這樣，參與盜寶案的其他人都受到了應有的懲罰，隻有魏進忠由於朱由校的乳母客印月出麵求情，最後不了了之，成了漏網之魚。
這次與大臣們交鋒，李選侍和魏進忠等被打得慘敗。
九月初六日，乾清宮。
“陛下，乾清宮寶物被盜一空！”
“王安，這一定是宮中內侍和宮女所為，你要立即負責將此事審理清楚！”
“是。”
新即位的朱由校得報大怒，吩咐王安追究，最後是將一幹人都抓起來交到法司去了。
惟獨領頭的首犯魏忠賢脫逃了。
魏忠賢見勢不好，躲到了小哥們兒魏朝那裏。
抓起來的那一批人，在法司裏使了錢，倒還沒受太大苦，他們異口同聲說“李進忠”是主謀。
據此，首輔方從哲等人上奏，要求將李進忠正法。大禍臨頭了，魏忠賢先是痛哭流涕，表示追悔莫及，求魏朝哥們兒趕緊到王安那裏說情。魏朝此時還識不破他這“哥哥”的陰險嘴臉，立馬行動。虧得魏朝在宮裏資曆長，腦袋還靈活，編了一套瞎話，說參與盜寶的是李選侍名下的另一個“李進忠”，不是此“李進忠”。王安本就生性疏闊，視魏朝為心腹，這話也就把他蒙過去了。加之前一段時間李進忠給王安送過人參，好印象還沒消失，王安也就高抬了一次手。
暫時喘口氣後，魏忠賢又找到平時關係很不錯的工科給事中李春燁、禦史賈繼春、刑部尚書黃克纘等人，哭啼不止，大呼冤枉，求他們幫忙上奏申明。其中李春燁為他用的勁兒最大。如此一來，魏忠賢終獲解脫。
劉朝等人係獄一段時間後，也都花錢打點，大多被赦免了。
李春燁因有此事，在魏忠賢崛起後，各正直大臣屢受打壓之時，他卻能官運亨通。
在審訊盜竊案時，李選侍的宮奴劉遜、劉朝、田詔等人因盜竊寶物被捕，供詞牽連到李選侍的父親。太監們想不出別的陰謀為李選侍開脫，於是就造謠說李選侍被投擲絞索，有人將皇帝的八妹打入井中。甚至有流言稱，新天子對待李選侍過於嚴苛，肆意欺淩先帝妃嬪，沒有仁主之風雲雲。
朱由校很是生氣，讓人追查流言來源。一查，這種說法多來自李選侍宮中的宮女、太監口中。李選侍移宮，他們也就此失勢，口無遮攔，抱怨牢騷，肆意宣揚。一些大臣也逐漸接受了這一觀點，加入傳播隊伍。
方從哲的黨羽從這種流言中嗅出了反戈一擊的良機。當初，方從哲等人浙派、齊派和楚派主張稍緩移官，遭到楊漣、左光鬥等東林黨人的抨擊。現在流言四起，全是因急切移宮造成。
禦史賈繼春於是給內閣上疏彈劾楊漣等人“不應當在新皇帝剛登位的時候，首先規勸皇帝違背先帝旨意，逼走庶母，內外勾結，不停地羅織罪名，使先皇帝聖體未寒，其妻女已經不保。”
此疏一上，自然得到方從哲的首肯。
東林黨人、給事中周朝瑞奮起還擊，將賈繼春斥為奸黨。在時人看來，凡敢為李選侍說情者均被視為奸邪人物。
賈繼春又上疏反駁，疏中稱“皇八妹孤苦伶仃，被推入井中，誰來可憐？先帝的貴遺孀李選侍的委屈又向誰訴說？”一時流傳甚廣。
一些大臣信以為真，開始站在方從哲一邊批評東林黨人。不少人請求安撫李選侍，給她正名分，並提高待遇。