蚩尤得到無數巫族的投奔，不由越發的囂張起來，不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又製造兵杖刀載大弩，與黃帝為敵，黃帝遂順民意，征召各路諸侯兵馬討伐蚩尤。
“刑天，大戰將起爾等巫族為何還不去準備？”黃帝看著一臉為難之色的刑天和九鳳不由問道。
“陛下，蚩尤之巫族和吾等有同澤之情，同族之義，與之對戰於心不忍...萬望陛下恕罪！”在刑天等人的帶領下巫族嘩啦啦的跪了一大片。
黃帝看著下麵巫族不由的感慨萬千，沒了這股強大的力量局勢將會進入焦灼狀態，可也不敢過分逼迫巫族，免得他們和蚩尤來個裏應外合，隻能長歎一聲，“罷了，你們的心情本皇理解，休息去吧，此次大戰，人族足以！”沒了巫族幫助的人族打得格外的辛苦，正如黃帝預示的那樣進入了膠著！
曆經15旬後，也未能打敗蚩尤，隻好退兵。倉頡和應龍自愧辭掉了相位和將位，為此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。
有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成?於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝以風後為相，力牧為將，開始大舉進攻蚩尤。黃帝請來應龍和其它奇怪的猛獸助戰。蚩尤的兵士雖然凶猛，但是遇到黃帝的軍隊，加上這一群猛獸，也抵擋不住，紛紛敗逃。
蚩尤又用妖術製造了一場大霧，使黃帝的兵士迷失了方向。黃帝利用天上北鬥星永遠指向北方的現象，造了一輛“指南車”，指引兵士衝出迷霧。
黃帝帶領兵士乘勝追殺，忽然天昏地黑，濃霧迷漫，狂風大作，雷電交加，天上下起暴雨，黃帝的兵士無法繼續追趕。原來蚩尤請來了“風神”和“雨神”來助戰。這風神和雨神便是風伯雨師，此二人施法導致黃帝無法追擊！
黃帝不由大感頭疼，“兵法有雲一鼓作氣，再而衰，三而竭，諸卿可有辦法？”
“陛下勿憂，方丈門下有一女仙名為旱神魃，可令赤地千裏！”應龍起身奏道。
黃帝大喜，命人請來旱神魃，不一會，女魃被請到。 女魃邁開大步，虎虎生威，穿梭在殺氣密布而又風高雨急的戰場。
請來天上的“旱神”幫忙，驅散了風雨。一刹那之間，風止雨停，晴空萬裏。黃帝見蚩尤確實不好對付，就令應龍噴水。應龍張開巨口，江河般的水流從上至下噴射而出，蚩尤沒有防備，被衝了個人仰馬翻。他也急令風伯雨師掀起狂風暴雨向黃帝陣中打去，隻見地麵上洪水暴漲，波浪滔天，情況很緊急。這時，女魃上陣了，她施起神施，刹那間從她身上放射出滾滾的熱浪，她走到哪裏，哪裏就風停雨消，烈日當頭。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。黃帝率軍追上前去，大殺一陣，蚩尤大敗而逃.經過許多次激烈的戰鬥，黃帝先後殺死了蚩尤的八十一個兄弟。 蚩尤的頭跟銅鑄的一樣硬，以鐵石為飯，還能在空中飛行，在懸崖峭壁上如走平地，黃帝怎麼也捉不住他。
追到冀州中部時，黃帝靈感突現，命人把夔牛皮鼓使勁連擂九下，這一下，蚩尤頓時魂喪魄散，不能行走，被黃帝捉住了。黃帝命人給蚩尤戴上枷栲，可無論他想盡辦法都無法將蚩尤斬殺，原來蚩尤的大巫之體已經達到巔峰，又豈是人間的凡兵能夠傷的了的？
蚩尤不由猖狂的笑著，黃帝部落的士氣也為之低落，不論是應龍還是倉頡都對此束手無策，黃帝軒轅關鍵時刻想起了自己的老師，不得已駕著雲頭前去方丈，後羿早就料到黃帝會前來，可不欲參與這場戰爭來了個閉門謝客，黃帝軒轅也不死心，跪倒在關門外，這一跪就是七天七夜，就是後羿也被他的誠心感到，長歎一聲，“為了華夏，就是讓擔上那萬千罪孽又如何？”
特命童子將黃帝領了進去，黃帝跪拜完了以後，後羿才開口道：“昔年妖庭二帝為屠戮巫族曾做屠巫劍一把，為師觀其不祥，將其束之高閣，今日便重新煉過，助汝斬殺蚩尤！”