李傕、郭汜便率領西涼軍從關東殺回長安，此時，董卓的女婿牛輔已經死在了與朱儁作戰的前線，西涼軍中以李傕、郭汜二人的地位最高。
西涼軍上路以後，沿途的董卓舊部果然如李儒所說，皆願聽從李傕、李儒、郭汜的指揮，路經澠池、華陰等地，段煨，董越，樊稠等人紛紛率部加入，等到了長安城下，李傕、郭汜麾下的西涼軍人數已經多達十餘萬人。
因為二人之間的矛盾，張濟不肯出戰，王允隻能派呂布帶領胡軫，王方出戰，結果一番混戰之下，呂布雙拳難敵四手，憑借赤兔馬，才負傷逃回長安，王方戰死，胡軫直接投降。
十二月二十日，西涼軍圍攻十日之久，終於攻陷長安，呂布、張濟，張繡叔侄等人紛紛逃走，而王允卻拒絕和張濟一起逃走。
王允也拒絕了李肅和鍾繇代表馬寧提出的幫助，他說自己身為宰相，不能保證國家平安無事，反而導致叛亂的頻發，是他的失職，而且他也不忍心拋棄皇帝，獨自逃命。
最後時刻，王允帶著皇帝爬上城樓，獻帝責問城下的李傕，郭汜，為何作亂？
李傕回答：“董太師對陛下忠心耿耿，卻被奸人所害，我們隻是想替太師討回公道，不敢造反，隻要捉拿到凶手，我們就歸降！”
最後還是王允自己主動出城，被李傕他們生擒活捉，為了避免夜長夢多，在李儒的建議之下，斬殺當場。
不過王允在死之前，還是幹了一點好事，他告訴了李肅一個秘密，也是王允生前做的一件大好事！
在董卓遷都長安之時，他就把洛陽的蘭生，石室兩個藏書館的所藏圖書和竹簡全部收集整理，裝箱運到長安，然後藏了起來。
所有典籍文章，還有他後來陸續搜集到的所有書籍，他都給偷偷的收藏了起來，就是想保留一點火種。
他將藏書的所在，以及書庫的鑰匙都給了李肅，讓他交給馬寧，裏麵甚至有皇室典籍、秘冊、和全國人口土地的清算原稿，珍貴無比，這恐怕才是王允對這個國家這個民族做出的最大貢獻。
李傕等人挾持了漢獻帝，控製了長安朝廷，逼迫漢獻帝封李傕為揚武將軍，郭汜為揚烈將軍，樊稠等人為中郎將。
此時的關東各路諸侯正忙著互相攻伐，根本就沒有人關心長安朝廷和漢獻帝的死活，所以李傕、郭汜在李儒的幫助下很順利的就穩定了長安城的局勢。
隨著李傕等人平定了長安局勢，逐漸掌握大權，朝廷又封李傕為驃騎將軍，又予李傕以開府之權，領司隸校尉，假節，池陽侯，位列三公之上。
封郭汜為後將軍，關陽侯，樊稠為右將軍，萬年侯。李儒為京兆尹，逃出長安，後來又重新與李傕，郭汜聯盟的張濟被改封為鎮東將軍，平陽侯，張繡為奮武將軍，弘農郡太守。
因為之前張濟背叛董卓一事，張濟的軍隊被排擠出了長安，隻能外屯弘農。
董卓的侄子董璜當日從長安逃出之後，一路潛藏逃回了隴西老家，重新打出了董卓的旗號，再次拉起了一支隊伍。
董璜四處劫掠，並且很快就與苟延殘喘的韓遂勾搭到了一起，在涼州又掀起了一場波瀾，留守涼州的馬騰立刻率軍征討，雙方在隴西、金城兩郡打的不可開交。