盡管以上措施對帝國的確立起了至關重要的作用，但亞曆山大留下的對世界曆史意義最大的決策卻並非這些。為了維持已有統治和繼續擴張，亞曆山大在帝國各地建立了一係列的亞曆山大城，其中最早和最西的一座是至今依然存在的埃及亞曆山大城，而最遙遠的則處在今中亞塔吉克斯坦國境內。這些城市一開始隻是作為軍隊補給站點的形式而建立，但隨著其的定型與發展，它們逐漸成為了希臘文化東傳至亞洲大陸西部各地的橋頭堡，伴隨遠征軍而來的希臘優秀的詩人、樂師、哲學家、數學家、地理學家、測量學家們在一路上不斷收集當地資料並與各地最優秀的人才進行了切磋交流，而在這過程中博大精深的希臘文明受到了各地的欽佩與學習，於是先進的文化逐漸征服了落後的，整個亞曆山大帝國內部都開始出現集體希臘化的傾向。
但這些成功都沒有亞曆山大滿意。
自公元前330年起，滅亡了波斯的亞曆山大又揮師北上，在中亞地區打了3年；前327年，亞曆山大又揮師南下，進入了印度西北部地區，同當地分散的土著居民戰鬥了1年，隨後吞並了印度河流域。當他準備繼續揮師南下，向雅利安人新新開發的恒河流域挺進時，他的部下們再也不能忍受了。自前334年從馬其頓家鄉出發以來，馬其頓的軍隊已經出征近10年了；而托亞曆山大的軍事天才，馬其頓士兵既幸運又不幸地在每場戰爭後都損失很小，這使得其中有不少老兵從頭跟到尾地隨著自己的陛下打了10年。死者是不會想家的，生者則是活得越久，就越是想念。在部下的一直反對下，亞曆山大被迫宣布撤軍，結束東征。公元前326年秋，馬其頓軍隊沿印度河南下，然後分海陸兩路向西返回，次年抵達巴比倫，自此這場人類曆史上少見的殘酷而偉大的探險活動也就到此結束了。
但亞曆山大的夢想卻沒有結束。
接下來的1年裏，他為自己訂下了無數前無古人的宏大計劃，其中包括探索阿拉伯半島、改造幼發拉底河灌溉係統、西征西北非、意大利和西班牙，他甚至企圖人工溝通裏海與海洋……除去最後一個不太可能實現的方案，亞曆山大已經開始著手準備新的征服。
但曆史卻沒有再給他機會了。
公元前323年6月初，馬其頓國王、希臘同盟盟主、埃及法老、波斯帝國繼承者亞曆山大三世突發急病，於10日在巴比倫城病逝，享年32歲。
關於亞曆山大的死因至今仍然眾說紛紜。普遍認為是一場惡性瘧疾所致，但有關其部下因不堪忍受繼續的征服而將其毒死的傳聞始終不絕於史冊。年僅3旬的亞曆山大自然是不會留下精壯子嗣，於是馬其頓的各位高級將領開始掀起了一場長達20餘年的瓜分帝國運動。
整個瓜分運動可分為兩個階段。在亞曆山大逝世的當年，由於沒有指定繼承人，亞曆山大的部下在相互爭吵後以亞曆山大的中亞妻子所生的兒子為亞曆山大四世，以亞曆山大弱智的同父異母兄弟為腓力三世，二王共治帝國。但商量後不久最位高權重的騎兵統帥便企圖獨吞帝國，他殺死了步兵統帥並擔任攝政王統治亞洲地區，結果招致所有人反對，並於公元前320年兵敗被殺，這是第一階段。
第二階段，原本被新勝利者推選為王室監護人的安提帕特不久便去世，於是剩下的人又開始了新的戰爭。新當選為亞洲將軍的將領安提柯企圖吞並所有對手，卻遭致他們聯合起來的進攻，戰火自亞洲燒至歐洲，從歐洲又燒回亞洲，結果馬其頓法定的兩位國王亞曆山大四世和腓力三世均被老監護人安提帕特之子卡山德毒殺，馬其頓帝國至此名實皆亡。公元前301年，安提柯與對手決戰於伊浦蘇斯，最終戰敗陣亡。
伊浦蘇斯戰役是原亞曆山大帝國中的最強勢將領安提柯為維持大帝國統一的最後一次嚐試，至此後，亞曆山大帝國正式分裂為了馬其頓、埃及和西亞三大部分，分別建立了希臘化的卡山德王朝（後被安提柯之子所建立的安提柯王朝所取代）、托勒密王朝和塞琉古王國，而再也沒有他們中的任何一位君主試圖將整個帝國重新整合起來了。