1596年一日，一艘西班牙商船“聖菲利浦”號遇海難飄到土佐，增田長盛作為日本方的使節上船處理，扣押了所有船員。增田看罷驚道：“為何能將領土擴大到世界各地？”桑達咧嘴笑道：“我國先派傳教士到彼國傳教，等教徒擴大到相當數量，再派軍隊前往，與教徒裏應外合，奪其國不過舉手之勞！”增田立即將西班牙的謀策報告秀吉。秀吉心中一凜，他早就擔心天主教徒會像國內的“一向宗”一樣造反。現在他看到了天主教更大的威脅，毅然決定全麵禁教，發布《傳教士驅逐令》：日本乃神國，決不允許天主教國來傳邪教，傳教士為使庶民信教，打壞神社佛閣，乃前所未聞！領主獻日本國土於教會，乃法度不許自今日起二十天內，傳教士立即回國，商賣貿易船隊不在此列，不妨礙佛法者可自由進入日本。。禁教令迅速傳達全國，京都、大阪、堺等地的教堂被拆毀。傳教士或前往中國，或轉移到信教大名領地內。秀吉死後，1603年德川家康出任江戶幕府的首任將軍，對來自新教國的英國人威廉·阿達姆茲航海長、荷蘭高級船員楊·約斯苔十分信任，分別授以領地、俸祿，派人向他們學習造船航海技術和幾何學，並令其留居日本，不再回國；但對身邊家臣武士中信教者嚴懲不貸。其子秀忠出任第二代將軍後，將禁教令推行全國，便有“元和大殉教”一事。
有道是，上有苛政，下必有暴行。幕府嚴令禁教鎖國，諸藩便層層加碼，恣意借禁教搜括民脂民膏，有恃無恐。且說九州一帶本是天主教傳播最早、 教徒最多的地區。天主教傳教士宣揚的上帝創世、上帝麵前人人平等的教義，對備受封建盤剝和士農工商等級身份製重重壓迫的下層民眾產生強烈吸引力；定期舉行的宗教活動，也使持有共同信仰的民眾團結緊密，形成令領主們恐懼的集團力量。特別是長崎灣的島原藩，原為信教大名有馬氏的領地，全藩居民皆受洗禮，儼然上帝之國。隔海相望的天草島歸唐津藩管轄，原來也是信教大名天草種元的領地，後移歸豐臣舊部小西行長領有。小西也入了天主教，家臣武士中信教者甚眾。關原之戰後，小西被處死，失去主君的武士成了浪人，忿忿然欲報滅國之仇。
1616年，鬆倉重政來島原任藩主。初來乍到，對領內教徒還算客氣，隻想與當地土豪搞好關係，以站穩腳跟。“元和大殉教”後，不少傳教士潛入島原，繼續活動。早有密探將這些動向報告家光，家光震怒。待重政赴江戶參拜將軍時，家光喚過重政，劈頭蓋臉地一通斥責。回藩之後，重政為保住烏紗帽，便厲行禁教，橫征暴斂起來。其手段之殘忍，聞所未聞。為強製領民放棄信仰，動用了水浸、火烤、站籠子、燙烙、挾手指、針刺、竹鋸鋸頸、木馬壓、澆硫黃熱水等酷刑。一日，領內深江村教徒宗信父子被逮來，捆住手腳，拉到熊熊燃燒的炭火堆前。刑吏命手下人把幾根鐵棒並排投入火中，一會兒便燒得通紅。刑吏大吼：“還信天主教嗎？”宗信父子昂首挺胸道： “此身已獻天主，寧死不改信仰！”“來人哪！”刑吏嚷道， “把竹簽釘進他們的後背，放在鐵棒上烤！”可憐宗信父子被釘得皮開肉綻，鮮血橫流，又被烤得內髒滴油，口中冒煙，慘叫聲撕人心肺，卻仍不放棄天主教信仰。那刑吏火冒三丈，喝令手下人把燒烤得麵目全非的宗信父子綁在柱子上，割耳砍臉，淩辱致死。一時間，島原藩成了人間地獄。1630年鬆倉重政病死，其子勝家為加快築成島原城，拚命加重年貢，又新立各種名目的租稅，搜刮民財。對一時交納不出或要求緩交賦稅的農民加以殘酷折磨，如將蓑衣捆在農民身上，點火來燒。受刑者非傷即死，慘叫亂跳；藩吏們卻站在一旁哈哈大笑。此刑稱為“跳蓑衣舞”。又如將農民妻女抓來，脫光衣服或捆雙足倒懸，或投入冰水中浸泡，慘不忍睹。領內農民敢怒不敢言，隻盼望有人登高一呼，群起反抗。
1596年一日，一艘西班牙商船“聖菲利浦”號遇海難飄到土佐，增田長盛作為日本方的使節上船處理，扣押了所有船員。增田看罷驚道：“為何能將領土擴大到世界各地？”桑達咧嘴笑道：“我國先派傳教士到彼國傳教，等教徒擴大到相當數量，再派軍隊前往，與教徒裏應外合，奪其國不過舉手之勞！”增田立即將西班牙的謀策報告秀吉。秀吉心中一凜，他早就擔心天主教徒會像國內的“一向宗”一樣造反。現在他看到了天主教更大的威脅，毅然決定全麵禁教，發布《傳教士驅逐令》：日本乃神國，決不允許天主教國來傳邪教，傳教士為使庶民信教，打壞神社佛閣，乃前所未聞！領主獻日本國土於教會，乃法度不許自今日起二十天內，傳教士立即回國，商賣貿易船隊不在此列，不妨礙佛法者可自由進入日本。。禁教令迅速傳達全國，京都、大阪、堺等地的教堂被拆毀。傳教士或前往中國，或轉移到信教大名領地內。秀吉死後，1603年德川家康出任江戶幕府的首任將軍，對來自新教國的英國人威廉·阿達姆茲航海長、荷蘭高級船員楊·約斯苔十分信任，分別授以領地、俸祿，派人向他們學習造船航海技術和幾何學，並令其留居日本，不再回國；但對身邊家臣武士中信教者嚴懲不貸。其子秀忠出任第二代將軍後，將禁教令推行全國，便有“元和大殉教”一事。