自藍染惣右介、市丸銀、東仙要，護庭十三隊三個番隊隊長同時叛變，靜靈庭的實力下降到空前最低。
然而各種潛伏屍魂界、現世等反對靜靈庭統治的勢力，開始蠢蠢欲動起來。
先是流離於現世的巴溫特登場，陰謀利用滅卻師石田雨龍的力量闖入屍魂界，但是在各個番隊死神的聯合擊落僅剩的巴溫特成員。最後死神代理黑崎一護擊敗巴溫特首領狩矢神，巴溫特之亂就此結束。
接踵而來的現世隱逸勢力，由被靜靈庭放逐的嚴龍所率領黑暗勢力「DARKONE」圖謀利用思念珠和欠魂打破屍魂界和現世的界限，從而毀滅整個世界，護庭十三隊各番隊成員和死神代理黑崎一護最終擊敗嚴龍及其領導的黑暗勢力「DARKONE」。
由於兩場禍事同出於現世，屍魂界開始了對現世的嚴密監控，原本開始活躍起來的現世勢力，XCUTION又再一次潛伏起來。正當屍魂界從蛛絲馬跡中認為XCUTION十分可疑，真準備著手調查的時候，屍魂界內又起禍事。
從回歸的遠征軍軍團長天貝繍助，被受任新三番隊隊長，但是很快，天貝繍助利用高等貴族霞大路家族收集獏爻刀晶核，得到強大力量的天貝繍助挑戰總隊長山本元柳齋重國，但是最後由於知道自己父親死亡的真相，放棄複仇，自焚毀滅贖罪。
遭遇多次紛亂的屍魂界，又再次迎來了斬魄刀之亂，妖刀村正、朽木響河，最後被朽木白哉卍解終景?白帝劍擊殺。屍魂界終於迎來了短暫的平靜。
然而在屍魂界經曆的多次紛亂中，卻不曾再見過最先揭穿藍染惣右介陰謀，覆滅藍染爪牙虛化試驗品的舞弄家族成員，最後還差點將藍染等人留了下來。宇智波?鼬消失了，消失得無影無蹤，靈壓在屍魂界、現世，徹底地消失，沒有留下半點的痕跡。
為此，碎蜂還偷偷地前往虛圈搜查鼬的消息，身為護庭十三隊二番隊隊長，隱秘機動的總司令，居然私自離開屍魂界。總隊長山本命令碎蜂立即回道靜靈庭接受處罰，但是此時，碎蜂的卻是不知所蹤…
因為靜靈庭陸續派遣死神前往虛圈調查，也因此與藍染領導下的破麵集團進行了第一次的遇戰。整個屍魂界與藍染破麵集團，開始由摩擦演變成各自就手戰爭準備。
然而發生諸多事端的一切，鼬卻都無法知道了…
陰森的秘所，隻見一個帶著眼鏡，身披紅色披風，那露出來的臉還有皮膚，都長有白森森的蛇鱗，眼鏡裏麵的是野獸般的黃色豎瞳，而且背後居然還有一個蛇頭尾巴…正是得到了大蛇丸全部力量的兜！
寅－巳－戌－辰，雙手合十，“通靈之術?穢土轉生！”隻見從地麵升起了兩門陰森的棺材，“嘿！利用宇智波?鼬和漩渦長門的力量捕捉九尾和八尾吧，那樣的話，就算是他也必須聽命於我了…”
……
不知過了多久，隻見鼬那穢土轉生標誌性的黑色眼影，暗紅色的寫輪眼，“這是…”鼬一臉茫然地抬起了雙手，全身感覺不了半點的熱量，就像是屍體一樣。
“啊，鼬，真是好久不見了…”
鼬緩緩轉過身去，隻見幹瘦得隻剩下那凸出來的骨頭，那依然的輪回眼，慘白的頭發。
“…長門？你…”鼬臉上略帶驚訝地道，“看來你也是死了啊…”
長門淡淡地道，“嗬嗬，我們就連死去了，也要被人利用啊…”
鼬沉聲道，“穢土轉生，將是將死者從冥界召喚回來，聽命於施術者行動…”鼬看了看自己的雙手，眼神略帶複雜地道，“但是為什麼我也會…”
長門看到鼬一副思索的樣子，不由得問道，“鼬，怎麼了？我們無疑是被這穢土轉生通靈過來了。”