天啟二年七月二十一日，萬曆爺的牌位被供於太廟，廟號“神宗”。朱由校太廟祭祀，與這位“早位中興、晚年怠政”的爺爺做了最後的道別。
神宗是個名褒實貶的廟號，“民無能名曰神；物妙無方曰神；聖不可知曰神；陰陽不測曰神”；而臣子們給他的諡號是：“範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝”，簡稱“明顯帝”一一行見中外曰顯；受祿於天曰顯；聖德昭臨曰顯；中外仰德曰顯；德美宣昭曰顯一一這是一個美諡，大臣們給了萬曆一個體麵，也給了朱由校一份麵子，也算是與之前那個並不怎麼美好的廟號相抵衝了，君臣對此都是心知肚明，畢竟是早有慣例。
對此朱由校並沒有幹涉什麼。
在七月下旬，朱由校終於下了決定朝鮮命運的決策，從浙江衛所抽取精銳士卒三千派遣朝鮮，駐紮漢城，畢竟北方形勢危急、軍隊不能輕動，更是無兵可調：
近日保定巡撫張鳳翔尺上疏，言：“且以一旅綴山海，一旅走桃林古北、一片石，諸口而別馳精銳…請增兵五千而…再益萬五千人隸標下，萬五千人駐保定，一萬駐易州五千守紫荊等關……”希望朝庭在直隸地區增加兵力部署，請求皇帝向北方增兵。
而南方則久無戰事，有著足夠的兵員，人口充實便於幕兵，所這隻駐朝鮮部隊便決定從江浙抽取，它將由鞏昌兵備副使何騰蛟指揮，歸山東節製。
說實在的，後金如果真的大舉入侵朝鮮，這三千人馬幾乎沒有任何用處，甚至連拖延時間，等待明軍“仁川登陸”都做不到（更何況此時的大明朝庭已經沒有來一次抗金援朝戰爭的兵力、財政力、組織力和動員力了，如果朝鮮真的被後金入侵，明朝唯一能做的就是對其提供精神支持），但控製朝鮮全國這些兵力倒也是夠了，等他們立足陣腳之後，對朝鮮的“中國化”改造也就可以提上日程了。
朱由校打算讓這三千士兵直接從浙江走海路到朝鮮，盡可能的選擇低調，延緩明軍駐紮朝鮮的消息傳播到後金的時間、並盡可能減少其國際影響，以免後金受到了太大的刺激，認為自己遇到了“生存危機”，於是狗急跳牆，提前向朝鮮大舉進攻。
現在朝鮮的事情暫時告一段，朱由校選中的年輕官員們也大多已經赴京（隻有瞿式耜父喪未至），樞密院的構建也可以開始著手了。
話分兩頭：偽金天命七年（明天啟二年）七月，遼東。
天底下沒有不透風的牆，朝鮮的政變很就傳到了後金努兒哈赤的耳中。當然此時的後金連國家行政機構都十分粗糙、原始，就更沒有什麼像樣的情報機構，所以他對政變的細節知之不詳，更不知道朝鮮請求明朝駐軍的事情，否則他恐怕就坐不住了。
努爾哈赤其實完全沒有想到朝鮮政變者是有明朝勢力的支持，隻以為這是一場正常的內部政治衝突罷了：所以，他並沒有太多激動，雖然相對而言親金的李琿推翻了，但後金的外交國際環境就從來沒好過一一“蚤子多了不癢，債多了不愁。”
何況朝鮮太過弱小了，即使它真的全力反金也是無所謂的，若非是怕兵力空虛、明軍偷襲，進攻朝鮮隻需一支萬餘人的真女真（滿州）偏師罷了。
（滿洲是民族名，不應用作地名，現代社會稱東北為滿州是一種分裂行為。）
非要說，這場政變讓努爾哈赤還見識到了什麼，那就是朝鮮書生罷課、“義民”遊行確實讓他大吃一驚；而這也給了他一個啟示：一定要對儒生、黔者一定要嚴肅管理，不能當作“人”而平等視之。
努爾哈赤一直都是一個有自知之明的人，從後金建立一直到滿清滅亡，這個反動政權的領導一直都有著極度準確的自我定位一一“君之視臣如土芥，則臣視君如寇仇。”，所以他們知道自己與人民的關係是什麼一一主人與奴隸、壓迫剝削者與被壓迫剝削者一一或者，更簡單一些：敵人。
遼東淪陷區內，又是一場血雨腥風。