刺殺井伊，事發驟然。在 15 分鍾的拚殺中，彥根藩武士死傷大半。18個誌士，當場戰死 1人，4 人受重傷，8 人自首，5 人逃亡。有村持並伊首級直奔日比穀門，因傷勢過重，倒在路上，後為彥根藩武士所殺。彥根藩武士找到井伊首級，重新將其與屍體結合安葬不提。
櫻田門外事件震動全國，尊攘派空前活躍。幕府權威掃地。此時日本國內政局如同被攪動的馬蜂窩，各派政治勢力紛紛揚揚地提出各種主張。西南諸藩也介入中央政局。朝廷與幕府既爭權奪利，又聯手對付擾亂政治秩序的激進派。以下級武士為中心的尊王攘夷派或刺殺外國人，或襲擊外國公使館，或策動公卿讓天皇下詔全國大攘夷，其內部也展開爭奪，不斷分化。以大名、高級公卿為中心的公武合體派（此派倡導朝幕聯合。“公”指朝廷，“武”指幕府），同樣是你方唱罷我登台。
1862年底，為了推行“公武合體”， 幕府將軍德川家茂準備上京與孝明天皇會麵。官員清河八郎奏道：“如今天下不寧，那尊王攘夷派的浪人屢屢暗殺夷人與親夷的政府要員，將其稱作‘天誅’。將軍此去，恐有凶險，需好生提防。”德川皺眉道：“如此說來，該當如何是好？”清河道：“臣以為，可招募忠於幕府的浪士，到京都擔任警戒，維持治安。”德川頷首道：“此計甚好，卿可著手去辦。”清河領令，當即昭告四方，數月間，便有兩百餘浪人彙集京都。清河八郎實與勤王勢力暗中私通，企圖將浪士收為己有，效忠天皇，不料計劃敗露，清河被人暗殺，餘下浪士大多解散。
卻說這幹浪客，有一人喚作近藤勇，乃天然理心流劍術大師，本是武藏國多摩郡人士，此時響應幕府號召，攜好友弟子一道趕赴京都，本欲做下一番事業，不想事與願違，不由暗自生愁，好友土方歲三見狀笑道：“哥哥何以如此憂愁，清水八郎不在，我等自行為幕府效力便是。”近藤喜道：“還是兄弟有見識。”二人當即向京都守護鬆平容保遞書請願，得了應允，便將剩餘浪士納入京都守護名下，起名“壬生浪士組”，守護京都治安。之後又因立下功勞，朝廷賜名“新選組”，近藤勇自領局長，土方歲三佐之，麾下分作十組，每一隊由一組長統率，哪十人，一番隊組長衝田總司，二番隊組長永倉新八，三番隊組長齋藤一，四番隊組長鬆原忠司，五番隊組長武田觀柳齋，六番隊組長井上源三郎，七番隊組長穀三十郎，八番隊組長藤堂平助，九番隊組長鈴木三樹三郎，十番隊組長原田左之助。那十名組長，各個身懷絕技，劍法超群，天下好手，少出其右。
1864年6月4日，土方報於近藤：“昨日擒得一名匪人，嚴刑之下招認今日長州藩倒幕浪人將火燒中川宮邸，欲將天皇綁至長州。”近藤聞言大怒：“彼等膽大包天，竟敢冒犯天皇。你可知長州匪人聚集何處？”土方道：“現已拷問清楚，皆聚集於三條橋畔的池田屋中，聽說那長州名士亦在其間。”近藤道：“速速點起人馬，務必將其一網打盡。”土方道：“倉促之間人手難以湊齊，隻恐不敵。”近藤道：“兵貴神速，我等連夜突襲，打他個措手不及。”土方一麵派人通知京都守護，一麵召集門下好手。徑往池田屋殺去。行至屋外，早有探子來報：“那長州浪士約有三十人，皆在二樓。”近藤環視左右，令道：“衝田總司，你率本隊衝上二樓，先將製服，其餘人等，便好處置；永倉新八，你領本隊守住正門，勿要將其退路截住；長州藩士遇襲，必從後門逃竄，齋藤一、原田左之助，你二人率本隊守在屋後河灘，勿要放走一個。”眾人得令，各自準備。入夜時分，池田屋中燈火已滅，近藤一聲令下，那衝田總司一馬當先，衝殺進去。這長州浪士也不乏好手，當即起身應戰。隻是這衝田有“天才少年”之稱，年紀雖輕，卻罕逢敵手，又有近藤勇在後策應，當即便砍翻幾名浪人，其餘人等見勢不妙，急忙向外逃竄，正門早被永倉守住，如何出得去，隻得奔往屋後。剛到河畔，忽聽殺聲四起，伏兵一湧而出。這長州浪士也是視死如歸，也不畏懼，殊死搏殺。畢竟那新選組人數稍遜，不多時便處在下風。近藤正自焦急，忽聽一片喧雜，卻是大隊官兵殺來，將長州藩士團團圍住，盡數擒獲。點檢俘虜，惟獨少了。原來小五郎因事耽擱，中途聽聞新選組來襲，早已遁去。
池田屋一戰，新選組名聲大噪，“壬生劊子手”、“壬生狼”大名迅速自京都、大阪傳遍整個日本。那長州藩受此挫折，自然心有不甘，欲知其如何報複，且聽下回分解。
刺殺井伊，事發驟然。在 15 分鍾的拚殺中，彥根藩武士死傷大半。18個誌士，當場戰死 1人，4 人受重傷，8 人自首，5 人逃亡。有村持並伊首級直奔日比穀門，因傷勢過重，倒在路上，後為彥根藩武士所殺。彥根藩武士找到井伊首級，重新將其與屍體結合安葬不提。