2003年，隨著國務院機構進一步深化改革，我國黃金工業行業管理職能並入國家發展和改革委員會，同年，中國黃金集團公司掛牌。此次黃金管理體製的改變，有利於綜合研究我國黃金工業經濟發展政策，進行總量平衡，指導總體體製改革的宏觀調控，有利於我國黃金工業健康、持續、穩定發展，而中國黃金集團的組建，使國有黃金管理體製改革翻開了新的一頁。作為國家隊的中國黃金集團公司，在黃金行業結構調整上發揮了重要的領軍作用。“十五”期間，中國黃金集團公司、山東黃金集團公司、山東招金集團公司、紫金礦業股份有限公司和靈寶黃金股份公司幾大企業集團通過企業聯合、兼並、資產重組、礦區資源整合、股份製改造，基本上改變了以小型礦山為主的黃金產業結構，大大提高了產業集中度。繼中金股份順利上市成為中國黃金第一股之後，山東黃金集團上市緊隨其後，紫金礦業Ｈ股也在香港上市成功。
2005年，國家發展和改革委組織召開的全國黃金工作會議，針對機構改革後黃金行業發展比較薄弱，特別是有些政策措施已不適應形勢發展需要的情況，國家發展和改革委提出將把完善相關政策作為加強行業管理，堅持科學發展觀，加快結構調整，促進經濟增長方式轉變的重要工作來抓，即將頒布《黃金工業產業發展政策》。這是我國黃金工業曆史上第一部真正意義上的產業政策，意義重大。
伴隨黃金行業管理體製轉型順利完成，我國黃金行業加大了企業改革的步伐，大力推行現代企業製度，努力解決黃金企業投資主體單一、產權不清、經營機製不靈活的問題。對老企業，通過改革、改組和理順產權關係，逐步進行公司製改造、完善法人治理結構、規範企業運營方式，在企業中建立起科學合理的內部組織結構，形成促進企業發展的經營機製；對新建企業，按照現代企業製度組建，建立伊始就按照《公司法》加以規範。與傳統黃金企業相比，這些新組建的企業充分體現出管理科學、機製靈活、人員精幹、競爭力強、發展潛力大的優勢。在企業改製的實踐中，行業上下逐步認識到三項製度改革不到位，就不可能建立現代企業製度。為此，各企業狠抓了企業內部人事、勞動、分配製度改革，有效地轉變了企業經營機製。在一些骨幹企業中，基本建立起了管理人員競聘上崗、能上能下的人事製度，職工擇優錄用、能進能出的用工製度和收入能增能減、有效激勵的分配製度。
黃金行業把企業改製同改變傳統建礦模式結合起來，在多元化投資辦礦方麵進行了有益的探索。多個股東投資聯合辦礦增多，既解決了融資問題，又使企業置於多個股東的管理、約束之下，形成了科學管理、科學決策的機製。這對於一個高風險、高投入的產業來說十分重要。投資多元化有效地調動了各級政府、地質部門的積極性，建立在共同利益基礎上的合作機會逐漸增多，由此產生了一批跨地區、跨行業的股份製企業。山東黃金集團有限公司、紫金礦業集團股份有限公司、山東招金集團有限公司等企業在擴張過程中都突破了地域限製，異地取得礦權，異地建礦開發。