一八九年四月，黃巾餘部郭太等人準備充分以後，在河西郡的白波穀，再次豎旗起義，他們在那裏修築了白波壘，易守難攻。
他們仍然打著黃巾旗號，起義之後寇掠並州數個郡縣，他們還與一些南匈奴人和屠各胡的部族遙相呼應，聲勢不小，他們甚至南下進入了河內郡，距離雒陽隻有咫尺之遙。
漢靈帝和十常侍們看到了機會，趁機決定正式設立西園新軍，早日成軍就能早日展開操練，以防白波叛軍襲擾河南，打到雒陽來。
何進一開始未曾多想，隻是覺得組建確實有此必要，而且自己也能趁機在新軍之中安插人手，便遵從皇帝旨意，從關東各州郡征調兵馬約兩萬人編成了西園新軍。
漢靈帝和大將軍何進親自擬定了新軍各營的軍官名單，共設置校尉八人。上軍校尉為蹇碩，中軍校尉為袁紹，袁紹原來擔任的虎賁中郎將則轉授給其弟袁術，下軍校尉為鮑鴻。
曹操為典軍校尉，趙融為助軍左校尉，馮芳為助軍右校尉，夏牟為左校尉，淳於瓊為右校尉。
靈帝任命蹇碩為天下兵馬元帥，督帥司隸校尉以下所有兵馬，包括其他七校尉，甚至連大將軍何進也歸其領導，何進氣的在背後大罵漢靈帝昏庸至極。
蹇碩便與中常侍們一起勸說漢靈帝應該以大將軍何進為統帥，親自率軍西征涼州叛軍韓遂，馬騰等人，想方設法把何進調離雒陽，到時候便可以更換太子，廢長立幼了。
可是大將軍何進身後也是有著大票的幕僚和盟友的，袁紹、曹操等人一眼就識破了蹇碩這一拙劣的計策。
經過精心籌劃，何進表麵上答應漢靈帝，自己願意率軍出征，不過手中兵力還是不足，西園新軍尚未編練完成。
他告訴漢靈帝，自己已經派袁紹往兗州、徐州調集兵馬，等袁紹帶援軍回來，自己就出征，實際上何進就是在拖延時間。
五月，汝南郡葛陂黃巾軍在原來的黃巾渠帥吳霸、劉辟率領下東山再起，而且聲勢頗為浩大，他們宣稱自己是響應白波起義的。
受此影響，全國各地很多隱藏在山林之間的黃巾餘黨紛紛響應，巴郡，漢中，揚州、徐州、青州等很多郡縣也都有黃巾軍複起。
不過益州的黃巾起義軍在殺死益州刺史郤儉之後不久，就被益州從事賈龍率軍鎮壓了，賈龍率領州中官吏迎接朝廷冊封的益州牧劉焉入川。
劉焉入川以後，將益州州治遷到了綿竹，開始施行寬鬆的內政，並且提倡減租惠民，安撫人心，恢複益州的經濟發展。
六月，朝廷不顧袁紹、曹操等人的勸阻，派下軍校尉鮑鴻率西園新軍進討聲勢較大，距離洛陽最近的葛陂黃巾軍，雙方大戰於葛陂，結果鮑鴻無能，竟然戰敗，葛陂黃巾軍的聲勢更盛。
同樣是這個月，由於幽州牧劉虞一直派人聯絡東部鮮卑各部，使用懷柔手段，勸說他們獻上張純首級，自己會既往不咎，終於收到效果。
在草原上東躲西藏的張純被自己的手下殺死，割掉首級送到劉虞手裏，捷報傳到雒陽，漢靈帝雖然病重，仍然派出使者前往幽州，加封劉虞為太尉，封容丘侯。