大蛇丸，一代天驕奇才，被三代目火影猿飛日斬譽為五十年才出一個的奇才，寄予厚望。事實上，大蛇丸也的確不負眾望，成長速度極為迅速，即便是身為千手一族正統後裔的千手綱手與其相比都遠遠不及，更遑論是資質平庸的自來也。
第三次忍界大戰，大蛇丸、自來也、綱手的三人小隊大放異彩，所向披靡，威震天下。尤其是作為三人之首的大蛇丸，更是淩厲無論，不知道殺死了多少自命不凡的忍者！
最後，素有“半神”之稱、與猿飛日斬一同站在忍界巔峰的山椒魚半藏都給驚動了，親自前來阻止。一場激烈之下，“半神”山椒魚半藏不負盛名，生生擊敗了年輕的三人，並且賦予了三人“木葉三忍”的名號。
這也是三忍名號的由來！
戰後，大蛇丸深刻的認識到了自己實力的不足，想盡一切辦法來提升自己的實力。他一邊拚命刻苦的修行，一邊進行研究調查，希望能夠找到一條短時間內迅速提升實力的捷徑。
大蛇丸最終是找到了方法。其一，學習禁術。所謂禁術，即是會消耗使用者大量精力或者會對使用者造成極大傷害甚至死亡的忍術。雖然傷害性極大，卻也具有超強的破壞力，是短時間內增強實力的捷徑之一。
其二，大蛇丸將目標瞄準了木葉第一強族宇智波一族的血輪眼。
血輪眼，威震忍界的三大瞳術之一，為木葉最優秀的家族——宇智波一族所擁有。它擁有極為強大的能力，可以看清人體內的查克拉脈絡，看穿對手一切的細微動作以及結印，瞬間複製並看穿非血繼限界的忍、體、幻三術，堪稱是一種無敵的能力。
尤其是，血輪眼可以在瞬間複製非血繼限界的任何忍術的能力，極大地吸引了大蛇丸的目光。
在大蛇丸眼中，所謂的忍者、強者，即是通曉一切忍術的人。隻要擁有了血輪眼，他就可以在最短時間內學到所有的忍術，即刻提升自己的實力，而不用再每日裏艱苦的修行。
大蛇丸是一個極為有野心的人，他采取了雙管齊下的策略。一邊進行各種各樣禁術的學習與研究，一邊對宇智波一族內的年輕一代進行觀察，企圖從裏麵找出來一個優秀的人，他奪取血輪眼，從而達到自己的目的。
最後，大蛇丸選擇了宇智波一族這一代最優秀的一個年輕人，宇智波鼬。隻是，大蛇丸沒有想到的是，他還沒有對宇智波鼬動手，他殺害同村忍者進行禁術研究的事情就被猿飛日斬發現了，倉狂逃竄。
在猿飛日斬手下留情，逃命能力又極強的大蛇丸狼狽的逃出了木葉，開始了一個人的生涯。一個很偶然的機會，他得悉了一個名為“曉”的組織，裏麵全部是由各個國家的S級叛忍組成的，強者如雲。
為了擺脫木葉暗殺部隊的騷擾，並且擁有更多的機會和強者交流，大蛇丸決定加入“曉”組織。大蛇丸怎麼也沒有想到，他在這個組織裏麵竟然見到了傳說中的輪回眼，無論是威名還是能力都要遠遠勝過血輪眼的傳說中“六道仙人”所擁有的眼睛！
大蛇丸震驚的同時，也對輪回眼的擁有者——“曉”組織的首領零進行了挑戰，他非常迫切的想要證實一下這雙傳說中的“仙人之眼”是否是徒有虛名。