菲利普二世的執政時期是西班牙曆史上最強盛的時代。在菲利普二世治下，西班牙的國力達到顛峰。菲利普二世雄心勃勃，試圖維持一個天主教大帝國，但最終未能成功。
菲利普二世在西班牙和尼德蘭的統治可謂"一帆風順"。菲利普二世繼續執行了其父在西班牙執行的一切強化中央集權的製度。在他統治時期，中央政府真正開始剝奪一些曆史上的王國和民族地域（阿拉貢、卡斯蒂利亞、巴倫西亞，特別是加泰羅尼亞）的獨立性。他撲滅了1590年至1591年阿拉貢為保持其自治地位而發動的暴動，並且為了更有利於王室獲得直接的稅收。菲利普二世還取消一些城市的自治法規。在菲利普二世的時代，西班牙的集權程度和官僚體係的臃腫可與東方國家媲美。
另外，菲利普二世對低地國家實行毫不妥協的鐵腕統治。1567年他任命著名的將領和劊子手阿爾瓦公爵費爾南多·阿爾瓦雷斯·德·托萊多為尼德蘭總督。後者嚴厲鎮壓尼德蘭人民的一切反抗活動，處死了大約8，000人。
菲利普二世為堅定而狂熱的天主教徒，他的很多政策中都能看到宗教信仰的影子。這大大影響了他在一些問題上的判斷，並使政府卷入一係列宗教紛爭。特別是由於菲利普二世希望鏟除各種異端或異教的決心，中世紀的宗教審判和迫害異端在他統治時期達到登峰造極的程度。
菲利普二世大力支持天主教宗教裁判所。無論是真有其事還是受到陷害，都無疑會使大批持異端邪說的人在火刑柱上化為灰燼。他的另一項政策則使1568至1570年被強製遷徙到西班牙內地的摩爾人受到殘酷迫害。從阿拉貢的斐迪南二世開始的對穆斯林和猶太人的迫害和驅逐最終使西班牙的種族構成趨於"純化"。
在國際舞台上，菲利普二世執行了積極的對外政策，似乎他有決心也有能力推動一場把整個歐洲統一到一麵旗幟下的運動。在即位之初，菲利普二世曾因為希望維持他對意大利領地的支配和削弱教會力量而與教皇保羅四世發生一場不小的衝突。他也繼續進行其先輩為之努力的意大利戰爭。
1557年，西班牙軍隊在聖康坦戰役中擊敗了法國軍隊。菲利普二世於1559年和法國國王亨利二世簽訂了對西班牙有利的卡托-康布雷西條約，從而結束了綿延半個世紀的意大利戰爭。
菲利普二世領導了對嚴重威脅歐洲的奧斯曼帝國的回擊。在他牽頭之下，組成了反對土耳其的"神聖同盟"，同盟成員除西班牙外，還包括教皇、薩伏依、威尼斯和熱那亞。1571年，菲利普二世的異母弟弟（查理五世的私生子）奧地利的唐·胡安在勒班陀戰役中全殲了奧斯曼帝國艦隊。這次勝利因終結了土耳其人在地中海上的擴張而永垂史冊。1580年，菲利普二世派遣阿爾瓦公爵率軍強行合並葡萄牙。
菲利普二世對英國和法國的幹涉態度也是十分強硬的。1554年，當時還是王儲的菲利普二世與英格蘭女王瑪麗一世結婚，但婚後菲利普二世幾乎不曾在英格蘭住過。菲利普二世與瑪麗均為天主教徒，他們共同對國內的新教徒實行恐怖政策。
然而在瑪麗一世死後，同情新教的伊麗莎白一世登上英格蘭王位。菲利普二世曾向伊麗莎白求婚未果。伊麗莎白對新教的明顯偏愛促使菲利普二世作出入侵英國的決定，他於1588年建立了曆史上赫赫有名的無敵艦隊。1588年5月，擁有130艘艦隻和3萬餘名戰士的無敵艦隊在麥迪納·西多尼亞率領下向英格蘭發起遠征。在著名的英吉利海峽遭遇戰中，這支艦隊被機動靈活的英國海軍擊潰了。在返航途中，又由於風暴原因而在蘇格蘭海域折損了很多艦隻。
在無敵艦隊對英國的進攻遭受巨大的挫折之後，西班牙大傷元氣。盡管其強大實力還未消失，英格蘭也不可能立刻成為與之平起平坐的國家，但從此西班牙在海上的威力就此趨於衰落。
菲利普二世的另一項錯誤決定同樣源於他的宗教熱情。在法國發生可怕的宗教戰爭之後，菲利普二世馬上倒向了天主教"神聖聯盟"一邊，該聯盟由吉斯家族領導，致力於消滅法國的胡格諾派教徒。1591年形勢最混亂的時候，西班牙的軍隊甚至開進了巴黎。菲利普二世希望他的女兒與第四代吉斯公爵查理·德·洛林結婚，並使後者繼承法國王位，但最終未能成功。
1595年，菲利普二世被納瓦拉的亨利擊敗，而此時，亨利已是國王亨利四世。後來菲利普二世終於承認了亨利四世的國王地位。
菲利普二世是有作為的偉大君主，他統治時期西班牙的國力昌盛，給人以深刻印象。但是，他的雄心壯誌是建立在無視國家整體經濟環境的前提之下的。為保障無休止的軍事行動，西班牙支出了巨額的軍費。菲利普二世不得不多次增稅。
盡管西班牙有美洲殖民地的強力支撐，他仍未能解決軍費開支過大造成的財政危機，以至菲利普二世在1557年、1575年和1598年3次宣布國家破產。毫不妥協的宗教政策也使菲利普二世到處樹敵。由於這些弊端，菲利普二世的統治從長遠看對國家產生了不利影響，更增加了無數的犧牲。就這樣，在菲利普二世去世後，西班牙很快衰落了。
"富有"與"貧窮"：在權利爭奪戰中的塞哥維亞城堡農民或佃戶則散居在城堡周圍的莊園內，擠在狹小簡陋、陰暗潮濕的茅屋裏，隻有當戰爭來臨的時候，才和他們的牛群及動產一起擠在城堡裏。
當時，英國讚美詩人約翰用這些話描述這樣的生活："富人住在城堡裏，窮人住在茅舍裏。上帝造就了他們的高低貴賤，安排了他們的富有和貧窮。"十字軍的東征為歐洲的大小貴族帶來奢靡的東方享樂主義文化，描繪了一幅"人間天堂"似的美麗憧憬。這種對於追求物質生活的理想強烈地激起了貴族和騎士對美麗生活的向往，當然這建立在廣大農民的困苦上麵。其在城堡的建設上體現，就是逐漸變得精美而藝術化，從實用主義向藝術主義過渡。
統治者們不恤民力，恣意享受。有的統治者拿城堡當作享樂的行宮，專門選擇風光秀麗，便於鳥瞰的高處修建。雖然，高處修建城堡更多是出於防禦的要求，從這一點上倒是不矛盾。