雙方的文職官員發言後，也剛氣氛緩和了不少。雙方也都同意，先協商成立聯合指揮部的事情，畢竟隻有聯合指揮部成立以後，才好俱體討論戰術問題，這次協商也不是開軍事會議，否則剛才將軍們談得唾沫亂飛，兩位文官卻插不上話去。
日本提出的方案是：聯合指揮部將以日本為主，華東政府可以派一名高級軍官參與，下設的參謀人員按照雙方投入的兵力比例分配，如果是各自的軍隊單獨執行作戰任務，具體的戰術由各自的軍隊自行製定，如果是雙方聯合行動，則應以日方為主製定戰術，華東政府的人員也可以參與建議，但最後的決定權還是在日方。
然後日方又進一步解釋，由於戰爭的關係重大，應當有當權決斷的人來主導，而日本投入的兵力要遠多於華東政府，自然應該成為主導的一方，這也是為了順利的擊敗俄國。不過說穿了日本還是希望在未來真的成立了聯合指揮部時，取得主導權。
這個方案當然不能被華東政府接受，因此華東政府一麵反駁，一麵也提出了自己的方案，戰爭需要當權決斷是不假，但也需要集思廣議，不然成立參謀總部就沒有意義了？華東政府隻能出一名軍官，顯然是不合適的；而且以投入的兵力比例分配參謀人員更是不妥，不能體現雙方公平合作的原則，華東政府投入的軍隊是逐次增加的，豈不是人員隨時都會變化，如果華東政府最終投入的軍隊超過了日本，那麼是不是應該由華東政府來主導呢？另外後勤部隊又算不算在軍隊數量裏，投入的民役人員又該怎麼算？
華東政府的方案是首先承認日本首先投入的兵力人力物力，確實在華東政府之上，因此同意由日本方麵出任聯合指揮部的最高指揮官員，但雙方的人員必須對等，其實指揮部的核心也沒幾個人，5、6個就夠了，而下設的參謀人員可以按4:6的比例分配；而戰爭的計劃決策也應由雙方共同協商來確定，這樣即能體現日本的主導地位，又照應雙方的公平合作原則。
應該說華東政府的方案更為公正一些，但這樣一來日本就不可能主導聯合指揮部了，因此兒玉源太郎、山本權兵衛都立刻反對。而華東政府自然是據理力爭，雙方立刻又爭執了起來。
見雙方又要談僵了，小村壽太郎和李三傑趕忙又打圓場，認為今天隻是雙方互相表明自己的態度，具體的方案可以改天再談，幹脆就把雙方組成聯合管理占領區的方案也都互相通報。
日本的方案和聯合指揮部差不多，都是管理層由日本主導，華東政府還是派一個人參與，但隻有建議權，決策權仍歸日方，而基層的管理者由雙方共同負責。簡單說日本還是不想放棄主導權，又希望借助華東政府的力量維持好地方秩序。
而華東政府的方案是管理層由雙方共同負責，可以由日方為主，但決策必須由雙方共同商議決定，而基層的管理者最好是由華東政府來負責，畢竟基層管理者是直接麵對民眾，華東政府的工作人員在語言、文化、風俗習慣都和民眾相通，自然方便管理，而日方的人員顯然沒有這方麵的條件。
不過日方顯然不能接受這個建議，因為這不是等於把日本給架空了嗎？日本好不容易打下來的地方，豈不是就全交給華東政府了。
李三傑見氣氛又緊張起來，於是立刻建議，暫時休會，雙方也都對各自的方案再研究研究，改天再接著協商。小村壽太郎一聽，也馬上就答應了下來。於是這次協商就這樣結束。
協商的內容立刻傳到了東京，伊藤博文、山縣有朋、桂太郎等人看完了之後，也馬上展開了討論，眾人首先都一致認為，華東政府的條件雖然開得高，但並不是在漫天要價，基本都在合理的基礎上為自己爭取利益的範圍，畢競這也是無可厚非的，而且這也說明華東政府確實是有合作的誠意。如果華東政府胡亂的一味開高價，或者是對日本提出的方案全盤接收，反到有問題了。因此日本到是可以放心一些。
至於雙方的合作方案怎麼談，伊藤博文隻提了一個問題，即日本需不需要華東政府的軍事幫助，隻靠日本能不能獨立戰勝俄國，如果可以，則可以對華東政府寸步不讓，如果不行，則趕緊在一些地方讓步，早日談成，敦促華東政府盡快出兵，如果還需要觀望，則最好有一個時間節點，以免我們在不利的局麵下和華東政府再協商，這樣損失更大，要求陸軍部、海軍部客觀的回答這個問題，並且給了陸軍部、海軍部一天的討論時間。
而就在這時，戰場上的意外事件，改變了這次協商的走向。