在收複台灣以後，鄭成功改台灣城為東都，彰顯了他矢誌不渝抗擊達虜的決心。
盡管荷蘭人還有最後一兩處據點沒有拔出，但他還是毅然決定開墾台灣。
鄭經也沒有阻止，而且他從父親起的名字中感悟到了另一層含義。
他親自帶領朱霸、萬禮、何延彬等人巡視新港、目加溜灣、肖壟、麻豆、大目降、大武壟、他裏霧、半線等地。“見其土地平坦膏沃”，適合屯田養兵。
當時台灣地廣人稀，高山族和台灣漢族同胞“計口而種，不貪盈餘”，土地利用率很低，便於移民墾荒。
他對高山族同胞“賜以煙、布，慰以好言”，嚴禁部卒侵犯他們的利益。視察歸來以後，鄭成功立即召集各提督、鎮將和參軍議事，在會上說：“大凡治家治國，以食為先。
苟家無食，雖親如父子夫婦，亦難以和其家；苟國無食，雖有忠君愛國之士，亦難以治其國。今上托皇天重庇，下賴諸君之力，得有此土。
然計食之者眾，作之者寡，倘餉一告匱，而師不宿飽，其欲興邦固國恐亦難矣。故昨日躬身踏勘，揆審情形，細觀土地，甚是膏腴。當效寓兵於農之法，庶可餉無匱，兵多糧足，然後靜觀釁隙而進取。”接著提出具體部署：“留勇衛、侍衛二旅以守安平鎮、承天二處。
其餘諸鎮，按鎮分地，按地開荒。日以什一者了望，相連接應，輪流造更。是無閑丁，亦無逸民。插竹為社，斬茅為屋。圍生牛教之以犁，使野無曠土，而軍有餘糧。其火兵則無貼田，如正丁出伍，貼田補入可也。其鄉仍曰‘社’，不必易；其畝亦曰‘甲’，以便耕。
在視察過程中，各處台灣的漢族移民和高山族同胞列隊歡迎，更使他感到民風淳樸。
台灣高山族族長和郭懷義將軍並列，一直在為鄭家軍順利攻取台灣而祝賀著。
高山族族長麵帶笑意的看著鄭森，說道。
“鄭大帥此舉順天承運，趕走危害台灣的荷蘭人，與我們久受荷蘭人欺壓的台灣人民來說，實屬救命之恩，請受老夫一拜。”
說完，他做出一個下跪的舉動，似乎就要跪下，一旁的鄭經看了撇撇嘴，在心裏直罵他老狐狸。
鄭森不知其然自以為他是真要下跪，連忙扶住他，不讓他跪下。
“使不得，使不得，族長您是要折煞我呀？”
聽他這樣說，他也順水推舟起來，但拉過一旁的小姑娘，帶到身前，
“娜依，還不見過鄭大帥，如果不是鄭大帥的軍隊，我們高山族還不知道要被荷蘭人欺負多久呢！娜依快點跪下，謝謝鄭大帥的救命之恩。”
娜依原本是個被高山族長寵壞了的丫頭，在族中，高山族長對她基本上是有求必應，原本她也不想對一個陌生人下跪，但一想到對方以後可能是她的……她心裏就如同有一隻小鹿一般，直亂跳，也順便跪了下來，紮紮實實的磕了一個響頭。
“娜依替爹爹和高山族全族百姓謝謝鄭大帥救命之恩。”
說完她還悄悄撇了一眼站在他身旁的那個小男孩，見他五官端正，長得煞是好看，不由得臉蛋變得紅撲撲的。