事實上，“不臣之心”是一定沒有的，不僅彭玉麟自己問心無愧，連曾國藩他也可以打包票的。△頂點說，..問題是，“處心積慮，使這支水師成軍之後，脫離朝廷監管，不受朝廷節製”，卻不是子虛烏有的事兒，這個，彭玉麟可就沒法子“問心無愧”了。
隻是，他和曾國藩，在這個事情上，有頗不得已的苦衷。
“王爺的責備，玉麟不敢不領，隻是……”
彭玉麟微微躊躇，他曉得，接下來的話，出入之間，幹係極其重大，一個字都不能錯的。
他正在斟酌字詞，關卓凡已擺了擺手，道：“雪翁，‘責備’二字壁還——我是一兒這個意思都沒有的！彼一時，此一時，彼時竭盡心血，完備製度，哪裏想得到此時局麵之變化？”
這幾句話聽在耳中，彭玉麟心頭一熱，道：“謝王爺體恤！不過……”
他又一次微微躊躇，關卓凡又一次搶了話頭：“不過，我知道，你和曾湘鄉，都有不得已的苦衷！”
彭玉麟目光一跳。
關卓凡緩緩道：“湘軍水師，百戰功高，戴花翎，俯拾皆是，多少人都保到了紅子？可是，合適的缺分，卻是僧多粥少！仗打完了，能夠補上實缺的，就那麼幾個！人都是要吃飯的，這班血水裏滾出來的老兄弟，不能不給他們一條出路！不然，空著一個虛銜，衣食無著，落魄江湖。咱們在上邊的人。固然心下不安。時間長了，他們也必生怨望，滋生事端！”
這一段話，真正叫“切中肯綮”。
長江水師，脫胎於湘軍水師。而長江水師之設，最重要的目的之一，就是安置湘軍水師的“有功員弁”。
湘軍和太平軍的戰鬥，基本上都發生在長江流域。長江成為雙方彼此攻伐的最重要的戰略通道，誰能控製長江水道，誰就能取得戰略優勢，並最終獲得戰爭的勝利。在某種意義上，在湘軍和太平軍的戰爭中，水師比陸師更加重要。
負責組建、管領水師的彭玉麟，一直在曾國藩麾下作戰，卻最終和曾國藩齊名，原因就在這裏。
在這個大背景下，湘軍水師迅速成長壯大起來。當時。整個長江水道，由西到東。由南至北，官軍戰船，無不懸掛湘軍旗幟。
這個情況，終於引起了某些滿洲親貴的不安。官文就曾上折，建議朝廷，在綠營的編製底下，設立經略長江水道的“水師專營”，以替代湘軍水師。
這自然是行不通的。綠營如果堪用，哪裏會出來“湘軍”這樣東東？
官文沒有想到的是，他的奏折，不但讓曾國藩警惕起來：必須未雨綢繆了；同時，也給了曾國藩對應的靈感。
不久之後，曾國藩奏請設立“長江水師”。表麵上，他好像在附和官文的建議，內裏卻剛好相反：官文是想另行組建一支水師來取代湘軍水師，曾國藩卻聲稱“利器不宜浪拋，勁旅不宜裁撤”，新組建的長江水師，應以湘軍水師為班底。
其實就是湘軍水師換塊牌子罷了。
新組建的“長江水師”，是朝廷的“經製”部隊，就是，打完了仗，也不必裁撤的。
這樣，戰爭結束後，湘軍水師的“有功員弁”就有地方安置了。
為了保證這個目的之達成，曾國藩、彭玉麟擬的長江水師將弁任用製度，近乎荒唐：長江水師的副將、參將、遊擊出缺，其中七成，要從長江水師將弁中題補，剩餘三成，才由兵部選派。都司以下出缺，則全部由長江水師提督從長江水師人員中遴選。
前文提到，長江水師提督獨立於沿江各省督撫，並和“本境督撫”一起，對長江水師各職官實施“雙重領導”——這樣，名義上就對朝廷有了交代：長江水師還是朝廷的“經製之師”嘛。可是，實際操作上，“本境督撫”的“領導”是虛的，隻有長江水師提督的“領導”是實打實的。