呂宋反叛的消息，很快傳回了京城。
萬曆皇帝在氣憤之餘，又感到有些慶幸——正好可以借此機會，轉移一下國內的矛盾，尤其是他和大臣之間的矛盾。
自從礦監稅使肆虐天下，他就陷於大臣無休止的口誅筆伐之下。萬曆皇帝內功了得、置若罔聞，但他的大臣們可是要臉的，眼見著虎狼當街，百姓蒙難，他們這些為民父母的朝廷命官卻束手無策，愛莫能助，便紛紛上疏求去。
其實這股辭官風潮，從萬曆九年便已經出現。自從沈閣老失蹤後，萬曆皇帝便一心想要獨裁，自然與文官集團發生激烈的衝突，盡管皇帝有著先天優勢，無奈好虎架不住群狼，數次鬥爭，都以文官的勝利告終。
萬曆的驕傲和執拗，使他不知‘妥協’為何物，就算文官把他擊敗了，也休想使他服從擺布。於是熱戰之後，雙方進入了冷戰期，萬曆皇帝朝講不禦、郊廟不親、章奏不批、缺官不補……更缺德的是，他抓住機會就罷黜大臣。
曾經有一位侍郎，隻是因為奏章中出現了錯別字，便被萬曆抓住小辮子猛批……不批奏章，不代表他不看。不看不批，大臣可以代批，還不算太壞。看了不批，就像站著茅坑不拉屎，才真叫惡心人呢……萬曆把錯別字上升到工作態度疏忽，對皇帝極為輕視的高度，那位可憐的侍郎自然要上疏請辭。大臣紛紛上書挽留，萬曆卻連象征性的慰留都沒有，直接準奏，卷鋪蓋趕回家……
萬曆當時想的是，三條腿的蛤蟆不好找，兩條腿的人有的是，把那些討厭的家夥攆走了，正好換上自己中意的人選。然而文官們豈會讓他得逞？別忘了四品以下官員由吏部銓選，三品以上官員由廷推產生，大臣們就是不選皇帝中意的人選，他們推薦的人選，皇帝又不中意。
萬曆也不是沒想過用過中旨，繞過外廷直接任命官員……從法理上講，這是行得通的，然而這是士林最不齒的事情，誰要是敢接受中旨任命，朋友立刻跟他斷絕往來，出門就有人扔臭雞蛋，到衙門上班，也會被同事和上司排擠。總之一句話，你會體會到什麼叫眾矢之的，什麼叫生不如死的。
所以萬曆一吹出風去，那些‘幸運’的官員便嚇破了膽，連連上書敬謝不敏，逼得急了，直接掛冠而去，不給皇帝揠苗助長的機會。
但是大臣們推薦的人選，也甭指望走馬上任，因為銓選也好、廷推也罷，隻有推薦權，沒有決定權，最終還得皇帝出聖旨才算完成任命。
於是我用不了我的人，你也甭想用你的人，雙方就這樣對耗起來。萬曆九年，兩京缺尚書三人，侍郎十人，科道九十四人，地方上缺巡撫三人，布、按、監司六十六人，知府二十五人。三年以後，南北大僚強半空署，督撫重臣經年虛席，藩臬缺至五六十人，知府缺至四五十人。
最近這段時間，因為對礦監稅使無能為力，剩下的大臣也基本歇菜了……掌管全國庶政的閣部院大臣中，內閣僅剩下申時行和王家屏。九卿中在朝供職的，隻有都禦史一人和侍郎二人，餘則或因缺未補，或杜門不出，朝政已然癱瘓。
萬曆皇帝這才慌了神，畢竟他倚仗的內廷太監，抓人斂財是好手，講到治國就抓瞎了。祖宗江山還得靠文官打理，所以他已經有些後悔了，隻是死要麵子不肯主動妥協，而呂宋反叛事件，正好給了他就坡下驢的機會……至少萬曆自己是這樣想的。
因為即使放在曆史長河中比較，本朝大臣也是一頂一的臭又硬，一旦涉及領土和主權，沒什麼好說的，肯定是喊打喊殺，顧不上跟自己鬥氣了。
但皇帝失算了，消息傳開後，那些‘又臭又硬’的大臣，竟然十分罕見的對呂宋持理解態度，而將責任一股腦算到萬曆皇帝的橫征暴斂、貪婪無度上。