電影繼續，就在蘇葉以為自己的改變，讓一切變得完美時，事實卻不是這樣。受到蘇葉警告的鄰居，不再折磨餘娜，而是變相的虐待餘浩。
這導致餘浩越發的變態，甚至因為燒了蘇葉家的狗，毆打同學，被關進了少管所，受盡虐待和歧視。得知餘娜和蘇葉談戀愛，餘浩覺得蘇葉把世界上唯一一不會看不起他的人搶走了，經常揚言要殺了蘇葉。一次打鬥中，餘浩沒能殺掉蘇葉，反而是蘇葉失手殺了餘浩。
蘇葉被抓進監獄了，一切美好都瞬間破碎。
不甘心的蘇葉，決定再一次返回過去，在餘浩長大之前，扭轉局麵。他讓母親送日記本進來，卻被監獄裏的犯人搶走，隻拿回了一張紙，記載著他上幼兒園時的情況。為了讓信基督教的獄友相信他是上帝的使者，因而幫助他拿回日記本。
他便利用這一張紙，回到了幼兒園，刺穿自己的雙手。
回到現實，獄友眼睜睜的看著，蘇葉的雙手，原本沒有疤痕，卻漸漸的浮現，驚為天人。幫助他爭取時間，取得了日記本。驚心動魄之間，蘇葉終於回到了過去，餘浩燒狗的那一次。
他給了李傑一把利器，讓李傑不要再膽小，不要在害怕餘浩。
他的本意是勸李傑把那隻狗放走，這樣餘浩就不會燒死它，更不會被關進少管所。因而就不會在少管所受虐待，一切都會向好的方向發展。
可是，他的一番話，卻讓一直受餘浩起伏的李傑理解錯了，從背後捅死了餘浩。
回到現實，一切再次改變。
李傑被關進監獄。
餘浩死亡，餘娜也因為餘浩的死，一度墮落，成為了妓~女。這不是蘇葉想要的結果，但是連續兩次改變過去，都造成了比之前還惡劣的現實，這讓蘇葉很困惑。決定去找同樣有失憶情況的父親，問問清楚，看他有沒有改變的辦法。
通過日記，他回到了在醫院見到父親的那一天。
通過與父親的對話，他才明白，自己小時候的失憶，包括這一次，都是自己妄圖改變世界所造成，每一次改變，都會對大腦造成不可磨滅的損傷，出現記憶壞死的情況。蘇葉想要找到讓一切都好的辦法。
父親告訴他沒有辦法，一切悲劇都應該從他開始了結。
蘇葉不信，父親這才打算殺死他。於是才有了電影前麵的故事，父親突然掐住了他，最終被警察失手打死。
不信邪的蘇葉，決定再回過去，改變一切。
他回到了**爆炸事件當場，決定救人，卻因為太激動，導致被炸彈波及，炸斷了自己的手和腳。回到現實，他成了殘廢，所有人的命運都有了改變。餘浩重新做人，餘娜跟李傑在一起，隻有他，仿佛是世界上多餘的。
承受不住這樣的打擊，加上父親當初說的，他不能扮演上帝，改變未來。否則隻會讓現實越來越糟。
灰心的蘇葉，決定自溺。卻被室友救下來。並帶他去探望住院的母親。母親因為蘇葉的手腳被炸斷，一度陷入瘋狂的吸煙之中，導致了肺癌，病入膏肓。
電影放到這裏，影院中一片沉默，劇情壓抑的可怕。
萬小虎回頭看了看四周，所有人都專心的看電影，顯然是被劇情所吸引。這讓他十分滿意，電影連他們這些明星導演記者都能吸引，還怕吸引不了觀眾嗎。
不過，接下來的結局，是不是能被大家接受，萬小虎還有點忐忑。
他設計了兩個版本的結局。
黑暗版的走向是徹底壓抑，以蘇葉回到嬰兒時代，自己用臍帶勒斷自己的脖子為結局。
現在影院播放的是開放結局版本，是和原版《蝴蝶效應》不同的一個結局。
蘇葉看到病入膏肓的母親，悲哀的無以複加，認為是自己的錯，才讓母親落得如此下場，是他要改變一切，要做上帝，才有了這樣的結果。蘇葉充滿了自責，但是蘇葉的母親，拉著他的手，斷斷續續的說。
這一段，正是電影開頭的一段劇情，首尾呼應。
“在你出生之前，我流過兩次產，我很怕失去你。但是老天保佑，你順利的挺到了醫院……”
“護士推著手推車，把我快速的往產房推著……”
“當你嗚嗚的哭聲響起來，我告訴自己，我是這個世界上，最幸福的媽媽……”
隨著蘇葉母親含著笑的講述，蘇葉聽得出神。
“那天你去上課，老師說，今天要畫畫。還對我說，蘇葉畫畫畫得好，我說蘇葉在家裏就喜歡畫畫，畫小人，畫房子，畫太陽……”
聲音漸漸戰鬥，畫麵也漸漸水波一樣抖動。
蘇葉猛然發現，自己回到了幼兒園，手腳全是好的。
老師在講台上說：“小朋友們，今天我們來畫畫好不好？”
“好。”奶聲稚氣的回答。
蘇葉看著這一切，想到了很多很多，母親、父親、餘浩、李傑，還有每個世界中認識的朋友。最後想到了餘娜，他在車上寫給餘娜的那張紙。
“我會回來找你。”