又半個月後，經過精心的安排，火箭隊首次公開進攻各大城鎮。由此，神奇寶貝世界曆史上最黑暗****的時代拉開了帷幕。
以胡飛掌控火箭隊為原點，時間向後推移計算。
1個月後，火箭隊四幹部之一，忍者阿桔帶領百餘火箭隊精英，悍然突襲尼比市。不僅踏平尼比市的道館，而且劫掠了著名的尼比博物館。
尼比博物館是尼比市最主要的建築之一，兒童票要50元。在一樓有化石翼龍和鐮刀盔的化石，進行的神奇寶貝化石展覽。二樓有一塊空地放著巨大的哥倫比亞航天飛機的模型。平常遊客還可以見到來自於月亮的月之石的傳聞。
這些最珍貴的化石被阿桔奪走。胡飛將其全部調撥給新建立的火箭隊0號科研所。說科研所其實名不副實，因為全科研所的科學家隻有超夢一員。
胡飛將得自正輝的神奇寶貝心情資料、夏伯的化石還原技術統統交給超夢。超夢原本的智力便和人類相當，又因為是超能係神奇寶貝，腦域發達，善於計算推導。
這些化石都經過超夢的還原，化成活生生的古代神奇寶貝：化石翼龍、菊石獸、化石盔。
憤怒之湖的變異神奇寶貝計劃，也因為正輝的資料，順利完成。第一個改造變異成功的案例，便是胡飛手中的那隻暴鯉龍。由於多次戰鬥敗北，自尊心受到刺激，主動溝通胡飛要求自我變異。變異成功之後，獲得新生的暴鯉龍，全身通紅亮麗如火，身形暴漲一倍，屬性亦多有拔升。
1個半月後，火箭隊四大幹部之一的電係達人馬誌士，隨後出動。攻占彩虹市，將關東地區最大的神奇寶貝用品市場——彩虹百貨大樓劫掠一空。大量的精靈球、消耗型進化石、神奇寶貝道具、各類秘籍學習機充實到火箭隊軍備庫中。
同時，在紫苑鎮，著名的神奇寶貝墓地陵園——神奇寶貝塔，被娜姿帶領數十名火箭隊精英戰鬥人員順利清理。不僅將這裏的幽靈係神奇寶貝一網打盡，更暗中將此塔改造成了電台。從此火箭隊的通訊完全覆蓋整個關東、成都地區，無有漏網之遺。
三個月後，一直將全部資金調配給超夢使用，進行的複製神奇寶貝計劃也獲得了成果。
複製的主要小精靈有：電係頑皮彈，毒係雙彈瓦斯，超能係椰樹蛋，冰係鐵甲貝。這項複製實驗的成功，讓胡飛埋藏在心底的神奇寶貝訓練師軍團規模化的想法，得以成功實現。
為什麼在神奇寶貝世界中，長久以來都是訓練師之間的單打獨鬥，即使是多人戰鬥，也不過是雙人戰？這是因為神奇寶貝的培養、配招，訓練師的想法，都有著很大的差異，具有特別各異性。