但隨著順治的親政，他們母子間的矛盾卻越發激烈。在政治上，孝莊畢竟有些守舊。但年輕的順治皇帝卻銳意創新，一心革除舊弊。新舊勢力、觀念衝突之下，母子間難免會有分歧。另外，順治對母親給自己安排的婚事相當不滿。清朝開國之初，為了感激蒙古各部族對大清的貢獻，一直采取滿蒙聯姻的方式以示恩寵。福臨即位不久，孝莊也冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾濟吉特氏為皇後。順治皇帝親政當年，就大禮成婚，正中宮之位。
自古帝王婚姻，總是帶有明顯的政治色彩，這無可避免。但福臨卻明顯不買這個賬，對自己的皇後諸般挑剔，說她奢侈、嫉妒、難當中宮之位，堅決要求廢後另立。盡管大臣們屢次諫阻，他仍然堅持己見，毫不退讓。孝莊太後見兒子實在沒有回轉餘地就隻好同意，順治十年（1653年）八月，皇後降為靜妃，改居側宮。但皇後“無故”被廢，畢竟難以交代。為了消除這一舉動可能帶來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅貝勒之女進宮為後。但福臨對這位蒙古包裏出來的漂亮姑娘同樣不感興趣，反而如癡如醉地戀上了同父異母弟弟博穆博果爾的福晉董鄂氏，就是後來的董鄂妃。經過一番折騰之後，又是順治皇帝勝利。順治十三年（1656年），服喪期剛滿的董鄂氏被接入宮中，封為賢妃。一個月後，又晉封為皇貴妃。
皇貴妃在後宮的地位僅次於皇後，不過福臨對董鄂妃的感情，已到了無以複加的地步。他認為董鄂妃有德有才，正是理想的皇後人選，因此準備二次廢後。假如福臨再度廢後，改立董鄂妃，蒙古女人失去中宮之主的位子，勢必影響滿蒙關係，對大清帝國的穩固非常不利。孝莊太後毫不猶豫地對兒子的舉動進行了製止。結果，母子間出現了嚴重的隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字！
順治十四年（1657年）十月，董鄂妃產下一子，四個月後不幸夭折。喪子之痛摧垮了董鄂妃的健康，再加上長期戰戰兢兢地生活，已讓她不堪重負。順治十七年（1660年）八月，董鄂妃病故。癡情的順治皇帝遭此打擊，痛不欲生。未出半年，患痘症而逝。
同樣沒有時間悲痛，緊張的局勢推動著孝莊太後必須做出下一個不影響國家穩定的決定。8歲的皇三子玄燁（順治帝之子）即位，改元康熙，老臣索尼、遏必隆、蘇克薩哈和鼇拜輔政。有人請求太皇太後垂簾聽政，但鑒於清朝“後宮妃嬪，不得幹政”的規定，孝莊太後拒絕了。雖然孝莊有足夠的聲望與資曆臨朝，但她擔心此例一開，將來形成定例，會貽害後代。
接著，麻煩又來了。順治精心挑出的鼇拜根本不是個省心的主兒，沒多久就露出了本性。專權霸道，把持朝政，廣植黨羽，排斥異己，引起朝野上下的不滿。但大部分人懾於鼇拜淫威，不敢做聲。康熙六年（1667年），玄燁14歲，按例親政。但鼇拜不但沒有收斂，反而變本加厲。蘇克薩哈因為受鼇拜壓製，乘皇帝親政之機，上奏辭職。請求去守先帝陵寢，實際上是向皇帝抗議鼇拜的專橫。鼇拜也清楚蘇克薩哈的用意，他捏造蘇克薩哈二十四條大罪，將其拘捕入獄，要處以極刑。康熙堅決不同意，鼇拜竟“攘臂帝前，強奏累日”，最後，還是將蘇克薩哈處以絞刑，九族株連，家產沒官。
鼇拜的存在已經嚴重威脅到皇權。不除掉他，後果不堪設想。但如果處置不當，引起鼇拜警覺，搞不好他更有了借口反叛，結果同樣不堪設想。後來，康熙用一群摔跤的少年拿下了鼇拜。鼇拜鏟除了，皇帝奪回了權力。
雖然在兒子那裏沒得到濃厚的親情，但在孫子康熙這裏，孝莊卻終於享受到了天倫之樂。 康熙8歲即位，由祖母孝莊太皇太後一手帶大。照顧他、教育他、幫助他，所以祖孫二人的感情十分融洽。孝莊太後不過多出麵幹政，然而康熙處理國家大事，必先征求她的同意而後決斷。可以說，康熙朝的盛世也包含了孝莊的一份功勞和心血。
孝莊生活儉樸，不事奢華。平定三藩時，把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢荒年欠歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟。她的表率行為，更使皇帝增加十二分敬意。康熙十一年，孝莊有病去赤城洗溫泉。《清聖祖實錄》中詳細記載了一路之上，康熙對祖母扶前圍後，體貼入微。在外期間，京師來報，康熙皇二子、4歲的承佑得急病而死，康熙強忍悲痛不讓孝莊太後知道。康熙二十一年（1682年）春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，並且把自己在河裏捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給老祖母孝莊太後嚐鮮；康熙二十二年（1683年）秋，康熙陪孝莊太後巡幸五台山，每到上坡地方，康熙每每下轎，親自為孝莊太後扶輦保護。
康熙對祖母的孝敬可見一斑。
康熙二十六年（1687年）十二月，孝莊太後病危。康熙皇帝晝夜不離左右，親奉湯藥，並親自率領王公大臣步行到天壇，祈告上蒼，請求折損自己的生命，以增延祖母壽數。康熙在誦讀祝文時涕淚交流，說：“憶自弱齡，早失估恃，趨承祖母膝下，三十餘年，鞠養教誨，以至有成。設無祖母太皇太後，斷不能致有今日成立，同極之恩，畢生難報……若大算或窮，願減臣齡，冀增太皇太後數年之壽。”真是聽者落淚、見者傷情。然而即便如此，還是不能留住孝莊的生命。