在社團成立之初，沈默等人便認識到文社的盛衰，與科場的榮辱密切相關，好學之士以文社為學問之地，而馳騖之徒則以文社為功名之門，故而以此為名，來吸引讀書人的加入。
而在次年的掄才大典中，七人全部及第，且全都點中翰林，使‘瓊林七子’的名號遍及天下，各地學子紛紛登名社錄，爭入瓊林之門。瓊林諸子也不遺餘力的栽培進門弟子，大有把持科場之勢。
從嘉靖四十一年起，至今八次春闈加兩次恩科，共十次大比中，三十名一甲進士，瓊林派占了六成，七百名二甲進士，瓊林派占了五成，兩千五百名三甲進士中，也有三成左右……這還是萬曆皇帝在八年、十一年的殿試中，故意排擠瓊林派出身的進士的結果。
對瓊林派把持科場，自然有人看不順眼，一些北方和西南士人便公開說：‘孰元孰魁，孰先孰後，瓊林已編定無遺人矣”。但無論如何，沈默當初設想借廣收門徒，以控製士林、把持科場，最終達到左右政權之目的達到了。
最早的瓊林諸子，在萬曆初年便當上了侍郎尚書，甚至登閣拜相，把持了萬曆初年的朝政。盡管他們與晉黨以及萬曆皇帝的鬥爭中紛紛下野，然而他們的首代弟子已經成長起來，紛紛上位接班，繼續把持內閣六部、兩京各省……
萬曆自然不會罷休，他繼續鬥爭，繼續把瓊林派趕出朝堂，至少趕出北京，眼不見心不煩。據說在東暖閣有一扇屏風，上麵密密麻麻寫滿了瓊林派成員名單，每當吏部擬任命官員，萬曆就讓人在上麵找名字，沒有，通過，有，否決。他希望以這種方式，來漸漸完成對瓊林派的清洗，應該說是個很穩健的辦法。
然而魔高一尺道高一丈，萬曆九年留都大會，瓊林派成了王門盟主，換言之，全天下的王門中人，不管是泰州派還是浙中派，亦或是江右派、這種小派別的，都要聽其號令。而在兩代首輔的強力推廣下，天下不信王學的讀書人，不是不多，而是鳳毛麟角。
就像孫猴子跳不出觀音菩薩的五指山，無論萬曆皇帝用誰，都是瓊林派的人。這種挫敗，換了誰都受不了，萬曆皇帝才寧缺毋‘瓊’，索性一個官員也不任命。
其實萬曆也不是破罐子破摔，他這是抱著寧肯朝堂一空、朝政廢弛，也要將瓊林黨人清洗掉的決心。這對瓊林派的打擊當然很大，至少那些以求取功名為目標的士子，已經打著重振理學的旗號，在與瓊林派劃清界限了。
但這並不能影響瓊林派眼下的強盛，不說形同虛設的京城，單說南京六部和地方督撫，基本上都是瓊林門下。而那些的缺位，使地方官員的權力膨脹迅速，基本上各省軍政事務，都是由各省督撫自決，所以沒有瓊林派的默許，任何行動都別想順利進行。
其實在留都大會之後，本不該再有瓊林派和泰州派之分，然而還未等兩派整合完成，萬曆皇帝便悍然發動了禁毀書院令，並宣布泰州派為邪教。當時泰州派要求起事，但瓊林派認為各方麵時機都不成熟，所以不許。
之後何心隱之死，成了兩派關係的轉折點，泰州派認為這是瓊林派見死不救的結果，瓊林派也有意與其保持距離，再無合並的可能。隻是因為兩者早已你中有我，我中有你，才沒有使矛盾激化，仍舊保持若即若離的關係。
這次泰州派暗中籌劃長沙起事，於情於理都必須跟身為巡撫的沈一貫事先磋商。對於起事，沈一貫並無意見，因為受閹禍打擊最大的，正是代表官紳富商利益的瓊林派。
泰州派主張，像前年在援救何心隱風潮中那樣，發動民眾、攻擊稅使、稅丁，焚燒稅務衙門，以激進的手段逼迫朝廷就範。但作為地方政權的掌控者，瓊林派不願看到騷亂不可收拾。他們主張用‘工人商人抗捐抗稅、士子罷課’的方式和平抗議，然後通過交涉的手段達到目的，不到萬不得已，不能采用暴力。