當日幫源洞中，殺的屍橫遍野，流血成渠。按《宋鑒》所載，斬殺方臘蠻兵二萬餘級。當下宋江傳令，教四下舉火，監臨燒毀宮殿，龍樓鳳閣，內苑深宮，珠軒翠屋，盡皆焚化。但見：
黑煙罩地，紅焰遮天。金釘朱戶灰飛，碧瓦雕簷影倒。三十六宮煨燼火，七十二苑作飛灰。金殿平空，不見嵯峨氣象；玉階進裂，全無錦繡花紋。金水河不見丹墀禦道，午門前已無臣宰官僚。龍樓移上九重天，鳳閣盡歸南極院。
當時宋江等眾將，監看燒毀了幫源洞中宮殿器皿屋宇樓閣，引軍都來洞口屯駐，下了寨柵。計點生擒人數，隻有賊首方臘未曾獲得，傳下將令，教軍將沿山搜捉。告示鄉民，但有人拿得方臘者，奏聞朝廷，高官任做；知而首者，隨即給賞。
卻說方臘從幫源洞山頂落路而走，忙忙似喪家之狗，急急如漏網之魚，便望深山曠野，透嶺穿林，脫了赭黃袍，丟去金花襆頭，脫下朝靴，穿上草履麻鞋，爬山奔走，要逃性命。連夜退過五座山頭，走到一處山凹邊，見一個草庵，嵌在山凹裏。方臘肚中饑餓，卻待正要去茅庵內尋討些飯吃，隻見鬆樹背後，轉出一個胖大和尚來，一禪杖打翻，便取條繩索綁了。那和尚不是別人，正是花和尚魯智深。拿了方臘，帶到草庵中，取了些飯吃，正解出山來，卻好迎著搜山的軍健，一同幫住擒捉方臘，來見宋先鋒。宋江見拿得方臘，大喜，便問道：“吾師，你卻如何正等得這賊首著？”魯智深道：“灑家自從在烏龍嶺上萬鬆林裏廝殺，追趕夏侯成入深山裏去，被灑家殺了。貪戰賊兵，直趕入亂山深處，迷蹤失逕，迤邐隨路尋去。正到曠野琳琅山內，忽遇一個老僧，引領灑家到此處茅庵中，囑付道：‘柴米菜蔬都有，隻在此間等候。但見個長大漢從鬆林深處來，你便捉住。’夜來望見山前火起，小僧看了一夜，又不知此間山徑路數是何處。今早正見這賊爬過山來，因此俺一禪杖打翻，就捉來綁了。不想正是方臘。”宋江又問道：“那一個老僧今在何處？”魯智深道：“那個老僧自引小僧到茅庵裏，吩咐了柴米出來，竟不知投何處去了。”宋江道：“那和尚眼見得是聖僧羅漢，如此顯靈。今吾師成此大功，回京奏聞朝廷，可以還俗為官，在京師圖個蔭子封妻，光耀祖宗，報答父母劬勞之恩。”魯智深答道：“灑家心已成灰，不願為官，隻圖尋個淨了去處，安身立命足矣。”宋江道：“吾師既不肯還俗，便到京師去住持一個名山大刹，為一僧首，也光顯宗風，亦報答得父母。”智深聽了，搖首叫道：“都不要，要多也無用。隻得個囫圇屍首，便是強了。”宋江聽罷，默上心來，各不喜歡。點本部下將佐，俱已數足。教將方臘陷車盛了，解上東京，麵見天子。催起三軍，帶領諸將，離了幫源洞清溪縣，都回睦州。
卻說張招討會集都督劉光世，童樞密，從、耿二參謀，都在睦州聚齊，合兵一處，屯駐軍馬。見說宋江獲了大功，拿住方臘，解來睦州，眾官都來慶賀。宋江等諸將參拜已了張招討、童樞密等眾官，張招討道：“已知將軍邊塞勞苦，損折弟兄。今已全功，實為萬幸。”宋江再拜泣涕道：“當初小將等一百八人破大遼，還京都不曾損了一個。誰想首先去了公孫勝，京師已留下數人。克複揚州，渡大江，怎知十停去七。今日宋江雖存，有何麵目再見山東父老，故鄉親戚！”張招討道：“先鋒休如此說。自古道：貧富貴賤，宿生所載；壽天命長，人生分定。常言道：有福人送無福人。何以損折將佐為羞為恥！今日功成名顯，朝廷知道，必當重用，封官賜爵，光顯門閭，衣錦還鄉，誰不稱羨！閑事不須掛意，隻顧收拾回軍朝覲。”宋江拜謝了總兵等官，自來號令諸將。張招討已傳下軍令，教把生擒到賊徒偽官等眾，除留方臘另行解赴東京，其餘從賊，都就睦州市曹斬首施行。所有未收去處，衢、婺等縣賊役贓官，得知方臘已被擒獲，一半逃散，一半都來睦縣自行投首，拜參張招討並眾官。盡皆準首，複為良民。就行出榜，去各處招撫，以安百姓。其餘隨從賊徒，不傷人者，亦準其自首投降，複為鄉民，撥還產業田園。克複州縣已了，各調守禦官軍，護境安民，不在話下。有詩為證：
柴進勾連用計深，幫源軍馬亂駸駸。
奇功更有花和尚，一杖生擒僭號人。
所有這新克複睦州、歙州，清溪、幫源二處城郭鎮市，民安物阜，鄉村溪島山林，俱各民安複業。
再說張招討眾官都在睦州設太平宴，慶賀眾將官僚，賞勞三軍將校，傳令教先鋒頭目收拾朝京。軍令傳下，各各準備行裝，陸續登程。
且說先鋒使宋江，思念亡過眾將，灑然淚下。不想患病在杭州張橫、穆弘等六人，朱富、穆春看視，共是八人在彼，後亦各患病身死，止留得楊林、穆春到來，隨軍征進。想起諸將勞苦，今日太平，當以超度，便就睦州宮觀淨處揚起長幡，修設超度九幽拔罪好事，做三百六十分羅天大醮，追薦前亡後化列位偏正將佐已了。次日，椎牛宰馬，致備牲醴，與同軍師吳用等眾將，俱到烏龍神廟裏，焚帛享祭烏龍大王，謝祈龍君護佑之恩。回至寨中，所有部下正偏將佐陣亡之人，收得屍骸者，俱令各自安葬已了。宋江與盧俊義收拾軍馬將校人員，隨張招討回杭州，聽候聖旨，班師回京。眾多將佐功勞，俱各造冊，上了文簿，進呈禦前。先寫表章申奏天子。三軍齊備，陸續起程。宋江看了部下正偏將佐，止剩得三十六員回軍。那三十六人是：