人旅館，並且用睡袍帶子勒緊妻子的脖頸，一邊勒一邊狂喊亂叫。此外還在夢中不顧一切地強暴了熟睡中的妻子。書中寫道：“我是習慣體力勞動的臂力強勁的男人。我一邊使出渾身力氣勒緊妻的脖子，一邊大聲喊叫什麼。”這意味著，即使善解人意的主人公“我”身上也潛伏著另一個自己——邪惡的自己。而那個“白色斯巴魯男子”就是主人公“我”的分身，是另一個自己，也是刺殺的對象。其刺殺過程，就是主人公為救助十三歲美少女秋川真理惠而進入充滿“雙重隱喻”的黑暗的地下迷宮、地下隧道的曆險過程。主人公在經過三天三夜的千難萬苦之後爬上地麵，不妨理解為主人公終於戰勝、終於刺殺了另一個自己、邪惡的自己。在這個意義上，這部小說可以說是個自我救贖的成長故事。以上講的是第一方麵：刺殺騎士團長意味著刺殺什麼。概而言之，一是刺殺由納粹大屠殺和南京大屠殺所體現的外在的體製之惡，二是刺殺由另一個自己、由白色斯巴魯男子體現的內在的個體之惡。前者意味政治抗爭，後者意味自我救贖。
以下談另一方麵，比之村上以往的作品，《刺殺騎士團長》的不同之處在哪裏？或者說看點、新意何在？這有很大一部分是第一方麵的繼續。
不同之處也好看點或新意也好，我想首先在於村上的“曆史認識”。關於這點，即使沒看小說的朋友，也可能知道書中寫了南京大屠殺。書中借出場人物之口說道：“是的，就是所謂南京大屠殺事件。日軍在激戰後占據了南京市區，在那裏進行了大量殺戮。有同戰爭相關的殺戮，有戰鬥結束後的殺戮。日軍因為沒有管理俘虜的餘裕，所以把投降的大兵和市民的大部分殺害了。至於準確說來有多少人被殺害了，在細節上即使曆史學家之間也有爭論。但是，反正有無數市民因受到戰鬥牽連而被殺則是難以否認的事實。有人說中國死亡人數是四十萬，有人說是十萬。可是四十萬和十萬人之間的區別到底在哪裏呢？”畫家雨田具彥的胞弟參加了攻打南京的戰役，“弟弟的部隊從上海到南京在各地曆經激戰，殺戮行為、掠奪行為一路反複不止”。攻入南京城後被上級命令用軍刀砍殺“俘虜”。“若是附近有機關槍部隊，可以令其站成一排砰砰砰集體掃射。但普通部隊舍不得子彈（彈藥補給往往不及時），所以一般使用刃器。屍體統統拋入揚子江。揚子江有很多鯰魚，一具接一具把屍體吃掉。”其實村上早在二十多年前的《奇鳥行狀錄》就已經提到那場駭人聽聞的巨大災難，但隻是寥寥幾十個字。而這次，譯成中文都至少有一千五百字之多。不僅篇幅無法相比，而且加大了力度，明確借書中出場人物之口質問殺害“四十萬人與十萬人的區別到底在哪裏呢？”。必須說，這恰恰是擊中日本右翼分子要害的一問。眾所周知，日本右翼分子的慣用伎倆，就是以具體數字有爭議為由來淡化大屠殺的性質甚至否認南京大屠殺作為史實的真實性。而村上一針見血地提出四十萬人和十萬人的區別到底在哪裏？言外之意，難道可以說四十萬人是大屠殺而十萬人就不是嗎？
這本《刺殺騎士團長》出版兩個月後，村上出了一本訪談集《貓頭鷹在黃昏起飛》，談到小說創作的政治性的時候，村上再次提到南京大屠殺，進一步強調較之直接的政治訴求，還是采用故事或小說這一形式對付右翼分子更為有效。他說：
以南京大屠殺為例，否定的一方備有預設問題集那樣的東西。若這麼說，對方就這麼應付；這麼駁斥，對方又這麼反擊——模式早已定下，無懈可擊，一如功夫片。可是，如果換成故事這一版式，就能超出那種預設問題集，對方很難有效反擊。因為對於故事或者對於理念和隱喻，對方還不知道如何反擊好，隻能遠遠圍住嚎叫。在這個意義上，故事在這樣的時代擁有百折不撓的力量……
自然而然，剛剛說了，這要涉及“惡”的問題。村上在上麵提到的那本訪談錄中結合二十多年前寫的《奇鳥行狀錄》指出：“拽出個體層麵的‘惡’的，是軍隊那個體製（system）。國家這個體製製造了軍隊這個從屬體製，拽出個體層麵的‘惡’。那麼，若問體製是什麼，說到底，那不是我們構築的東西嗎？在那一體製的連鎖中，誰是施害者誰是受害者就變得模糊起來。我經常感到這種類似雙重性三重性的東西。”