司馬談這一番諄諄囑托，極大地震動了司馬遷，他看到父親作為一名史學家難得的使命感和責任感，也知道父親將畢生未竟的事業寄托在了自己的身上。司馬遷低著頭，流著淚，悲痛而堅定地答應了父親的囑托，表示一定要完成父親的心願。
司馬遷在38歲時，正式做了太史令，使得他有機會閱覽宮廷所藏的一切圖書、檔案及各種史料。他一邊整理史料，一邊參與修改曆法。在太初年間，他參與完成了一部史書，並取名《太初曆》。
在此期間，司馬遷一直沒有忘記父親的遺誌，他決心效法儒家始祖孔子編纂《春秋》，也要寫出一部同樣的曆史巨著。於是，他就一邊搜集資料，一邊動手編寫。
正當司馬遷全身心地撰寫史書巨著之時，發生了李陵事件。抗匈名將李廣的孫子李陵與漢武帝寵姬李夫人的長兄貳師將軍李廣利出塞與匈奴作戰時被俘，大臣們都譴責李陵不該貪生怕死而向匈奴投降，隻有司馬遷站出來駁斥大臣們的意見。
漢武帝問作為太史令的司馬遷是什麼看法，司馬遷說：“李陵帶去的步兵不滿5000人，他深入到對方的腹地，在寡不敵眾的情況下，雖然打了敗仗，也可以向天下人交代了。李陵不肯馬上去死，一定還有他的想法，他一定還想將功贖罪來報答陛下。”
漢武帝聽了，認為司馬遷這樣是在為李陵辯護，便勃然大怒說：“你這樣替叛徒強辯，是不是存心反對朝廷？”
司馬遷為李陵辯護，觸怒了漢武帝，於是就把他投入了監獄。第二年，司馬遷被處以宮刑。他忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨，麵對酷刑，他始終不屈服，仍然堅持自己意見。宮刑在當時是個奇恥大辱，不僅有汙先人，也會讓親友恥笑。司馬遷在獄中備受淩辱，幾乎斷送了性命。
司馬遷本想一死，但是他想到父親的囑托，又想到了自己多年搜集資料的艱辛，為了實現編史的夙願，他是忍辱負重，苟且偷生，希望出現一線轉機。
後來，漢武帝改元，大赦天下，這時司馬遷已經50歲了。他出獄後當了中書令，在別人看來，他也許是“尊寵任職”。但司馬遷並不在意這些，他開始埋頭專心致誌地寫他的書。他知道自己所剩的時間不多了，於是爭分奪秒地進行撰述。
司馬遷一邊搜集和閱讀大量資料，一邊夜以繼日地進行撰寫、校正。公元前91年，司馬遷終於完成了這部曆史巨著。這部史書起初沒有固定書名，那時人們叫它《太史公書》，或稱《太史公記》，也稱《太史公》。“史記”是古代史書的通稱，因為司馬遷這部書包括了從三皇五帝到漢武帝2000多年的曆史，於是人們就叫它為《史記》。
《史記》是我國第一部紀傳體通史，被人們稱為“信史”。全書共有本紀12篇，表10篇，書8篇，世家30篇，列傳70篇，共130篇。
司馬談這一番諄諄囑托，極大地震動了司馬遷，他看到父親作為一名史學家難得的使命感和責任感，也知道父親將畢生未竟的事業寄托在了自己的身上。司馬遷低著頭，流著淚，悲痛而堅定地答應了父親的囑托，表示一定要完成父親的心願。
司馬遷在38歲時，正式做了太史令，使得他有機會閱覽宮廷所藏的一切圖書、檔案及各種史料。他一邊整理史料，一邊參與修改曆法。在太初年間，他參與完成了一部史書，並取名《太初曆》。
在此期間，司馬遷一直沒有忘記父親的遺誌，他決心效法儒家始祖孔子編纂《春秋》，也要寫出一部同樣的曆史巨著。於是，他就一邊搜集資料，一邊動手編寫。
正當司馬遷全身心地撰寫史書巨著之時，發生了李陵事件。抗匈名將李廣的孫子李陵與漢武帝寵姬李夫人的長兄貳師將軍李廣利出塞與匈奴作戰時被俘，大臣們都譴責李陵不該貪生怕死而向匈奴投降，隻有司馬遷站出來駁斥大臣們的意見。
漢武帝問作為太史令的司馬遷是什麼看法，司馬遷說：“李陵帶去的步兵不滿5000人，他深入到對方的腹地，在寡不敵眾的情況下，雖然打了敗仗，也可以向天下人交代了。李陵不肯馬上去死，一定還有他的想法，他一定還想將功贖罪來報答陛下。”