六月下旬， 江南軍抵達日本平戶海域，稍事休整，便兵移鷹島海域。與東路軍會合，當即登陸日本。隻是日軍防禦甚是嚴密，元軍始終無法深入內地。八月一日，忽見海上暴風大扇，洪波滔天，煙飛雲不斂，雷雨如暗夜，元軍戰艦在颶風中互相撞擊，大部分沉沒，隻剩下二百餘隻，士卒落水溺死，屍體隨潮汐漂流入浦口，積如丘陵。元軍兵員損失慘重，成為驚弓之鳥，主將範文虎等率先選擇剩餘好船撤退逃生，丟下大軍不管。東路軍見狀，亦相繼撤離。範文虎回國之後，隻說此次出征，大敗日本，日人不日便來朝貢，其人巧舌如簧，竟說得忽必烈信以為真，重賞東征諸將。
那十萬大軍見已被遺棄，便自己組織，推舉頭領，聽其約束。眾人伐木作舟，準備回還，日人見狀，不斷來襲，戰死者甚眾，餘下三萬人為日人虜去，帶至八角島，盡殺其中的蒙古、高麗和漢軍，南人不殺而奴之。有三人者，名喚於閶、莫青、吳萬五尋機遁逃，返回中國，忽必烈始知東征真相，怒斬範文虎，其餘人等，皆降職查辦。
元軍雖敗，忽必烈仍不死心，1283年，忽必烈命阿塔海為日本省丞相，與澈裏帖木兒右丞、劉二拔都兒左丞，募兵造舟，欲複征日本。又派如智和尚與提舉王君治前往日本，後遇台風而還。1284年忽必烈再次派如智和尚與參政王積翁出使日本，不果。1286年，忽必烈又欲遠征日本。卻因福建等地漢人起義，進攻越南亦有失利，忽必烈無法兩路興師，隻得下詔罷征，此後，忽必烈感到自己身體不適，1294年病逝，享年80歲。征日之事遂止。
忽必烈東征日本之舉，史稱 “文永·弘安之役”或“蒙古來襲”。靠北條時宗的堅強果斷、指揮才能和日本軍民的拚死抵抗，橫掃歐亞大陸的蒙古鐵騎隻能望洋興歎。元軍征日失敗之因，頗為複雜。第一次 元軍進展神速，日本已危在旦夕，隻是由於元軍登陸當夜便發生台風，日本才轉危為安。第二次情況就不一樣了，日軍的抵抗使元軍兩個月不能登陸， 救命的 “神風”又使元軍慘敗。不管因何而敗，不義之師，敗不足惜。隻是作為自然現象的台風偶發，被日本統治者吹噓為 “神風”，進而演化出“日本乃神國”的神國思想，後來竟成為對外侵略的精神支柱，太平洋戰爭後期的 “神風特攻隊”即為一例。
戰爭的結果使元朝政府官員小心謹慎起來，但卻使日本人更加自大狂妄起來。日本的自信易於狂妄，狂妄的自信心演變為侵略的野心。元軍兩次進攻，使中日兩國因此成為敵國，兩國朝廷之間從此有來無往，民間雖有往來，卻也往往發生爭端。1307年，日本商人與元朝官吏發生了衝突，並衝進城內，焚燒民舍，恣意掠奪。1309年，日本商人還侵入寧波城內，用自己的商品硫磺焚燒官署，此等事件便是“倭寇”的前奏。
六月下旬， 江南軍抵達日本平戶海域，稍事休整，便兵移鷹島海域。與東路軍會合，當即登陸日本。隻是日軍防禦甚是嚴密，元軍始終無法深入內地。八月一日，忽見海上暴風大扇，洪波滔天，煙飛雲不斂，雷雨如暗夜，元軍戰艦在颶風中互相撞擊，大部分沉沒，隻剩下二百餘隻，士卒落水溺死，屍體隨潮汐漂流入浦口，積如丘陵。元軍兵員損失慘重，成為驚弓之鳥，主將範文虎等率先選擇剩餘好船撤退逃生，丟下大軍不管。東路軍見狀，亦相繼撤離。範文虎回國之後，隻說此次出征，大敗日本，日人不日便來朝貢，其人巧舌如簧，竟說得忽必烈信以為真，重賞東征諸將。
那十萬大軍見已被遺棄，便自己組織，推舉頭領，聽其約束。眾人伐木作舟，準備回還，日人見狀，不斷來襲，戰死者甚眾，餘下三萬人為日人虜去，帶至八角島，盡殺其中的蒙古、高麗和漢軍，南人不殺而奴之。有三人者，名喚於閶、莫青、吳萬五尋機遁逃，返回中國，忽必烈始知東征真相，怒斬範文虎，其餘人等，皆降職查辦。