關於大蛇丸這邊的事情要想講清楚，我們還需要把時間線稍微往前調上一點點，回到宇智波帶土向五影宣戰，第四次忍界大戰真正爆發的開端。
在有關對於曉組織處理辦法的會議之後。
子夜被新上任的忍者聯軍統帥，四代目火影·波風水門單獨留下，進行了單獨的會議商談：
“關於大蛇丸，你怎麼看？”波風水門淡淡的問。
“大蛇丸竟然會跟宇智波帶土聯合到一起,這確實出乎我的意料。”
子夜聽到波風水門的問話，立刻正色答道。
原本應該和宇智波帶土聯合的是藥師兜，但是藥師兜已經被自己忽悠成了打工人，對於藥師兜影響極大的藥師野乃宇也沒有死亡，而是依然好好的在木葉經營著自己的孤兒院。
過上了夢想中的生活，藥師兜自然不可能如原著中一樣,去和宇智波帶土合作。
沒有進入大蛇丸麾下,繼承大蛇丸衣缽的藥師兜，也沒有與宇智波帶土合作的基礎。
大蛇丸和宇智波帶土兩人本就是木葉的叛忍，是在忍界中見不得光的存在，後來他們又從統一了黑暗世界的曉組織中叛逃。
同時得罪了忍界黑白兩道的二人，好似喪家之犬一般，隻能躲在黑暗的角落中瑟瑟發抖。
這樣的情況持續了很長一段時間。
子夜本以為，事情會一直這樣下去。
最少也更夠持續到他完成自己的計劃，在劇情開始之前的幾年內，不會出現打的變化。
子夜原本的計劃是：
自己和陽神分身相互配合，收集九隻尾獸合成十尾，然後自己使用拘靈遣將控製十尾，成為十尾人柱力。
讓自己在實力上一步登天的同時，還徹底摧毀了宇智波帶土等人計劃的核心。
沒有了十尾，宇智波斑和宇智波帶土的實力就算再強，特性再麻煩，也在可以控製的範圍內。
但令子夜沒有想到。
沒有了繼承大蛇丸衣缽的藥師兜。
大蛇丸自己卻和同樣是喪家之犬的宇智波帶土聯合到了一起。
這兩個曾經失意者在走到了一起之後，竟然奇妙的產生了意想不到的化學反應。
大蛇丸掌握有《穢土轉生》這種核心技術,他還在幕後控製了整個音忍村，擁有大量的實驗素材。
宇智波帶土則擁有白絕這種，可以使用“蜉蝣之術”在土壤岩石之中肆意遨遊的“挖墳鬼才”,能夠將無數已故的忍界強者挖掘出來，用這些強者的血脈給大蛇丸做實驗。
這兩個人，一個掌握核心技術，一個擁有大量資源。
一拍即合之下，讓大蛇丸的研究進度飛速提高。
雖然這兩個家夥都算不上是什麼好人，二人在合作的同時，還都在想著如何將對方一口吞掉。
但無論是之前被驅逐的遭遇，還是子夜所表現出來的強大實力。
都讓這兩人明白，實力才是一切的根本。
因此，關於在合作中提升自身的實力這個問題上，雙方都沒有絲毫保留，不過最後的結果如何，卻是顯而易見的。
在這個過程中，老奸巨猾的大蛇丸，最終還是比宇智波帶土這個學渣技高一籌。
大蛇丸利用宇智波帶土提供的無數強者身體和稀有血繼限界，對自己的身體做了無數次實驗，最終不止讓他完善了二代火影留下的《穢土轉生》，更掌握了白蛇仙人模式，讓他可以控製這些轉生的穢土忍者。
這兩個家夥就這樣經過了數年的隱忍。
最終，在子夜的計劃快要成功的時候，他們在曉組織中的內鬼，【絕】的幫助下，突然對曉組織發動襲擊。
他們不止奪走了已經封印了七隻尾獸的外道魔像與長門的輪回眼，戰鬥的餘波甚至將整個雨之國都徹底毀滅。
方圓千裏之內，人畜絕滅。
這件事情一發生，手中掌握更多情報的子夜，迅速就明白了一切，並且將其中一些可以說的情報告訴給了波風水門。
其實，即便子夜不說，波風水門也能大致猜得到，子夜在裏麵扮演了什麼角色。
子夜能夠拿出這麼多曉組織的內部情報，就說明他在其中一定有間諜。