但最根本的，還是在一條鞭法改革中，為了實現財政的中央總收總支，成立了‘度支全國錢糧總司’，簡稱‘度支總司’，由戶部尚書任度支使，南京戶部尚書任副使，在兩京分設南北總庫，在全國各省設立分庫。規定各省所收稅銀，除規定作為地方費用的部分，一律先行解送分庫，再由南北總庫統籌買辦。
這是公然賦予南京財政大權，誰都知道這意味著什麼，自然惹得北京的官員很不滿意，但當時沈默如日中天，說一不二，他隻說一句：‘誰都可能有去南京當官的時候。’就讓所有人都閉上嘴。
有了財權，南京六部便相繼盤活，基本上南方的事情，南京各部就料理了，隻需要向北京報備一下。
當時就有人痛心疾首說，百年之後，大明若是出現南北朝，首輔大人就是罪魁禍首。
沈默卻笑道，百年之後的事情，誰能說的準呢？
總而言之，他對南京官場可謂有再造之恩，幾年之後，南京官場便不再是人人視若畏途的冷衙門，加上南京比北京優越的多的自然條件和物質條件，許多官員在北京謀不到理想職位的時候，便會選擇到南京為官。
萬曆八年，沈默丁憂，人們預計南京官場的短暫春天也將過去，畢竟換了哪個皇帝，也不可能容忍這種事實上的南北分治。然而後續的發展，卻讓預言家們跌碎了眼鏡。
因為一上來，北京官場就跟皇帝頂起牛來，雙方是互不相讓，大打出手，真叫個飛沙走石、屍橫遍野……官員被貶出京城，去向八成是南京。還有不少官員，不願參與到和皇帝的鬥爭中，選擇暫時明哲保身，更是將南京視為最佳的避風港。
而且南京的官場，行事也愈發低調起來，原先每次政潮，還不甘寂寞的正當排頭兵，這罵皇帝的奏章卻很少，即使有也能看出是抹不開情麵的應景之作。好像大家真的不關心京城的爭鬥，在盡情享受那旖旎的秦淮風月一般。
這讓萬曆產生一種錯覺，好像南京的官場很乖，混蛋都在北京一樣。再說他光收拾北京的刺頭就忙不過來，也樂得南京官員風花雪月。
他也倒想通過重新分配權力，引起兩京官員狗咬狗。結果北京的官場堅決不上當……開什麼玩笑，正是建立統一戰線、槍口一致對外的時候，想用這種低級的法子讓我們分裂，也太小看俺們了吧？
所以這幾年裏，南京的官場算是風景這邊獨好，但低調的讓人幾乎忽略他們的存在。無論是之前的君臣之鬥，還是之後的抗稅鬥爭，都聽不到南京官員的聲音，被報紙稱為‘奇怪的沉默’。
人們相信，這與南京七卿有關係。
南京左都禦史，吳百朋。
南京吏部尚書，陶大臨。
南京禮部尚書，金達。
南京戶部尚書，餘有丁。
南京兵部尚書，吳兌。
南京刑部尚書，孫丕揚。
南京工部尚書，曾省吾。
翻開這這七位南京官場領導人物的履曆，就會發現，他們都是實幹型人才，隻有何時何地立何功勞的記錄，卻在曆次政爭中，沒有闡發任何政見。這種‘專幹活、不挑刺’的人才通常被成為循吏，是統治者的大愛。
這麼一群老實孩子，換了你是皇帝，舍得動他們麼？
將來打爛了瓶瓶罐罐，還指望他們來收拾呢。
然而此刻，老實孩子們帶著他們的老實下屬，聲勢浩大的出現在迎接沈默的人群中，這說明什麼？是老實孩子不老實了？還是他們一直在裝老實？
不管哪一種可能，結果都是一樣的。便是在沈默腳踏地麵的那一刻，從尚書到侍郎，從郎中到主事，全都齊刷刷大禮參拜，同聲高呼：“恭迎元輔大人！”
這一句，震撼了全場，人們猛然醒悟過來，齊齊大禮參拜道：“恭迎元輔大人！”