然而，中國的創新驅動仍然問題很多，遠不能適應新形勢的需要。首先，知識資本投入仍然不足。僅以R&D投入來衡量科技創新投入是不全麵的，因為R&D投入僅占知識資本投資的10%~25%。近幾年中國高新技術產業總產值占GDP的比重一直在18%~20%徘徊，而高新技術產業研發費用增速則一直在20%附近的曆史低位上下波動。其次，企業的創新活動還不普遍。2011年大中型工業企業中具有研發活動的企業不到30%，平均R&D強度僅為0.93%；規模以上工業企業中具有研發活動的企業僅占12%，平均R&D強度隻有0.71%。因此，大部分企業仍處於技術跟蹤和模仿製造，以及低端加工製造和低價競爭階段。再次，高新技術產品進口比重下降。2007—2010年，勞動密集型製造業產品進口比重上升4.7個百分點，而技術密集型製造業產品進口比重下降了3.6個百分點，特別是通信設備計算機及其他電子設備、儀器儀表及文化辦公用機械製造等技術密集型製造業進口比重下降尤為顯著。同時，2004—2009年，我國高技術製造業的平均產值增加值率不到美國的50%、德國的60%，約為日本的63%和韓國的86%；而低技術製造業的平均產值增加值率大約是美國的84%、德國的97%、日本的76%和韓國的127%。最後，人力資本增加開始遇到瓶頸。隨著總人口增長減緩和老齡化程度提高，2012年中國勞動年齡人口達到頂峰開始出現絕對值減少，人口紅利對於經濟增長的促進作用正在迅速減弱。據預測，2025年以後人力資本將開始減少。
原因之一：政府主導經濟的體製不利於創新。創新的真正主體是企業，因為企業必須在不斷創新中求生存和發展。政府是壟斷型組織，其主要職責是提供公共服務和維護穩定，本性不在創新，政府可以為創新創造條件，但不是好的創新主體。但是，中國政府的職能至今未真正轉型，各級政府的主要職責仍然放在促進GDP、財政收入和工業增加值等指標的增長上，許多地方的經濟發展，特別是招商引資、項目建設和基礎設施建設等，高度依賴於政府。而政府可以通過大規模投資（倒逼央行印鈔票）、發債、造城運動等來實現增長，而不必費神通過科技創新來實現增長，這就形成了對科技創新的替代和抑製。
原因之二：經濟泡沫化不利於創新。科技創新與經濟泡沫之間有替代關係。如果經濟可以通過印鈔、釋放流動性、高房價、發展影子銀行、製造產能過剩等來實現泡沫式增長，必然會缺乏科技創新的壓力和動力，因為短期看通過經濟泡沫實現增長成本低、效益高、風險小，而通過科技創新實現增長成本高、效益低、風險大。令人遺憾的是，近年來中國經濟泡沫化比較嚴重，企業、投資者、金融機構和地方政府等都比較浮躁，熱衷於短期投資和投機，對科技創新則不甚感興趣。
然而，中國的創新驅動仍然問題很多，遠不能適應新形勢的需要。首先，知識資本投入仍然不足。僅以R&D投入來衡量科技創新投入是不全麵的，因為R&D投入僅占知識資本投資的10%~25%。近幾年中國高新技術產業總產值占GDP的比重一直在18%~20%徘徊，而高新技術產業研發費用增速則一直在20%附近的曆史低位上下波動。其次，企業的創新活動還不普遍。2011年大中型工業企業中具有研發活動的企業不到30%，平均R&D強度僅為0.93%；規模以上工業企業中具有研發活動的企業僅占12%，平均R&D強度隻有0.71%。因此，大部分企業仍處於技術跟蹤和模仿製造，以及低端加工製造和低價競爭階段。再次，高新技術產品進口比重下降。2007—2010年，勞動密集型製造業產品進口比重上升4.7個百分點，而技術密集型製造業產品進口比重下降了3.6個百分點，特別是通信設備計算機及其他電子設備、儀器儀表及文化辦公用機械製造等技術密集型製造業進口比重下降尤為顯著。同時，2004—2009年，我國高技術製造業的平均產值增加值率不到美國的50%、德國的60%，約為日本的63%和韓國的86%；而低技術製造業的平均產值增加值率大約是美國的84%、德國的97%、日本的76%和韓國的127%。最後，人力資本增加開始遇到瓶頸。隨著總人口增長減緩和老齡化程度提高，2012年中國勞動年齡人口達到頂峰開始出現絕對值減少，人口紅利對於經濟增長的促進作用正在迅速減弱。據預測，2025年以後人力資本將開始減少。
原因之一：政府主導經濟的體製不利於創新。創新的真正主體是企業，因為企業必須在不斷創新中求生存和發展。政府是壟斷型組織，其主要職責是提供公共服務和維護穩定，本性不在創新，政府可以為創新創造條件，但不是好的創新主體。但是，中國政府的職能至今未真正轉型，各級政府的主要職責仍然放在促進GDP、財政收入和工業增加值等指標的增長上，許多地方的經濟發展，特別是招商引資、項目建設和基礎設施建設等，高度依賴於政府。而政府可以通過大規模投資（倒逼央行印鈔票）、發債、造城運動等來實現增長，而不必費神通過科技創新來實現增長，這就形成了對科技創新的替代和抑製。
原因之二：經濟泡沫化不利於創新。科技創新與經濟泡沫之間有替代關係。如果經濟可以通過印鈔、釋放流動性、高房價、發展影子銀行、製造產能過剩等來實現泡沫式增長，必然會缺乏科技創新的壓力和動力，因為短期看通過經濟泡沫實現增長成本低、效益高、風險小，而通過科技創新實現增長成本高、效益低、風險大。令人遺憾的是，近年來中國經濟泡沫化比較嚴重，企業、投資者、金融機構和地方政府等都比較浮躁，熱衷於短期投資和投機，對科技創新則不甚感興趣。